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- PDB-3wts: Crystal structure of the complex comprised of ETS1, RUNX1, CBFBET... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3wts
タイトルCrystal structure of the complex comprised of ETS1, RUNX1, CBFBETA, and the tcralpha gene enhancer DNA
要素
  • 5'-D(*AP*GP*AP*GP*GP*AP*TP*GP*TP*GP*GP*CP*TP*TP*C)-3'
  • 5'-D(*GP*AP*AP*GP*CP*CP*AP*CP*AP*TP*CP*CP*TP*CP*T)-3'
  • Core-binding factor subunit beta
  • Protein C-ets-1
  • Runt-related transcription factor 1
キーワードTRANSCRIPTION/DNA / PROTEIN-DNA COMPLEX / TRANSCRIPTION-DNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


Transcriptional regulation by RUNX2 / RUNX2 regulates bone development / RUNX3 regulates p14-ARF / regulation of hair follicle cell proliferation / Organic cation transport / RUNX1 regulates estrogen receptor mediated transcription / RUNX1 regulates transcription of genes involved in BCR signaling / RUNX1 regulates transcription of genes involved in interleukin signaling / Regulation of RUNX1 Expression and Activity / RUNX1 and FOXP3 control the development of regulatory T lymphocytes (Tregs) ...Transcriptional regulation by RUNX2 / RUNX2 regulates bone development / RUNX3 regulates p14-ARF / regulation of hair follicle cell proliferation / Organic cation transport / RUNX1 regulates estrogen receptor mediated transcription / RUNX1 regulates transcription of genes involved in BCR signaling / RUNX1 regulates transcription of genes involved in interleukin signaling / Regulation of RUNX1 Expression and Activity / RUNX1 and FOXP3 control the development of regulatory T lymphocytes (Tregs) / RUNX1 interacts with co-factors whose precise effect on RUNX1 targets is not known / positive regulation of granulocyte differentiation / core-binding factor complex / RUNX1 regulates transcription of genes involved in differentiation of myeloid cells / positive regulation of CD8-positive, alpha-beta T cell differentiation / Regulation of RUNX3 expression and activity / positive regulation of cell maturation / negative regulation of CD4-positive, alpha-beta T cell differentiation / RUNX1 regulates genes involved in megakaryocyte differentiation and platelet function / RUNX1 regulates transcription of genes involved in differentiation of HSCs / lymphocyte differentiation / PML body organization / neuron fate commitment / Estrogen-dependent gene expression / myeloid cell differentiation / central nervous system neuron differentiation / myeloid progenitor cell differentiation / definitive hemopoiesis / regulation of T cell anergy / positive regulation of leukocyte adhesion to vascular endothelial cell / embryonic hemopoiesis / hair follicle morphogenesis / behavioral response to pain / negative regulation of cell cycle / hemopoiesis / basement membrane / positive regulation of blood vessel endothelial cell migration / regulation of angiogenesis / regulation of signal transduction / neuron development / cellular response to transforming growth factor beta stimulus / response to retinoic acid / cell maturation / positive regulation of endothelial cell migration / positive regulation of interleukin-2 production / ossification / positive regulation of erythrocyte differentiation / liver development / central nervous system development / transcription corepressor binding / skeletal system development / cell motility / Oncogene Induced Senescence / positive regulation of miRNA transcription / positive regulation of type II interferon production / positive regulation of inflammatory response / neuron differentiation / positive regulation of angiogenesis / protein polyubiquitination / osteoblast differentiation / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / regulation of apoptotic process / DNA-binding transcription factor binding / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / in utero embryonic development / gene expression / nucleic acid binding / transcription by RNA polymerase II / cell differentiation / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / transcription coactivator activity / transcription cis-regulatory region binding / immune response / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / negative regulation of cell population proliferation / response to antibiotic / negative regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of gene expression / regulation of DNA-templated transcription / regulation of transcription by RNA polymerase II / chromatin / positive regulation of DNA-templated transcription / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / protein-containing complex / DNA binding / nucleoplasm / ATP binding / identical protein binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Polyomavirus Enhancer Binding Protein 2; Chain: A; / Core binding factor, beta subunit / Runx, central domain superfamily / Acute myeloid leukemia 1 protein (AML1)/Runt / Runt domain / Runx, C-terminal domain / Runt-related transcription factor RUNX / Runt domain / Runx inhibition domain / Runt domain profile. ...Polyomavirus Enhancer Binding Protein 2; Chain: A; / Core binding factor, beta subunit / Runx, central domain superfamily / Acute myeloid leukemia 1 protein (AML1)/Runt / Runt domain / Runx, C-terminal domain / Runt-related transcription factor RUNX / Runt domain / Runx inhibition domain / Runt domain profile. / Protein C-ets-1, pointed domain / Transforming protein C-ets / Ets1, N-terminal flanking region of Ets domain / Ets1 N-terminal flanking region of Ets domain / Core-binding factor, beta subunit / Core-binding factor, beta subunit superfamily / Core binding factor beta subunit / SAM / Pointed domain / Pointed domain / Sterile alpha motif (SAM)/Pointed domain / Pointed (PNT) domain profile. / Ets-domain signature 1. / Immunoglobulin-like - #720 / Ets-domain signature 2. / Ets domain / ETS family / Ets-domain / Ets-domain profile. / erythroblast transformation specific domain / p53/RUNT-type transcription factor, DNA-binding domain superfamily / p53-like transcription factor, DNA-binding / Sterile alpha motif/pointed domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Beta Barrel / Immunoglobulin-like / Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Protein C-ets-1 / Runt-related transcription factor 1 / Core-binding factor subunit beta
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.35 Å
データ登録者Shiina, M. / Hamada, K. / Ogata, K.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2015
タイトル: A novel allosteric mechanism on protein-DNA interactions underlying the phosphorylation-dependent regulation of Ets1 target gene expressions.
著者: Shiina, M. / Hamada, K. / Inoue-Bungo, T. / Shimamura, M. / Uchiyama, A. / Baba, S. / Sato, K. / Yamamoto, M. / Ogata, K.
履歴
登録2014年4月21日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02014年8月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月22日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.22022年8月24日Group: Database references / カテゴリ: citation / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.32023年11月8日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Runt-related transcription factor 1
B: Core-binding factor subunit beta
C: Protein C-ets-1
F: Runt-related transcription factor 1
G: Core-binding factor subunit beta
H: Protein C-ets-1
D: 5'-D(*GP*AP*AP*GP*CP*CP*AP*CP*AP*TP*CP*CP*TP*CP*T)-3'
E: 5'-D(*AP*GP*AP*GP*GP*AP*TP*GP*TP*GP*GP*CP*TP*TP*C)-3'
I: 5'-D(*GP*AP*AP*GP*CP*CP*AP*CP*AP*TP*CP*CP*TP*CP*T)-3'
J: 5'-D(*AP*GP*AP*GP*GP*AP*TP*GP*TP*GP*GP*CP*TP*TP*C)-3'


