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- PDB-3wu1: Crystal structure of the ETS1-RUNX1-DNA ternary complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3wu1
タイトルCrystal structure of the ETS1-RUNX1-DNA ternary complex
要素
  • DNA (5'-D(*CP*AP*GP*AP*GP*GP*AP*TP*GP*TP*GP*GP*CP*TP*TP*C)-3')
  • DNA (5'-D(*GP*GP*AP*AP*GP*CP*CP*AP*CP*AP*TP*CP*CP*TP*CP*T)-3')
  • Protein C-ets-1
  • Runt-related transcription factor 1
キーワードTRANSCRIPTION/DNA / PROTEIN-DNA COMPLEX / DNA-BINDING / METHYLATION / NUCLEUS / PHOSPHOPROTEIN / TRANSCRIPTION REGULATION / ISOPEPTIDE BOND / PROTO-ONCOGENE / TRANSCRIPTION-DNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of hair follicle cell proliferation / Organic cation transport / positive regulation of progesterone secretion / RUNX1 regulates estrogen receptor mediated transcription / RUNX1 regulates transcription of genes involved in BCR signaling / RUNX1 regulates transcription of genes involved in interleukin signaling / Regulation of RUNX1 Expression and Activity / RUNX1 and FOXP3 control the development of regulatory T lymphocytes (Tregs) / RUNX1 interacts with co-factors whose precise effect on RUNX1 targets is not known / positive regulation of granulocyte differentiation ...regulation of hair follicle cell proliferation / Organic cation transport / positive regulation of progesterone secretion / RUNX1 regulates estrogen receptor mediated transcription / RUNX1 regulates transcription of genes involved in BCR signaling / RUNX1 regulates transcription of genes involved in interleukin signaling / Regulation of RUNX1 Expression and Activity / RUNX1 and FOXP3 control the development of regulatory T lymphocytes (Tregs) / RUNX1 interacts with co-factors whose precise effect on RUNX1 targets is not known / positive regulation of granulocyte differentiation / core-binding factor complex / RUNX1 regulates transcription of genes involved in differentiation of myeloid cells / positive regulation of CD8-positive, alpha-beta T cell differentiation / positive regulation of cell maturation / negative regulation of CD4-positive, alpha-beta T cell differentiation / RUNX1 regulates genes involved in megakaryocyte differentiation and platelet function / RUNX1 regulates transcription of genes involved in differentiation of HSCs / PML body organization / neuron fate commitment / Estrogen-dependent gene expression / myeloid progenitor cell differentiation / definitive hemopoiesis / regulation of T cell anergy / positive regulation of leukocyte adhesion to vascular endothelial cell / embryonic hemopoiesis / hair follicle morphogenesis / regulation of cell differentiation / behavioral response to pain / hemopoiesis / negative regulation of cell cycle / basement membrane / regulation of signal transduction / neuron development / positive regulation of blood vessel endothelial cell migration / chondrocyte differentiation / regulation of angiogenesis / response to retinoic acid / cellular response to transforming growth factor beta stimulus / positive regulation of interleukin-2 production / positive regulation of endothelial cell migration / positive regulation of erythrocyte differentiation / ossification / liver development / transcription corepressor binding / nuclear receptor coactivator activity / skeletal system development / central nervous system development / cell motility / promoter-specific chromatin binding / neuron differentiation / Oncogene Induced Senescence / positive regulation of miRNA transcription / positive regulation of inflammatory response / positive regulation of type II interferon production / positive regulation of angiogenesis / sequence-specific double-stranded DNA binding / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / regulation of apoptotic process / DNA-binding transcription factor binding / in utero embryonic development / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / transcription by RNA polymerase II / nucleic acid binding / transcription cis-regulatory region binding / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / immune response / DNA-binding transcription factor activity / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / negative regulation of cell population proliferation / response to antibiotic / negative regulation of DNA-templated transcription / regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of gene expression / chromatin / regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of DNA-templated transcription / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / protein-containing complex / DNA binding / nucleoplasm / ATP binding / identical protein binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Runx, central domain superfamily / Acute myeloid leukemia 1 protein (AML1)/Runt / Runt domain / Runx, C-terminal domain / Runt-related transcription factor RUNX / Runt domain / Runx inhibition domain / Runt domain profile. / Protein C-ets-1, pointed domain / Transforming protein C-ets ...Runx, central domain superfamily / Acute myeloid leukemia 1 protein (AML1)/Runt / Runt domain / Runx, C-terminal domain / Runt-related transcription factor RUNX / Runt domain / Runx inhibition domain / Runt domain profile. / Protein C-ets-1, pointed domain / Transforming protein C-ets / Ets1, N-terminal flanking region of Ets domain / Ets1 N-terminal flanking region of Ets domain / SAM / Pointed domain / Pointed domain / Sterile alpha motif (SAM)/Pointed domain / Pointed (PNT) domain profile. / Ets-domain signature 1. / Ets-domain signature 2. / Ets domain / ETS family / Ets-domain / Ets-domain profile. / erythroblast transformation specific domain / Immunoglobulin-like - #720 / p53/RUNT-type transcription factor, DNA-binding domain superfamily / p53-like transcription factor, DNA-binding / Sterile alpha motif/pointed domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Immunoglobulin-like / Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Protein C-ets-1 / Runt-related transcription factor 1
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Tahirov, T.H. / Ogata, K.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2015
タイトル: A novel allosteric mechanism on protein-DNA interactions underlying the phosphorylation-dependent regulation of Ets1 target gene expressions.
著者: Shiina, M. / Hamada, K. / Inoue-Bungo, T. / Shimamura, M. / Uchiyama, A. / Baba, S. / Sato, K. / Yamamoto, M. / Ogata, K.
履歴
登録2014年4月21日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02014年8月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月22日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.22022年8月24日Group: Database references / カテゴリ: citation / database_2
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32023年11月8日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Runt-related transcription factor 1
B: Protein C-ets-1
C: DNA (5'-D(*GP*GP*AP*AP*GP*CP*CP*AP*CP*AP*TP*CP*CP*TP*CP*T)-3')
D: DNA (5'-D(*CP*AP*GP*AP*GP*GP*AP*TP*GP*TP*GP*GP*CP*TP*TP*C)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,3094
ポリマ－36,3094
非ポリマー00
水2,486138
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4810 Å2
ΔGint-31 kcal/mol
Surface area16230 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)102.278, 140.902, 95.768
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: タンパク質 Runt-related transcription factor 1 / Acute myeloid leukemia 1 protein / Core-binding factor subunit alpha-2 / CBF-alpha-2 / Oncogene AML- ...Acute myeloid leukemia 1 protein / Core-binding factor subunit alpha-2 / CBF-alpha-2 / Oncogene AML-1 / Polyomavirus enhancer-binding protein 2 alpha B subunit / PEA2-alpha B / PEBP2-alpha B / SL3-3 enhancer factor 1 alpha B subunit / SL3/AKV core-binding factor alpha B subunit


