PDB-3wsj: HTLV-1 protease in complex with the HIV-1 protease inhibitor Indinavir

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3wsj

タイトル

HTLV-1 protease in complex with the HIV-1 protease inhibitor Indinavir

要素

Protease

キーワード

HYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / retroviral protease / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex

機能・相同性

機能・相同性情報

aspartic-type endopeptidase activity / proteolysis / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Human T-lymphotropic virus 1 (ウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.404 Å

データ登録者

Kuhnert, M. / Steuber, H. / Diederich, W.E.

引用

ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2014
タイトル: Structural basis for HTLV-1 protease inhibition by the HIV-1 protease inhibitor indinavir.
著者: Kuhnert, M. / Steuber, H. / Diederich, W.E.

履歴

登録	2014年3月14日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2014年10月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月8日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3wsj.cif.gz	110.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3wsj.ent.gz	86 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3wsj.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ws/3wsj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ws/3wsj	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3lixS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3liv-d 3lix-d 3lit-d 2jaf-d 3ppq-1 3ppo-1 4ydg-d 5m2q-1 3k2d-2 3lin-4 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#6 - 2000年6月 HIV-1タンパク質分解酵素 (HIV-1 Protease) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Protease

B: Protease

ヘテロ分子

27.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

2

A: Protease

B: Protease

ヘテロ分子

A: Protease

B: Protease

ヘテロ分子

A: Protease

B: Protease

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
81.6 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	77.260, 77.260, 159.340
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	182
Space group name H-M	P6₃22

#1: タンパク質	Protease 分子量: 12566.579 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP RESIDUES 1-116 / 変異: L40I / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Human T-lymphotropic virus 1 (ウイルス) 遺伝子: prt / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q82134
#2: 化合物	ChemComp-MK1 / N-[2(R)-HYDROXY-1(S)-INDANYL]-5-[(2(S)-TERTIARY BUTYLAMINOCARBONYL)-4(3-PYRIDYLMETHYL)PIPERAZINO]-4(S)-HYDROXY-2(R)-PHENYLMETHYLPENTANAMIDE / INDINAVIR / インジナビル分子量: 613.789 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₆H₄₇N₅O₄ コメント: 抗ウイルス剤, 抗レトロウイルス剤, プロテアーゼ阻害剤, 薬剤*YM
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 化合物	ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル分子量: 194.226 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₈O₅ / コメント: 沈殿剤*YM
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 68 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.73 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.96 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 詳細: 0.1M imidazole, 0.2M lithium sulphate, 10% PEG 3000 , pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.91841 Å
検出器	タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2012年12月8日
放射	モノクロメーター: Si-111 crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.91841 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.4→42 Å / Num. all: 11561 / Num. obs: 11561 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0
反射シェル	解像度: 2.4→2.55 Å / 冗長度: 10.6 % / R_merge(I) obs: 0.648 / Mean I/σ(I) obs: 3.8 / Num. unique all: 1813 / R_sym value: 0.648 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MxCuBE		データ収集
PHASER		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.8.1_1168)	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3LIX

3lix

解像度: 2.404→41.6 Å / SU ML: 0.27 / σ(F): 0 / 位相誤差: 24.98 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2558	807	6.99 %	RANDOM
R_work	0.2054	-	-	-
all	0.2088	11547	-	-
obs	0.2088	11547	99.46 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 1 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.404→41.6 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1765	0	123	68	1956

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.003	1930
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.704	2653
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.371	714
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.049	324
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	322

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 6

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	% reflection obs (%)
2.404-2.5546	0.3015	129	0.2615	1734	100
2.5546-2.7518	0.2644	132	0.2203	1750	100
2.7518-3.0286	0.2422	132	0.2146	1758	100
3.0286-3.4667	0.2392	134	0.2011	1778	100
3.4667-4.3669	0.2529	135	0.1674	1795	99
4.3669-41.606	0.2583	145	0.2179	1925	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.9207	0.881	-0.8545	2.922	-0.5808	0.495	0.3006	-0.5589	0.2348	0.3016	-0.2404	-0.5882	-0.1192	0.1933	-0.0575	0.214	-0.0483	-0.0317	0.248	0.0545	0.3261	51.8282	-0.4703	21.4576
2	6.4809	0.264	-0.7404	4.8239	-0.5547	2.5955	0.106	-0.0081	0.4468	0.3216	-0.0213	0.3317	0.0573	-0.2297	-0.0855	0.1903	0.0105	-0.0204	0.1354	-0.0085	0.2375	25.3404	0.8131	20.7093
3	8.1872	-0.4902	0.3903	3.9852	0.9799	6.7479	-0.6155	-0.9323	-0.246	0.5595	0.0161	-0.7577	0.7547	0.865	0.416	0.5957	0.0943	-0.0911	0.3625	0.11	0.4112	39.3455	0.591	24.8276
4	1.6451	0.7357	-1.761	3.9916	-1.6843	2.1047	0.9873	-1.7022	0.7119	2.0048	-0.5435	-0.0117	0.366	0.0122	-0.4412	2.5317	-0.5934	-0.5968	1.6226	-0.0814	1.5206	39.7019	7.3973	33.485
5	0.0674	-0.0757	-0.4051	0.2375	0.6229	2.626	0.3089	-1.7703	0.4961	1.594	0.316	0.1345	-1.0563	0.5477	-0.6009	1.9931	-0.4941	0.5866	1.5396	-0.2019	1.2945	36.9553	-4.5457	34.8119
6	6.0536	2.1276	1.1314	2.6601	0.8606	0.4252	0.2133	-0.2542	0.3464	0.207	-0.2568	-0.1966	0.0775	-0.2428	0.0761	0.2877	-0.0271	0.0151	0.2357	0.1243	0.3215	49.9478	3.7883	18.2728
7	5.7207	0.628	-0.5309	2.9329	-0.8634	1.3235	-0.0746	0.0697	0.1954	0.2144	-0.013	0.2265	-0.1676	-0.0797	0.0752	0.1534	0.0149	-0.0469	0.1465	0.0164	0.1859	27.3594	-4.1192	18.7862

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	CHAIN A AND RESID 1:54
2	X-RAY DIFFRACTION	2	CHAIN B AND RESID 1:54
3	X-RAY DIFFRACTION	3	CHAIN A AND RESID 201
4	X-RAY DIFFRACTION	4	CHAIN A AND RESID 55:64
5	X-RAY DIFFRACTION	5	CHAIN B AND RESID 55:64
6	X-RAY DIFFRACTION	6	CHAIN A AND RESID 65:116
7	X-RAY DIFFRACTION	7	CHAIN B AND RESID 65:116

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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