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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3wth | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of Lymnaea stagnalis Acetylcholine-Binding Protein Q55R Mutant Complexed with Imidacloprid | ||||||
要素 | Acetylcholine-binding protein | ||||||
キーワード | SIGNALING PROTEIN / neonicotinoids / nicotinic acetylcholine receptor / imidacloprid / acetylcholine binding | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 acetylcholine receptor activity / acetylcholine-gated monoatomic cation-selective channel activity / synaptic cleft / response to nicotine / neuron projection / synapse / membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Lymnaea stagnalis (無脊椎動物) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.54 Å | ||||||
データ登録者 | Okajima, T. / Ihara, M. / Yamashita, A. / Oda, T. / Matsuda, K. | ||||||
引用 | ジャーナル: Mol.Pharmacol. / 年: 2014 タイトル: Studies on an acetylcholine binding protein identify a basic residue in loop G on the beta 1 strand as a new structural determinant of neonicotinoid actions 著者: Ihara, M. / Okajima, T. / Yamashita, A. / Oda, T. / Asano, T. / Matsui, M. / Sattelle, D.B. / Matsuda, K. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3wth.cif.gz | 220.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3wth.ent.gz | 185.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3wth.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 3wth_validation.pdf.gz | 1.7 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 3wth_full_validation.pdf.gz | 1.8 MB | 表示 | |
XML形式データ | 3wth_validation.xml.gz | 47.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 3wth_validation.cif.gz | 64.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wt/3wth ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wt/3wth | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 24250.875 Da / 分子数: 5 / 断片: UNP residues 21-229 / 変異: Q55R / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Lymnaea stagnalis (無脊椎動物) / プラスミド: pPICZ B / 発現宿主: Pichia pastoris (菌類) / 株 (発現宿主): X-33 / 参照: UniProt: P58154 #2: 化合物 | ChemComp-IM4 / ( #3: 水 | ChemComp-HOH / | 配列の詳細 | AUTHORS STATE THAT BEFORE CRYSTALLIZATION, THE N-GLUCOSIDE GROUPS WERE REMOVED BY PEPTIDE-N- ...AUTHORS STATE THAT BEFORE CRYSTALLIZ | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.04 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 5.7 詳細: 0.2M Na citrate pH 5.7, 15-22% PEG3350, 0.5mM imidacloprid, VAPOR DIFFUSION, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 90 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL44XU / 波長: 0.9 Å |
検出器 | タイプ: Bruker DIP-6040 / 検出器: CCD / 日付: 2007年10月8日 |
放射 | モノクロメーター: Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.52→18.1 Å / Num. all: 36029 / Num. obs: 36007 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 5.1 % / Biso Wilson estimate: 35.1 Å2 / Rsym value: 0.087 / Net I/σ(I): 12.6 |
反射 シェル | 解像度: 2.52→2.66 Å / 冗長度: 5.1 % / Rmerge(I) obs: 0.4 / Mean I/σ(I) obs: 4.7 / Num. unique all: 5273 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.54→18.05 Å / Rfactor Rfree error: 0.006 / Data cutoff high absF: 7349857.71 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: BULK SOLVENT MODEL USED
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 48.9551 Å2 / ksol: 0.4 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 38.9 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.54→18.05 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.54→2.7 Å / Rfactor Rfree error: 0.022 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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