分子量: 13540.438 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP RESIDUES 55-177 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Aml1, Cbfa2, Pebp2ab, Runx1 / プラスミド: PET23A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q03347
#2: タンパク質 Protein C-ets-1 / p54


分子量: 12970.817 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP RESIDUES 333-441 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ETS1, EWSR2 / プラスミド: PET23A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P14921
#3: DNA鎖 DNA (5'-D(*GP*GP*AP*AP*GP*CP*CP*AP*CP*AP*TP*CP*CP*TP*CP*T)-3')


分子量: 4843.156 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#4: DNA鎖 DNA (5'-D(*CP*AP*GP*AP*GP*GP*AP*TP*GP*TP*GP*GP*CP*TP*TP*C)-3')


分子量: 4954.214 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 138 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.75 Å3/Da / 溶媒含有率: 74.11 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7.5
詳細: 11% PEG MME 550, 0.1M KCL, 0.015M MGCL2, 0.05M TRIS, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL45PX / 波長: 1.02 Å
検出器タイプ: RIGAKU JUPITER 210 / 検出器: CCD / 日付: 2001年5月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.02 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→30 Å / Num. obs: 23925 / % possible obs: 87.4 % / 冗長度: 4.9 % / Rmerge(I) obs: 0.049 / Net I/σ(I): 13.1
反射 シェル解像度: 2.4→2.44 Å / 冗長度: 2.7 % / Rmerge(I) obs: 0.352 / % possible all: 65.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1IO4, 1GVJ

1io4

1gvj


解像度: 2.4→29.78 Å / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射
Rfree0.249 1158 4.2 %
Rwork0.213 --
obs0.213 23807 86.9 %
溶媒の処理Bsol: 38.09 Å2
原子変位パラメータBiso mean: 46.23 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.391 Å20 Å20 Å2
2--1.53 Å20 Å2
3----0.139 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→29.78 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1836 650 0 138 2624
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.33
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it
Xplor file
Refine-IDSerial noParam file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAM
X-RAY DIFFRACTION2DNA-RNA_REP.PARAM
X-RAY DIFFRACTION3WATER_REP.PARAM

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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