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- PDB-4ymy: Crystal structure of mutant nitrobindin M75A/H76L/Q96C/M148L/H158... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ymy
タイトルCrystal structure of mutant nitrobindin M75A/H76L/Q96C/M148L/H158A (NB11) from Arabidopsis thaliana
要素UPF0678 fatty acid-binding protein-like protein At1g79260
キーワードTRANSPORT PROTEIN / beta-barrel / intracellular transport / hydrophobic ligand / Cytoplasm
機能・相同性
機能・相同性情報


Isomerases; Other isomerases / isomerase activity / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
THAP4-like, heme-binding beta-barrel domain / Nitrobindin family / THAP4-like, heme-binding beta-barrel domain / Calycin beta-barrel core domain / Calycin / Lipocalin / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Peroxynitrite isomerase Rv2717c
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1 Å
データ登録者Mizohata, E. / Himiyama, T. / Tachikawa, K. / Oohora, K. / Onoda, A. / Hayashi, T.
資金援助 日本, 1件
組織認可番号国
MEXTarea 2204 日本
引用ジャーナル: Acs Catalysis / 年: 2015
タイトル: A Highly Active Biohybrid Catalyst for Olefin Metathesis in Water: Impact of a Hydrophobic Cavity in a beta-Barrel Protein
著者: Sauer, D.F. / Himiyama, T. / Tachikawa, K. / Fukumoto, K. / Onoda, A. / Mizohata, E. / Inoue, T. / Bocola, M. / Schwaneberg, U. / Hayashi, T. / Okuda, J.
履歴
登録2015年3月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02015年12月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年2月5日Group: Data collection / Derived calculations / カテゴリ: diffrn_source / pdbx_struct_oper_list
Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.22023年11月8日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: UPF0678 fatty acid-binding protein-like protein At1g79260
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,7235
ポリマ－19,3551
非ポリマー3684
水3,513195
1
A: UPF0678 fatty acid-binding protein-like protein At1g79260
ヘテロ分子

A: UPF0678 fatty acid-binding protein-like protein At1g79260
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,44710
ポリマ－38,7102
非ポリマー7378
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_575-x,-y+2,z1
Buried area3740 Å2
ΔGint-14 kcal/mol
Surface area14850 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)59.654, 79.285, 36.409
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-378-

HOH

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要素

#1: タンパク質 UPF0678 fatty acid-binding protein-like protein At1g79260


分子量: 19354.908 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 2-166 / 変異: M75A/H76L/Q96C/M148L/H158A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: At1g79260, YUP8H12R.14 / プラスミド: pET42b(+) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21Start(DE3) / 参照: UniProt: O64527
#2: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 195 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.7 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.3 / 詳細: Tris-HCl buffer, polyethylene glycol 2000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL44XU / 波長: 0.9 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX300HE / 検出器: CCD / 日付: 2014年5月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1→50 Å / Num. obs: 92122 / % possible obs: 98.3 % / 冗長度: 10.3 % / Rsym value: 0.051 / Net I/σ(I): 42.7
反射 シェル解像度: 1→1.04 Å / Mean I/σ(I) obs: 4.2 / % possible all: 95.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0049精密化
HKL-2000data processing
PHASER位相決定
Cootモデル構築
HKL-2000データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2A13

2a13


解像度: 1→47.67 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.982 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.978 / SU B: 0.458 / SU ML: 0.011 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.018 / ESU R Free: 0.018 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.13593 4620 5 %RANDOM
Rwork0.12312 ---
obs0.12375 87472 98.17 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 18.747 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.15 Å20 Å2-0 Å2
2--0.09 Å20 Å2
3---0.05 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1→47.67 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1190 0 24 195 1409
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0230.021321
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.021292
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.022.0011803
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.77333017
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.8845176
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.09623.58553
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg10.74715236
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.272159
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1390.2205
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0120.0211459
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0120.02278
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.3131.391635
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.3141.391634
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.7012.102798
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other1.72.102799
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.281.898686
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other3.2761.898686
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other4.1212.658994
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined4.76213.4621496
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other4.20612.5171418
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr5.83332613
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free35.242577
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded11.12452694
LS精密化 シェル解像度: 1.001→1.027 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.246 333 -
Rwork0.222 6099 -
obs--93.53 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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