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)136,25110
ポリマ－136,25110
非ポリマー00
水1,56787
1
A: Runt-related transcription factor 1
B: Core-binding factor subunit beta
C: Protein C-ets-1
D: 5'-D(*GP*AP*AP*GP*CP*CP*AP*CP*AP*TP*CP*CP*TP*CP*T)-3'
E: 5'-D(*AP*GP*AP*GP*GP*AP*TP*GP*TP*GP*GP*CP*TP*TP*C)-3'


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,1255
ポリマ－68,1255
非ポリマー00
水905
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7030 Å2
ΔGint-42 kcal/mol
Surface area21610 Å2
手法PISA
2
F: Runt-related transcription factor 1
G: Core-binding factor subunit beta
H: Protein C-ets-1
I: 5'-D(*GP*AP*AP*GP*CP*CP*AP*CP*AP*TP*CP*CP*TP*CP*T)-3'
J: 5'-D(*AP*GP*AP*GP*GP*AP*TP*GP*TP*GP*GP*CP*TP*TP*C)-3'


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,1255
ポリマ－68,1255
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6790 Å2
ΔGint-32 kcal/mol
Surface area21160 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)78.721, 102.055, 194.991
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 3種, 6分子 AFBGCH

#1: タンパク質 Runt-related transcription factor 1 / Acute myeloid leukemia 1 protein / Core-binding factor subunit alpha-2 / CBF-alpha-2 / Oncogene AML- ...Acute myeloid leukemia 1 protein / Core-binding factor subunit alpha-2 / CBF-alpha-2 / Oncogene AML-1 / Polyomavirus enhancer-binding protein 2 alpha B subunit / PEA2-alpha B / PEBP2-alpha B / SL3-3 enhancer factor 1 alpha B subunit / SL3/AKV core-binding factor alpha B subunit


分子量: 23044.986 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP RESIDUES 60-263 / 変異: L94K / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Aml1, Cbfa2, Pebp2ab, Runx1 / プラスミド: PET23A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q03347
#2: タンパク質 Core-binding factor subunit beta / CBF-beta / Polyomavirus enhancer-binding protein 2 beta subunit / PEA2-beta / PEBP2-beta / SL3-3 ...CBF-beta / Polyomavirus enhancer-binding protein 2 beta subunit / PEA2-beta / PEBP2-beta / SL3-3 enhancer factor 1 subunit beta / SL3/AKV core-binding factor beta subunit


分子量: 16684.729 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP RESIDUES 1-142 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Cbfb, Pebp2b, Pebpb2 / プラスミド: PET23A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q08024
#3: タンパク質 Protein C-ets-1 / p54


分子量: 19216.732 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP RESIDUES 276-441 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ETS1, EWSR2 / プラスミド: PET23A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P14921

-
DNA鎖 , 2種, 4分子 DIEJ

#4: DNA鎖 5'-D(*GP*AP*AP*GP*CP*CP*AP*CP*AP*TP*CP*CP*TP*CP*T)-3'


分子量: 4513.950 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
#5: DNA鎖 5'-D(*AP*GP*AP*GP*GP*AP*TP*GP*TP*GP*GP*CP*TP*TP*C)-3'


分子量: 4665.032 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成

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非ポリマー , 1種, 87分子

#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 87 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.87 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.21 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 10% PEG 4000, 0.1M AMMONIUM ACETATE, 0.05M TRIS HCL, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL41XU / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2008年5月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.35→50 Å / Num. obs: 65368 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 12.3 % / Rmerge(I) obs: 0.081 / Net I/σ(I): 11
反射 シェル解像度: 2.35→2.43 Å / 冗長度: 9.1 % / Rmerge(I) obs: 0.552 / % possible all: 96.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHASER位相決定
CNS1.2精密化
HKL-2000データ削減
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRIES 1IO4, 1GVJ

1io4

1gvj


解像度: 2.35→44.99 Å / Rfactor Rfree error: 0.003 / Data cutoff high absF: 2416932 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 詳細: BULK SOLVENT MODEL USED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.279 6608 10.1 %RANDOM
Rwork0.249 ---
obs0.249 65218 98.8 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 51.22 Å2 / ksol: 0.35 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 72.22 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.3 Å20 Å20 Å2
2--4.58 Å20 Å2
3----6.88 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.5 Å0.44 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.56 Å0.53 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.35→44.99 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5789 1218 0 87 7094
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.1
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d22.3
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.04
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.351.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.342
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.012
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it3.092.5
LS精密化 シェル解像度: 2.35→2.5 Å / Rfactor Rfree error: 0.013 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.418 1060 10.4 %
Rwork0.412 9111 -
obs--93.4 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2DNA-RNA_REP.PARAMDNA-RNA.TOP
X-RAY DIFFRACTION3WATER_REP.PARAMWATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION4ION.PARAMION.TOP

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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