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- PDB-3wkm: The periplasmic PDZ tandem fragment of the RseP homologue from Aq... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3wkm
タイトルThe periplasmic PDZ tandem fragment of the RseP homologue from Aquifex aeolicus in complex with the Fab fragment
要素
  • MOUSE IGG1-KAPPA FAB (HEAVY CHAIN)
  • MOUSE IGG1-KAPPA FAB (LIGHT CHAIN)
  • Putative zinc metalloprotease aq_1964
キーワードHYDROLASE / PDZ DOMAIN
機能・相同性
機能・相同性情報


加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; その他のペプチターゼ / metalloendopeptidase activity / proteolysis / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Peptidase M50, putative membrane-associated zinc metallopeptidase / Peptidase M50 / Peptidase family M50 / PDZ domain / PDZ domain 6 / PDZ domain / PDZ domain / Pdz3 Domain / PDZ domain profile. / Domain present in PSD-95, Dlg, and ZO-1/2. ...Peptidase M50, putative membrane-associated zinc metallopeptidase / Peptidase M50 / Peptidase family M50 / PDZ domain / PDZ domain 6 / PDZ domain / PDZ domain / Pdz3 Domain / PDZ domain profile. / Domain present in PSD-95, Dlg, and ZO-1/2. / PDZ domain / PDZ superfamily / Neutral zinc metallopeptidases, zinc-binding region signature. / Roll / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Putative zinc metalloprotease aq_1964
類似検索 - 構成要素
生物種Aquifex aeolicus (バクテリア)
MUS MUSCULUS (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Nogi, T. / Tabata, S. / Tamura-kawakami, K. / Takagi, J.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2013
タイトル: A Structure-Based Model of Substrate Discrimination by a Noncanonical PDZ Tandem in the Intramembrane-Cleaving Protease RseP
著者: Hizukuri, Y. / Oda, T. / Tabata, S. / Tamura-kawakami, K. / Oi, R. / Sato, M. / Takagi, J. / Akiyama, Y. / Nogi, T.
履歴
登録2013年10月28日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02013年12月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年2月19日Group: Database references
改定 1.22023年11月8日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.32024年10月9日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative zinc metalloprotease aq_1964
H: MOUSE IGG1-KAPPA FAB (HEAVY CHAIN)
L: MOUSE IGG1-KAPPA FAB (LIGHT CHAIN)
B: Putative zinc metalloprotease aq_1964
I: MOUSE IGG1-KAPPA FAB (HEAVY CHAIN)
M: MOUSE IGG1-KAPPA FAB (LIGHT CHAIN)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)136,6926
ポリマ－136,6926
非ポリマー00
水6,972387
1
A: Putative zinc metalloprotease aq_1964
H: MOUSE IGG1-KAPPA FAB (HEAVY CHAIN)
L: MOUSE IGG1-KAPPA FAB (LIGHT CHAIN)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,3463
ポリマ－68,3463
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6400 Å2
ΔGint-33 kcal/mol
Surface area27370 Å2
手法PISA
2
B: Putative zinc metalloprotease aq_1964
I: MOUSE IGG1-KAPPA FAB (HEAVY CHAIN)
M: MOUSE IGG1-KAPPA FAB (LIGHT CHAIN)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,3463
ポリマ－68,3463
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6550 Å2
ΔGint-28 kcal/mol
Surface area26840 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)51.243, 86.042, 92.542
Angle α, β, γ (deg.)100.84, 96.92, 101.32
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質 Putative zinc metalloprotease aq_1964


分子量: 19997.455 Da / 分子数: 2 / 断片: PDZ TANDEM FRAGMENT, UNP RESIDUES 115-292 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Aquifex aeolicus (バクテリア) / 株: VF5 / 遺伝子: aq_1964 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌)
参照: UniProt: O67776, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; その他のペプチターゼ
#2: 抗体 MOUSE IGG1-KAPPA FAB (HEAVY CHAIN)


分子量: 24268.041 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) MUS MUSCULUS (ハツカネズミ)
#3: 抗体 MOUSE IGG1-KAPPA FAB (LIGHT CHAIN)


分子量: 24080.465 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) MUS MUSCULUS (ハツカネズミ)
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 387 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY
配列の詳細DNA SEQUENCEs FOR CHAIN H, I, L AND M WERE NOT AVAILABLE AT THE UNIPROT KNOWLEDGEBASE DATABASE ...DNA SEQUENCEs FOR CHAIN H, I, L AND M WERE NOT AVAILABLE AT THE UNIPROT KNOWLEDGEBASE DATABASE (UNIPROTKB) AT THE TIME OF DEPOSITION. DNA SEQUENCE FOR CHAINS H AND I HAS DDBJ ACCESSION NUMBER AB701676. DNA SEQUENCE FOR CHAINS L AND M HAS DDBJ ACCESSION NUMBER AB701677.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.84 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.63 %
結晶化pH: 7
詳細: 16%(W/V) POLYETHYLENE GLYCOL 8000, 200MM SODIUM MALONATE, 0.5%(W/) N-OCTYL BETA-D-GLUCOPYRANOSIDE, PH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, TEMPERATURE 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-17A / 波長: 1
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2011年6月10日
放射モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→47.44 Å / Num. obs: 74923 / % possible obs: 98.2 % / Observed criterion σ(I): -3
反射 シェル解像度: 2.2→2.32 Å / % possible all: 97.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOLREP位相決定
REFMAC5.6.0117精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1NSN

1nsn


解像度: 2.2→47.44 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.931 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.896 / SU B: 6.989 / SU ML: 0.177 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.279 / ESU R Free: 0.227 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.272 3771 5 %RANDOM
Rwork0.224 ---
obs0.227 74918 98.2 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 39.78 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.57 Å2-0.73 Å20.33 Å2
2---0.61 Å20.17 Å2
3---2.04 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→47.44 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9228 0 0 387 9615
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.029627
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1741.96713112
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.77551223
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.25924.741386
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.072151643
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.5611541
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0740.21474
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0217233
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.26 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.362 283 -
Rwork0.302 5255 -
obs--97.09 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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