PDB-3wti: Crystal Structure of Lymnaea stagnalis Acetylcholine-Binding Prot...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3wti

タイトル

Crystal Structure of Lymnaea stagnalis Acetylcholine-Binding Protein Q55R Mutant Complexed with Clothianidin

要素

Acetylcholine-binding protein

キーワード

SIGNALING PROTEIN / neonicotinoids / nicotinic acetylcholine receptor / clothianidin / acetylcholine binding

機能・相同性

機能・相同性情報

synaptic cleft / extracellular ligand-gated monoatomic ion channel activity / transmembrane signaling receptor activity / synapse / membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Lymnaea stagnalis (無脊椎動物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.68 Å

データ登録者

Okajima, T. / Ihara, M. / Yamashita, A. / Oda, T. / Matsuda, K.

引用

ジャーナル: Mol.Pharmacol. / 年: 2014
タイトル: Studies on an acetylcholine binding protein identify a basic residue in loop G on the beta 1 strand as a new structural determinant of neonicotinoid actions
著者: Ihara, M. / Okajima, T. / Yamashita, A. / Oda, T. / Asano, T. / Matsui, M. / Sattelle, D.B. / Matsuda, K.

履歴

登録	2014年4月11日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2015年2月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年10月30日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_entry_details.has_protein_modification / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3wti.cif.gz	427.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3wti.ent.gz	356.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3wti.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wt/3wti ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wt/3wti	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3wthC 3wtjC 3wtkC 3wtlC 3wtmC 3wtnC 3wtoC 2zju 2zjv C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3wth-d 3wtj-d 3wtk-d 2zjv-d 3wtm-d 1uw6-1 2zju-d 3wtl-d 3wtn-2 1uv6-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#71 - 2005年11月アセチルコリン受容体 (Acetylcholine Receptor) 類似性 (5) #191 - 2015年11月グルタミン酸開閉型塩化物イオン受容体 (Glutamate-gated Chloride Receptors) 類似性 (4)

登録構造単位

A: Acetylcholine-binding protein

B: Acetylcholine-binding protein

C: Acetylcholine-binding protein

D: Acetylcholine-binding protein

E: Acetylcholine-binding protein

ヘテロ分子

123 kDa, 5 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	74.145, 74.145, 351.612
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	170
Space group name H-M	P6₅

#1: タンパク質	Acetylcholine-binding protein / ACh-binding protein / AchBP 分子量: 24250.875 Da / 分子数: 5 / 断片: UNP residues 21-229 / 変異: Q55R / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Lymnaea stagnalis (無脊椎動物) / プラスミド: pPICZ B / 発現宿主: Pichia pastoris (菌類) / 株 (発現宿主): X-33 / 参照: UniProt: P58154
#2: 化合物	ChemComp-CT4 / 1-[(2-chloro-1,3-thiazol-5-yl)methyl]-3-methyl-2-nitroguanidine 分子量: 249.678 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₈ClN₅O₂S
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 178 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y
配列の詳細	AUTHORS STATE THAT BEFORE CRYSTALLIZATION, THE N-GLUCOSIDE GROUPS WERE REMOVED BY PEPTIDE-N- ...AUTHORS STATE THAT BEFORE CRYSTALLIZATION, THE N-GLUCOSIDE GROUPS WERE REMOVED BY PEPTIDE-N-GLYCOSIDASE F. THE CONFLICT IS DUE TO POST-TRANSLATIONAL MODIFICATION AND SAMPLE PREPARATION.

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.3 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.54 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 5.7 詳細: 0.2M Na citrate pH 5.7, 15-22% PEG3350, 0.5mM clothianidin, VAPOR DIFFUSION, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 90 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL44XU / 波長: 0.9 Å
検出器	タイプ: Bruker DIP-6040 / 検出器: CCD / 日付: 2007年7月15日
放射	モノクロメーター: Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.67→39.6 Å / Num. all: 30602 / Num. obs: 30565 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 3.4 % / R_merge(I) obs: 0.094 / Net I/σ(I): 9.2
反射シェル	解像度: 2.67→2.81 Å / 冗長度: 3.4 % / R_merge(I) obs: 0.402 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHASER		位相決定
CNS	1.2	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
REFMAC	5.8.0049	精密化

