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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3wjf | ||||||
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タイトル | Crystal structure of mutant nitrobindin M75L/H76L/Q96C/V128W/M148L/H158L (NB9) from Arabidopsis thaliana | ||||||
![]() | UPF0678 fatty acid-binding protein-like protein At1g79260 | ||||||
![]() | TRANSPORT PROTEIN / beta-barrel / intracellular transport / hydrophobic ligands | ||||||
機能・相同性 | ![]() | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Mizohata, E. / Fukumoto, K. / Onoda, A. / Bocola, M. / Arlt, M. / Inoue, T. / Schwaneberg, U. / Hayashi, T. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: A Rhodium Complex-linked Hybrid Biocatalyst: Stereo-controlled Phenylacetylene Polymerization within an Engineered Protein Cavity 著者: Fukumoto, K. / Onoda, A. / Mizohata, E. / Bocola, M. / Inoue, T. / Schwaneberg, U. / Hayashi, T. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 135.4 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 107 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 436.9 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 444.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 14.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 19.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper:
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 19526.146 Da / 分子数: 2 / 変異: M75L, H76L, Q96C, V128W, M148L, H158L / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: At1g79260, At1g79260.1, YUP8H12R.14 / プラスミド: pET42b(+) / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.46 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 詳細: 5mM MES, 200mM NaCl, 1mM dithioerythritol, 100mM Tris-HCl, 18-20% polyethylene glycol 2000 , VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: RAYONIX MX300HE / 検出器: CCD / 日付: 2013年5月12日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.2→50 Å / Num. obs: 17383 / % possible obs: 95.1 % / Rsym value: 0.05 / Net I/σ(I): 23 |
反射 シェル | 解像度: 2.2→2.28 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / Rsym value: 0.294 / % possible all: 90.3 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 53.309 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.2→40 Å
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拘束条件 |
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