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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3wjv | ||||||
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タイトル | Crystal structure of the L68E variant of mLolB | ||||||
要素 | Outer-membrane lipoprotein LolB | ||||||
キーワード | TRANSPORT PROTEIN / LolA/LolB Fold / Outer membrane | ||||||
機能・相同性 | Lipoprotein localisation LolA/LolB/LppX / outer membrane lipoprotein receptor (LolB), chain A / Clam / Mainly Beta / : 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å | ||||||
データ登録者 | Takeda, K. / Tokuda, H. / Miki, K. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2014 タイトル: Roles of the Protruding Loop of Factor B Essential for the Localization of Lipoproteins (LolB) in the Anchoring of Bacterial Triacylated Proteins to the Outer Membran 著者: Hayashi, Y. / Tsurumizu, R. / Tsukahara, J. / Takeda, K. / Narita, S. / Mori, M. / Miki, K. / Tokuda, H. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3wjv.cif.gz | 50.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3wjv.ent.gz | 35 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3wjv.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 3wjv_validation.pdf.gz | 444.6 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 3wjv_full_validation.pdf.gz | 450.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | 3wjv_validation.xml.gz | 10.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 3wjv_validation.cif.gz | 12.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wj/3wjv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wj/3wjv | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 21241.678 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 22-207 / 変異: C1A, L68E / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: ATCC 33849 / DSM 4235 / NCIB 12045 / K12 / DH1 / 遺伝子: lolB, ECDH1ME8569_1148 / プラスミド: pRT102 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: C9QXY7 | ||
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#2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.46 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 詳細: 180mM ammonium sulfate, 25%(w/v) PEG8000, 15%(v/v) glycerol, 20mM Tris-HCl, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 95 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL41XU / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2008年4月19日 / 詳細: mirrors |
放射 | モノクロメーター: Si111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.4→30 Å / Num. obs: 7140 / % possible obs: 95.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.9 % / Biso Wilson estimate: 30.5 Å2 / Rsym value: 0.07 / Net I/σ(I): 20.5 |
反射 シェル | 解像度: 2.4→2.49 Å / 冗長度: 4 % / Mean I/σ(I) obs: 3.8 / Num. unique all: 640 / Rsym value: 0.23 / % possible all: 85.7 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: A chain of 1IWM 解像度: 2.4→29.16 Å / Rfactor Rfree error: 0.015 / Data cutoff high absF: 63406.8 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: BULK SOLVENT MODEL USED
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 59.3137 Å2 / ksol: 0.35 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 49.8 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.4→29.16 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS | NCS model details: NONE | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 2.4→2.55 Å / Rfactor Rfree error: 0.051 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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