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.68→39.6 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.918 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.864 / SU B: 44.925 / SU ML: 0.412 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.436 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.29395	1519	5 %	RANDOM
R_work	0.22464	-	-	-
obs	0.22814	28941	99.58 %	-
all	-	30462	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 41.398 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.09 Å²	-0.05 Å²	-0 Å²
2-	-	-0.09 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.3 Å²

Refine analyze

	Free	Obs
Luzzati coordinate error	0.45 Å	0.34 Å
Luzzati d res low	-	5 Å
Luzzati sigma a	0.57 Å	0.45 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.68→39.6 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8279	0	75	178	8532

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.006	0.019	8589
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0	0.02	7871
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.007	1.939	11716
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	3.634	3	18127
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.78	5	1043
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	32.655	23.63	416
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.863	15	1412
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.083	15	80
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.06	0.2	1318
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.003	0.021	9905
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	1973
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0	2	4162
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0	2	4159
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0	3	5190
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0	2.006	4427
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.678→2.748 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.388	103	-
R_work	0.339	2150	-
obs	-	-	99.69 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.4727	0.095	-1.2989	1.3468	-0.4699	4.8457	-0.0068	0.0606	-0.3662	-0.0614	-0.053	-0.0565	0.6815	0.21	0.0599	0.139	0.0721	-0.041	0.0987	-0.0174	0.1156	46.6527	-20.0819	-25.1767
2	1.835	-0.3556	0.0382	1.2614	0.0301	3.8218	0.0117	0.0243	-0.1747	-0.0616	0.1128	0.1917	0.4926	-0.5388	-0.1245	0.1359	-0.1301	-0.0108	0.2136	0.0708	0.0817	20.0682	-19.1109	-28.817
3	1.3403	-0.0593	-0.5125	2.3419	0.7683	5.8295	-0.0399	-0.0011	0.1187	-0.034	0.0128	0.5043	-0.3013	-0.7584	0.027	0.0222	0.0711	-0.001	0.3505	0.0606	0.1314	13.0526	6.4877	-32.6105
4	1.2367	0.0178	0.543	1.1714	-0.1275	5.4448	-0.0603	-0.0232	0.3557	0.0766	-0.023	0.0538	-0.7949	-0.0596	0.0833	0.2191	0.0622	0.0006	0.0435	-0.002	0.1059	34.8317	21.8074	-31.0198
5	1.4053	-0.1242	-0.3635	1.2727	-0.0995	4.7758	-0.0163	0.1087	0.0416	-0.0467	-0.0298	-0.2487	-0.2219	0.5284	0.0461	0.0225	-0.0378	0.0086	0.1764	0.004	0.0496	55.7403	5.3353	-26.2643

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 207
2	X-RAY DIFFRACTION	1	A	301
3	X-RAY DIFFRACTION	1	A	401 - 428
4	X-RAY DIFFRACTION	1	E	401
5	X-RAY DIFFRACTION	2	B	1 - 208
6	X-RAY DIFFRACTION	2	B	301
7	X-RAY DIFFRACTION	2	A	429
8	X-RAY DIFFRACTION	2	B	401 - 432
9	X-RAY DIFFRACTION	2	C	401
10	X-RAY DIFFRACTION	3	C	1 - 207
11	X-RAY DIFFRACTION	3	C	301
12	X-RAY DIFFRACTION	3	B	433
13	X-RAY DIFFRACTION	3	C	402 - 426
14	X-RAY DIFFRACTION	4	D	0 - 207
15	X-RAY DIFFRACTION	4	A	430
16	X-RAY DIFFRACTION	4	C	427 - 428
17	X-RAY DIFFRACTION	4	D	401 - 430
18	X-RAY DIFFRACTION	4	E	402
19	X-RAY DIFFRACTION	5	E	0 - 207
20	X-RAY DIFFRACTION	5	E	301
21	X-RAY DIFFRACTION	5	A	431 - 432
22	X-RAY DIFFRACTION	5	E	403 - 439

Xplor file

Refine-ID	Serial no	Param file	Topol file
X-RAY DIFFRACTION	1	protein_rep.param	protein.top
X-RAY DIFFRACTION	2	dna-rna_rep.param	dna-rna.top
X-RAY DIFFRACTION	3	water_rep.param	water.top
X-RAY DIFFRACTION	4	ion.param	ion.top
X-RAY DIFFRACTION	5	ct1_2.par	ct1_2.top

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

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