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- PDB-3wo7: Crystal structure of YidC from Bacillus halodurans (form II) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3wo7
タイトルCrystal structure of YidC from Bacillus halodurans (form II)
要素Membrane protein insertase YidC 2
キーワードMEMBRANE PROTEIN / alpha helical
機能・相同性
機能・相同性情報


membrane insertase activity / protein transport / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Membrane insertase YidC/YidC1/YidC2, Firmicutes / Membrane insertase YidC/Oxa1, C-terminal / 60Kd inner membrane protein / Membrane insertase YidC/ALB3/OXA1/COX18 / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
COPPER (II) ION / Membrane protein insertase YidC 2
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus halodurans (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.201 Å
データ登録者Kumazaki, K. / Tsukazaki, T. / Ishitani, R. / Nureki, O.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2014
タイトル: Structural basis of Sec-independent membrane protein insertion by YidC.
著者: Kumazaki, K. / Chiba, S. / Takemoto, M. / Furukawa, A. / Nishiyama, K. / Sugano, Y. / Mori, T. / Dohmae, N. / Hirata, K. / Nakada-Nakura, Y. / Maturana, A.D. / Tanaka, Y. / Mori, H. / Sugita, ...著者: Kumazaki, K. / Chiba, S. / Takemoto, M. / Furukawa, A. / Nishiyama, K. / Sugano, Y. / Mori, T. / Dohmae, N. / Hirata, K. / Nakada-Nakura, Y. / Maturana, A.D. / Tanaka, Y. / Mori, H. / Sugita, Y. / Arisaka, F. / Ito, K. / Ishitani, R. / Tsukazaki, T. / Nureki, O.
履歴
登録2013年12月20日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02014年4月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年4月30日Group: Structure summary
改定 1.22019年12月18日Group: Database references
カテゴリ: citation / citation_author / struct_ref_seq_dif
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.32024年3月20日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Membrane protein insertase YidC 2
B: Membrane protein insertase YidC 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,8386
ポリマ－58,5832
非ポリマー2544
水00
1
A: Membrane protein insertase YidC 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,4193
ポリマ－29,2921
非ポリマー1272
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Membrane protein insertase YidC 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,4193
ポリマ－29,2921
非ポリマー1272
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)54.033, 70.058, 82.910
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 92.050, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11chain A
21chain B

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
111chain AA27 - 4300371
211chain BB27 - 272

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要素

#1: タンパク質 Membrane protein insertase YidC 2 / Foldase YidC 2 / Membrane integrase YidC 2 / Membrane protein YidC 2


分子量: 29291.682 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 27-267 / 変異: G83A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacillus halodurans (バクテリア)
株: ATCC BAA-125 / DSM 18197 / FERM 7344 / JCM 9153 / C-125
遺伝子: yidC2, BH1169 / プラスミド: pET variant / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): C41 (DE3) / 参照: UniProt: Q9KDP2
#2: 化合物
ChemComp-CU / COPPER (II) ION


分子量: 63.546 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.68 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.05 %
解説: THE ENTRY CONTAINS FRIEDEL PAIRS IN F_PLUS/MINUS COLUMNS.
結晶化温度: 293 K / 手法: lipidic qubic phase / pH: 6
詳細: 24-26% PEG500DME, 10mM CuCl2, 200mM NH4COOH, 100mM MES-NaOH, pH 6.0, lipidic qubic phase, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL32XU / 波長: 1.378 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX225HE / 検出器: CCD / 日付: 2012年10月10日
放射モノクロメーター: Double-crystal monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.378 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.2→45.998 Å / Num. obs: 19141 / % possible obs: 95.6 % / Observed criterion σ(I): -3 / Biso Wilson estimate: 67.55 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.11 / Net I/σ(I): 10.13
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)最高解像度 (Å)Rmerge F obsRmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsRrim(I) all% possible all
3.2-3.40.90.4722.9612421325732360.54999.4
3.4-3.630.9570.2994.511686300630040.34799.9
3.63-3.920.9830.1787.3610935281628150.206100
3.92-4.290.9910.10811.2610121260326000.12599.9
4.29-4.790.9950.08312.745766234715290.09765.1
4.79-5.520.9960.07214.558165209420940.083100
5.52-6.740.9950.07813.476879175617540.09199.9
6.74-9.430.9980.04520.135349136513640.05399.9
9.430.9980.03526.4428387857450.04194.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XSCALEデータスケーリング
PHENIX1.8.2_1309精密化
PDB_EXTRACT3.14データ抽出
BSSデータ収集
XDSデータ削減
PHENIX(Phaser-MR)位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: SeM-substituted protein structure

解像度: 3.201→45 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.69 / SU ML: 0.43 / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 36.49 / 立体化学のターゲット値: ML
詳細: SF FILE CONTAINS FRIEDEL PAIRS UNDER I/F_MINUS AND I/F_PLUS COLUMNS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2906 1898 9.92 %RANDOM
Rwork0.2599 ---
obs0.263 19127 95.51 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 168.08 Å2 / Biso mean: 96.3006 Å2 / Biso min: 53.64 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.201→45 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3586 0 4 0 3590
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0023678
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7654992
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.024579
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004605
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.2091354
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A1903X-RAY DIFFRACTION14.605TORSIONAL
12B1903X-RAY DIFFRACTION14.605TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
3.201-3.28060.37271390.33241268140799
3.2806-3.36930.37761380.31312901428100
3.3693-3.46840.35551390.280312711410100
3.4684-3.58030.33271400.274213091449100
3.5803-3.70820.36751450.28212701415100
3.7082-3.85660.27831350.274413251460100
3.8566-4.03210.28621540.251712471401100
4.0321-4.24450.3041430.256512751418100
4.2445-4.51020.29451050.2548977108299
4.5102-4.85810.2696930.230189999299
4.8581-5.34630.23891500.266312821432100
5.3463-6.11840.29021350.304912761411100
6.1184-7.70270.23011460.247212991445100
7.7027-46.0030.2551360.20581241137797

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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