PDB-7cce: crystal structure of Arabidopsis AIPP3 BAH domain in complex with...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7cce

タイトル

crystal structure of Arabidopsis AIPP3 BAH domain in complex with an H3K27me3 peptide

要素

Bromo-adjacent homology (BAH) domain-containing protein
Histone H3.2

キーワード

GENE REGULATION / BAH domain / AIPP3 / H3K27me3 / histone modification / epigenetcis

機能・相同性

機能・相同性情報

regulation of photoperiodism, flowering / histone H3K27me3 reader activity / chromocenter / plastid / DNA-binding transcription repressor activity / negative regulation of gene expression, epigenetic / negative regulation of transcription elongation by RNA polymerase II / histone reader activity / structural constituent of chromatin / nucleosome ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.404 Å

データ登録者

Yuan, J. / Du, J.

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2020
タイトル: Coupling of H3K27me3 recognition with transcriptional repression through the BAH-PHD-CPL2 complex in Arabidopsis.
著者: Zhang, Y.Z. / Yuan, J. / Zhang, L. / Chen, C. / Wang, Y. / Zhang, G. / Peng, L. / Xie, S.S. / Jiang, J. / Zhu, J.K. / Du, J. / Duan, C.G.

履歴

登録	2020年6月17日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2020年12月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月29日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7cce.cif.gz	90 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7cce.ent.gz	66.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7cce.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cc/7cce ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cc/7cce	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4ft2S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4qo2-d 5ety-1 5v7t-d 3wus-1 2ywr-d 5uvp-2 1lqw-2 3d63-2 3n7p-4 1q1y-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#139 - 2011年7月 DNAメチルトランスフェラーゼ (DNA Methyltransferase) 類似性 (5) #7 - 2000年7月ヌクレオソーム (Nucleosome) 類似性 (1) #241 - 2020年1月 20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Bromo-adjacent homology (BAH) domain-containing protein

P: Histone H3.2

ヘテロ分子

21.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: isothermal titration calorimetry

単位格子

Length a, b, c (Å)	78.599, 78.599, 72.730
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	152
Space group name H-M	P3₁21

#1: タンパク質	Bromo-adjacent homology (BAH) domain-containing protein 分子量: 19677.383 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) 遺伝子: At4g11560, F25E4.180, F25E4_180 / プラスミド: pMal-p2X-His / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): RIL / 参照: UniProt: Q8RXT5
#2: タンパク質・ペプチド	Histone H3.2 / Histone H3.1 分子量: 1802.190 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成由来: (合成) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) 参照: UniProt: P59226
#3: 化合物	ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム分子量: 122.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₂NO₃ / コメント: pH緩衝剤*YM
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.02 Å³/Da / 溶媒含有率: 59.26 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 0.1 M HEPES, pH 7.0, and 2.4 M ammonium sulfate

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SSRF

/ ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.9792 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年8月26日

放射

モノクロメーター: Si(111) crystals / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9792 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.4→50 Å / Num. obs: 10478 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 19.1 % / B_iso Wilson estimate: 71.93 Å² / R_merge(I) obs: 0.082 / R_pim(I) all: 0.02 / R_rim(I) all: 0.084 / Χ²: 1.481 / Net I/σ(I): 7.3 / Num. measured all: 200614

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
2.4-2.44	18.7	1.121	537	0.95	0.265	1.152	0.468	100
2.44-2.49	19.1	0.926	501	0.95	0.217	0.952	0.501	100
2.49-2.53	18.5	0.838	513	0.952	0.199	0.861	0.508	100
2.53-2.59	18.7	0.782	517	0.958	0.185	0.804	0.541	100
2.59-2.64	19.9	0.622	499	0.971	0.142	0.638	0.617	100
2.64-2.7	20.5	0.467	536	0.988	0.105	0.479	0.715	100
2.7-2.77	20.6	0.358	501	0.988	0.081	0.367	0.726	100
2.77-2.85	20	0.31	514	0.989	0.071	0.318	0.846	100
2.85-2.93	19.8	0.255	522	0.991	0.059	0.262	1.034	100
2.93-3.02	19.3	0.21	517	0.991	0.049	0.216	1.254	100
3.02-3.13	18.1	0.17	522	0.992	0.042	0.175	1.493	100
3.13-3.26	19.4	0.154	504	0.995	0.036	0.158	1.75	100
3.26-3.41	20.1	0.132	529	0.997	0.031	0.136	2.079	100
3.41-3.58	19.5	0.111	524	0.998	0.026	0.114	2.418	100
3.58-3.81	19.5	0.099	517	0.998	0.023	0.102	2.529	100
3.81-4.1	18.1	0.085	530	0.998	0.021	0.088	2.708	100
4.1-4.52	19.1	0.075	535	0.998	0.018	0.077	2.824	100
4.52-5.17	19.4	0.066	531	0.999	0.015	0.067	2.434	99.6
5.17-6.51	17.8	0.062	541	0.999	0.015	0.064	2.199	100
6.51-50	17.2	0.049	588	0.998	0.012	0.05	1.939	100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHENIX	1.13_2998	精密化
PDB_EXTRACT	3.25	データ抽出
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4FT2

4ft2

解像度: 2.404→24.849 Å / SU ML: 0.29 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 35.94

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.266	466	4.46 %
R_work	0.2185	-	-
obs	0.2206	10440	99.9 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 158.92 Å² / B_iso mean: 90.7241 Å² / B_iso min: 47.89 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.404→24.849 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1397	0	8	3	1408
B_iso mean	-	-	93.56	63.33	-
残基数	-	-	-	-	171

