PDB-3wjc: Crystal structure of mutant nitrobindin M75L/H76L/Q96C/M148L/H158...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3wjc

タイトル

Crystal structure of mutant nitrobindin M75L/H76L/Q96C/M148L/H158L covalently linked with [Rh(Cp-Mal)(COD)] (NB4-Rh) from Arabidopsis thaliana

要素

UPF0678 fatty acid-binding protein-like protein At1g79260

キーワード

TRANSPORT PROTEIN / beta-barrel / intracellular transport / hydrophobic ligands / [Rh(Cp-Mal)(COD)]

機能・相同性

機能・相同性情報

Isomerases; Other isomerases / isomerase activity / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Mizohata, E. / Fukumoto, K. / Onoda, A. / Bocola, M. / Arlt, M. / Inoue, T. / Schwaneberg, U. / Hayashi, T.

引用

ジャーナル: CHEMCATCHEM / 年: 2014
タイトル: A Rhodium Complex-linked Hybrid Biocatalyst: Stereo-controlled Phenylacetylene Polymerization within an Engineered Protein Cavity
著者: Fukumoto, K. / Onoda, A. / Mizohata, E. / Bocola, M. / Inoue, T. / Schwaneberg, U. / Hayashi, T.

履歴

登録	2013年10月8日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2014年4月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3wjc.cif.gz	130.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3wjc.ent.gz	108.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3wjc.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3wjc_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3wjc_full_validation.pdf.gz	1.3 MB	表示
XML形式データ	3wjc_validation.xml.gz	21.3 KB	表示
CIF形式データ	3wjc_validation.cif.gz	28.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wj/3wjc ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wj/3wjc	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3wjbC 3wjdC 3wjeC 3wjfC 3wjgC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3wje-d 3wjb-d 3emm-1 3wjf-d 6bg2-4 4ymy-1 5hus-d 3tux-d 1ls5-2 3fh9-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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「今月の分子」の関連する項目	#193 - 2016年1月シデロカリン (Siderocalin) 類似性 (1) #78 - 2006年6月ルシフェラーゼ (Luciferase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: UPF0678 fatty acid-binding protein-like protein At1g79260

B: UPF0678 fatty acid-binding protein-like protein At1g79260

ヘテロ分子

40.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	67.888, 67.888, 129.895
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	76
Space group name H-M	P4₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Refine code	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	1	1	3	A	20 - 160
2	1	1	3	B	20 - 160

#1: タンパク質	UPF0678 fatty acid-binding protein-like protein At1g79260 / Nitrobindin 分子量: 19439.068 Da / 分子数: 2 / 変異: M75L, H76L, Q96C, M148L, H158L / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) 遺伝子: At1g79260, At1g79260.1, YUP8H12R.14 / プラスミド: pET42b(+) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21Star(DE3) / 参照: UniProt: O64527
#2: 化合物	ChemComp-RMD / [(1,2,5,6-eta)-cyclooctane-1,2,5,6-tetrayl]{(1,2,3,4,5-eta)-1-[2-(2,5-dioxopyrrolidin-1-yl)ethyl]cyclopentadienyl}rhodium 分子量: 401.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₉H₂₄NO₂Rh
#3: 化合物	ChemComp-BA / BARIUM ION / バリウムジカチオン分子量: 137.327 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ba
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 174 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.85 Å³/Da / 溶媒含有率: 68.05 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 5mM MES, 200mM NaCl, 100mM MES, 26% polyethylene glycol 400 , pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.54178 Å

検出器

タイプ: RIGAKU RAXIS VII / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2013年9月14日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.54178 Å / 相対比: 1

Reflection twin

Crystal-ID	ID	Operator	Domain-ID	Fraction
1	1	H, K, L	1	0.5
1	1	K, H, -L	2	0.5

反射

解像度: 2→50 Å / Num. obs: 38003 / % possible obs: 95.9 % / R_sym value: 0.091 / Net I/σ(I): 11.1

反射シェル

解像度: 2→2.07 Å / Mean I/σ(I) obs: 3 / R_sym value: 0.357 / % possible all: 93

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
CrystalClear		データ収集
PHASER		位相決定
REFMAC	5.5.0109	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2→20 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.926 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.874 / SU B: 8.237 / SU ML: 0.095 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.033 / ESU R Free: 0.035 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.295	1941	5.1 %	RANDOM
R_work	0.23901	-	-	-
obs	0.24177	35981	95.75 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 40.307 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	6.37 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	6.37 Å²	0 Å²
3-	-	-	-12.73 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→20 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2392	0	50	174	2616

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.022	2516
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	4.241	2.014	3378
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	8.187	5	300
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	38.913	23.75	96
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	20.796	15	418
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	15.951	15	14
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.288	0.2	376
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.01	0.021	1848
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.902	1.5	1520
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.76	2	2462
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	5.06	3	996
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	6.43	4.5	916
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
560	tight positional	0.28	0.05
563	loose positional	0.42	5
560	tight thermal	0.66	0.5
563	loose thermal	0.94	10

LS精密化シェル

解像度: 1.999→2.051 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.319	139	-
R_work	0.328	2472	-
obs	-	-	90.88 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.0552	0.0316	0.0505	0.1152	0.0141	0.05	-0.0104	-0.0052	-0.0125	0.0078	0.0104	-0.0062	-0.0113	-0.0046	-0.0001	0.0583	0.0123	0.0046	0.0387	0.0038	0.0885	28.517	-11.4815	-13.7169
2	0.3136	0.0797	-0.0299	0.1962	0.0588	0.0282	-0.0031	-0.0473	-0.0516	0.0014	-0.0068	-0.0095	-0.0017	0.0044	0.01	0.0558	0.0167	0.0042	0.063	0.0113	0.0789	11.4544	-28.7609	-18.1362

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	14 - 166
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	14 - 166

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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