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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3wou | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of The Recombinant Thaumatin II at 0.99 A | ||||||
要素 | Thaumatin-2ソーマチン | ||||||
キーワード | PLANT PROTEIN (植物) / Osmotin / thaumatin-like protein / Sweet-tasting protein / Sweet receptors | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Thaumatococcus daniellii (植物) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / AB INITIO PHASING / 解像度: 0.99 Å | ||||||
データ登録者 | Masuda, T. / Mikami, B. / Tani, F. | ||||||
引用 | ジャーナル: Biochimie / 年: 2014 タイトル: Atomic structure of recombinant thaumatin II reveals flexible conformations in two residues critical for sweetness and three consecutive glycine residues 著者: Masuda, T. / Mikami, B. / Tani, F. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3wou.cif.gz | 155.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3wou.ent.gz | 133.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3wou.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wo/3wou ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wo/3wou | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 3wox |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 22312.186 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Thaumatococcus daniellii (植物) / プラスミド: pPIC6-preTHII / 発現宿主: Komagataella pastoris (菌類) / 株 (発現宿主): X-33 / 参照: UniProt: P02884 | ||||
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#2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.797 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.02 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: 0.1M ADA, 0.75M TARTRATE, 12.5% GLYCEROL, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL26B1 / 波長: 0.8 Å |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS V / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2012年7月8日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.8 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 0.99→50 Å / Num. obs: 141082 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 8.9 % / Rmerge(I) obs: 0.069 / Net I/σ(I): 64.34 |
反射 シェル | 解像度: 0.99→1.01 Å / 冗長度: 8.1 % / Rmerge(I) obs: 0.496 / Mean I/σ(I) obs: 6.26 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: AB INITIO PHASING / 解像度: 0.99→10 Å / Num. parameters: 20908 / Num. restraintsaints: 28815 / 交差検証法: FREE R / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber 詳細: ANISOTROPIC REFINEMENT REDUCED FREE R (NO CUTOFF) BY ?
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Refine analyze | Num. disordered residues: 89 / Occupancy sum hydrogen: 1412.46 / Occupancy sum non hydrogen: 1964.84 | ||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 0.99→10 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 0.99→1.01 Å /
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