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- PDB-3wjg: Crystal structure of mutant nitrobindin M75L/H76L/Q96C/M148W/H158... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3wjg
タイトルCrystal structure of mutant nitrobindin M75L/H76L/Q96C/M148W/H158L (NB10) from Arabidopsis thaliana
要素UPF0678 fatty acid-binding protein-like protein At1g79260
キーワードTRANSPORT PROTEIN / beta-barrel / intracellular transport / hydrophobic ligands
機能・相同性
機能・相同性情報


Isomerases; Other isomerases / isomerase activity / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
THAP4-like, heme-binding beta-barrel domain / Nitrobindin family / THAP4-like, heme-binding beta-barrel domain / Calycin beta-barrel core domain / Calycin / Lipocalin / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Peroxynitrite isomerase Rv2717c
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.1 Å
データ登録者Mizohata, E. / Fukumoto, K. / Onoda, A. / Bocola, M. / Arlt, M. / Inoue, T. / Schwaneberg, U. / Hayashi, T.
引用ジャーナル: CHEMCATCHEM / 年: 2014
タイトル: A Rhodium Complex-linked Hybrid Biocatalyst: Stereo-controlled Phenylacetylene Polymerization within an Engineered Protein Cavity
著者: Fukumoto, K. / Onoda, A. / Mizohata, E. / Bocola, M. / Inoue, T. / Schwaneberg, U. / Hayashi, T.
履歴
登録2013年10月8日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02014年4月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月20日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: UPF0678 fatty acid-binding protein-like protein At1g79260
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,6042
ポリマ－19,5121
非ポリマー921
水3,531196
1
A: UPF0678 fatty acid-binding protein-like protein At1g79260
ヘテロ分子

A: UPF0678 fatty acid-binding protein-like protein At1g79260
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,2084
ポリマ－39,0242
非ポリマー1842
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_455-x-1,-y,z1
Buried area2290 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area14790 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)59.940, 79.410, 36.477
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: タンパク質 UPF0678 fatty acid-binding protein-like protein At1g79260 / Nitrobindin


分子量: 19512.119 Da / 分子数: 1 / 変異: M75L, H76L, Q96C, M148W, H158L / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: At1g79260, At1g79260.1, YUP8H12R.14 / プラスミド: pET42b(+) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21Star(DE3) / 参照: UniProt: O64527
#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 196 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.71 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 5mM MES, 200mM NaCl, 1mM dithioerythritol, 100mM Tris-HCl, 18-20% polyethylene glycol 2000 , VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL44XU / 波長: 0.9 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX300HE / 検出器: CCD / 日付: 2013年5月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.1→50 Å / Num. obs: 70604 / % possible obs: 98.9 % / Rsym value: 0.042 / Net I/σ(I): 54.7
反射 シェル解像度: 1.1→1.14 Å / Mean I/σ(I) obs: 3.8 / Rsym value: 0.339 / % possible all: 97.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BSSデータ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.6.0117精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.1→40 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.979 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.972 / SU B: 0.967 / SU ML: 0.02 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.029 / ESU R Free: 0.031 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.18796 3571 5.1 %RANDOM
Rwork0.15828 ---
obs0.1598 67012 98.87 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 23.362 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.01 Å20 Å20 Å2
2---0.16 Å20 Å2
3---0.15 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.1→40 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1202 0 6 196 1404
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0230.021323
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.1941.991812
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.0825176
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.4223.63655
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.6615240
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg22.517159
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1510.2203
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0160.021998
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr8.6131323
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free61.201529
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded23.88751448
LS精密化 シェル解像度: 1.101→1.129 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.321 266 -
Rwork0.299 4525 -
obs--96.83 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -22.6825 Å / Origin y: -9.7553 Å / Origin z: 14.644 Å
111213212223313233
T0.0042 Å2-0.0004 Å20.0001 Å2-0.0027 Å20.0003 Å2--0.0059 Å2
L0.0169 °2-0.0064 °20.0166 °2-0.0079 °20.0045 °2--0.038 °2
S-0.0008 Å °0.0021 Å °-0.001 Å °-0.0004 Å °0.0001 Å °0.0014 Å °-0.0018 Å °0.0049 Å °0.0007 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A14 - 166
2X-RAY DIFFRACTION1A401

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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