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work
2.4043-2.7518	0.3706	155	0.3005	3276
2.7518-3.4655	0.3163	157	0.2826	3299
3.4655-24.8	0.2379	154	0.191	3399

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	9.4325	4.167	1.7108	2.8576	1.9787	5.5505	0.6437	-0.622	1.309	0.452	-0.5143	-0.4884	-0.467	0.7103	-0.2291	0.589	-0.0829	0.0358	0.8584	-0.002	0.6546	29.6526	35.2994	4.4127
2	7.7874	-0.5937	5.3153	5.7887	-5.3341	7.9795	0.5489	-0.4013	-0.3461	-0.3612	-0.7866	0.7439	-0.7148	0.1023	0.3428	0.6471	0.1256	0.1388	0.712	0.0263	0.4982	22.6846	28.8632	2.2984
3	3.7391	3.0678	-1.6315	3.7053	0.6947	5.4133	-0.0091	0.0618	-3.9202	0.3341	0.5947	-0.8616	2.01	0.7686	-0.6689	1.353	0.1179	-0.3262	1.1494	-0.2172	1.3417	28.7889	11.5596	0.5524
4	4.8246	0.1889	4.651	6.3286	1.4007	5.8604	-0.137	-1.0231	0.0209	0.2602	-0.0389	-0.1106	-0.3977	0.1291	0.1609	0.4122	0.038	0.0823	0.9038	0.0142	0.4441	27.8472	26.8589	8.3122
5	5.6007	1.2638	-1.4337	8.4039	-2.0955	4.5298	0.1943	-0.4741	-0.5321	0.2232	-0.3533	-0.545	-0.099	0.8705	0.2082	0.6319	0.1638	-0.0251	0.9178	0.0558	0.5794	29.2073	21.3704	8.4205
6	4.56	-0.1089	5.4203	2.8837	-0.7368	8.5145	0.583	-0.4284	-1.1461	0.285	0.1507	0.3235	1.6116	-0.643	-0.6661	0.8958	0.1953	0.054	1.0974	0.2769	0.9592	17.9962	9.7505	14.203
7	0.1494	0.0397	1.1455	7.7969	-3.3862	8.3422	-0.0043	-0.3737	-0.2781	-0.0467	0.2044	0.0338	0.2509	0.8816	-0.1415	0.3513	0.0868	-0.0043	0.7534	-0.0025	0.5226	23.6532	23.7771	4.9559
8	3.2293	1.2007	2.2278	8.7036	-4.059	4.4718	-0.5071	-0.8688	-0.8154	-0.7458	0.3185	1.0972	1.0823	-4.747	0.1012	0.6627	-0.061	-0.1535	1.4908	0.1904	1.1258	3.2261	18.8484	8.5543
9	5.0741	-6.3307	3.681	9.3745	-4.2086	2.7666	-1.0139	-1.282	-1.3182	1.0625	1.6186	1.6206	0.2132	-1.1651	-0.5204	0.8017	0.0888	0.0181	0.916	0.3221	0.8478	15.3384	15.1235	15.0657
10	3.6347	-3.2958	0.8318	3.5388	0.0124	6.2197	-0.5311	-3.2055	-1.9668	1.5845	0.9811	0.139	0.2955	-0.2457	-0.3034	0.7703	0.0707	0.0544	1.0173	0.24	1.0613	20.8331	12.0257	23.1552
11	8.5609	5.2089	-3.596	8.8807	2.4502	5.3358	0.5129	-1.8745	-2.7456	2.403	1.1155	-0.0082	0.8425	1.2105	-0.6027	1.1793	0.2786	0.126	1.6566	0.5626	1.1192	15.8009	19.6327	27.2763
12	4.2887	-4.2409	2.8445	5.0973	-4.3076	4.2507	-0.9926	-2.8601	1.5436	0.4338	0.5603	-0.4015	-1.0782	-1.5389	0.3413	0.8696	0.3365	0.0383	1.526	0.0505	0.8638	14.752	27.3331	19.7891
13	5.4794	-0.2037	2.1788	9.7557	-4.8793	3.1353	-0.0622	0.5305	1.1818	0.2569	-0.7339	0.0521	-1.2244	-1.3349	0.7301	1.1755	0.1061	0.0868	1.5403	0.2211	1.1589	0.5306	24.6397	12.7754
14	0.7257	0.6138	0.5623	4.2366	1.2075	0.5343	1.0909	0.5825	0.0688	-1.4662	0.0603	0.8651	0.7342	1.1614	-1.6182	0.832	0.3673	-0.0698	1.2252	-0.0386	0.7849	33.1544	15.3781	9.3582

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 119 through 126 )	A	119 - 126
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 127 through 139 )	A	127 - 139
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 140 through 148 )	A	140 - 148
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 149 through 158 )	A	149 - 158
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 159 through 176 )	A	159 - 176
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 177 through 198 )	A	177 - 198
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 199 through 215 )	A	199 - 215
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 216 through 230 )	A	216 - 230
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 231 through 238 )	A	231 - 238
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'A' and (resid 239 through 246 )	A	239 - 246
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'A' and (resid 247 through 253 )	A	247 - 253
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'A' and (resid 254 through 268 )	A	254 - 268
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'A' and (resid 269 through 277 )	A	269 - 277
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'P' and (resid 22 through 33 )	P	22 - 33

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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万見 (Yorodumi)