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- PDB-3wip: Crystal structure of acetylcholine bound to Ls-AChBP -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3wip
タイトルCrystal structure of acetylcholine bound to Ls-AChBP
要素Acetylcholine-binding protein
キーワードACETYLCHOLINE-BINDING PROTEIN / Acetylcholine-binding protein-agonist complex / Lymnaea stagnalis / Agonist / Acetylcholine
機能・相同性
機能・相同性情報


excitatory extracellular ligand-gated monoatomic ion channel activity / synaptic cleft / transmitter-gated monoatomic ion channel activity involved in regulation of postsynaptic membrane potential / transmembrane signaling receptor activity / postsynapse / neuron projection / membrane
類似検索 - 分子機能
Acetylcholine Binding Protein; Chain: A, / Neurotransmitter-gated ion-channel ligand-binding domain / Neurotransmitter-gated ion-channel / Neurotransmitter-gated ion-channel ligand-binding domain / Neurotransmitter-gated ion-channel ligand-binding domain superfamily / Neurotransmitter-gated ion-channel ligand binding domain / Distorted Sandwich / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETYLCHOLINE / ACETATE ION / Acetylcholine-binding protein
類似検索 - 構成要素
生物種Lymnaea stagnalis (無脊椎動物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Olsen, J.A. / Balle, T. / Gajhede, M. / Ahring, P.K. / Kastrup, J.S.
引用ジャーナル: Plos One / 年: 2014
タイトル: Molecular recognition of the neurotransmitter acetylcholine by an acetylcholine binding protein reveals determinants of binding to nicotinic acetylcholine receptors
著者: Olsen, J.A. / Balle, T. / Gajhede, M. / Ahring, P.K. / Kastrup, J.S.
履歴
登録2013年9月24日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02014年4月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年5月16日Group: Data collection / Refinement description / カテゴリ: diffrn_source / software
Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _software.version
改定 1.22023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Acetylcholine-binding protein
B: Acetylcholine-binding protein
C: Acetylcholine-binding protein
D: Acetylcholine-binding protein
E: Acetylcholine-binding protein
F: Acetylcholine-binding protein
G: Acetylcholine-binding protein
H: Acetylcholine-binding protein
I: Acetylcholine-binding protein
J: Acetylcholine-binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)266,13643
ポリマ－260,87310
非ポリマー5,26333
水7,332407
1
A: Acetylcholine-binding protein
B: Acetylcholine-binding protein
C: Acetylcholine-binding protein
D: Acetylcholine-binding protein
E: Acetylcholine-binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)133,51723
ポリマ－130,4375
非ポリマー3,08118
水905
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area17490 Å2
ΔGint-120 kcal/mol
Surface area42080 Å2
手法PISA
2
F: Acetylcholine-binding protein
G: Acetylcholine-binding protein
H: Acetylcholine-binding protein
I: Acetylcholine-binding protein
J: Acetylcholine-binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)132,61920
ポリマ－130,4375
非ポリマー2,18315
水905
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area16740 Å2
ΔGint-123 kcal/mol
Surface area42600 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)236.850, 73.150, 132.470
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 101.450, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11chain F and (resseq 4:12 or resseq 16:21 or resseq...
21chain B and (resseq 4:12 or resseq 16:21 or resseq...
31chain C and (resseq 4:12 or resseq 16:21 or resseq...
41chain D and (resseq 4:12 or resseq 16:21 or resseq...
51chain A and (resseq 4:12 or resseq 16:21 or resseq...
61chain E and (resseq 4:12 or resseq 16:21 or resseq...
71chain G and (resseq 4:12 or resseq 16:21 or resseq...
81chain H and (resseq 4:12 or resseq 16:21 or resseq...
91chain I and (resseq 4:12 or resseq 16:21 or resseq...
101chain J and (resseq 4:12 or resseq 16:21 or resseq...
12chain C and (resseq 22:25 )
22chain B and (resseq 22:25 )
32chain E and (resseq 22:25 )
42chain D and (resseq 22:25 )
52chain A and (resseq 22:25 )
62chain F and (resseq 22:25 )
72chain G and (resseq 22:25 )
82chain H and (resseq 22:22 or resseq 25:25 )
92chain I and (resseq 22:25 )
102chain J and (resseq 22:25 )

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
111chain F and (resseq 4:12 or resseq 16:21 or resseq...F4 - 12
121chain F and (resseq 4:12 or resseq 16:21 or resseq...F16 - 21
131chain F and (resseq 4:12 or resseq 16:21 or resseq...F26 - 52
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171chain F and (resseq 4:12 or resseq 16:21 or resseq...F164 - 184
181chain F and (resseq 4:12 or resseq 16:21 or resseq...F193 - 202
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211chain B and (resseq 4:12 or resseq 16:21 or resseq...B4 - 12
221chain B and (resseq 4:12 or resseq 16:21 or resseq...B16 - 21
231chain B and (resseq 4:12 or resseq 16:21 or resseq...B26 - 52
241chain B and (resseq 4:12 or resseq 16:21 or resseq...B55 - 111
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291chain B and (resseq 4:12 or resseq 16:21 or resseq...A300 - 301
311chain C and (resseq 4:12 or resseq 16:21 or resseq...C4 - 12
321chain C and (resseq 4:12 or resseq 16:21 or resseq...C16 - 21
331chain C and (resseq 4:12 or resseq 16:21 or resseq...C26 - 52
341chain C and (resseq 4:12 or resseq 16:21 or resseq...C55 - 111
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691chain E and (resseq 4:12 or resseq 16:21 or resseq...D300 - 301
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212chain B and (resseq 22:25 )B22 - 25
312chain E and (resseq 22:25 )E22 - 25
412chain D and (resseq 22:25 )D22 - 25
512chain A and (resseq 22:25 )A22 - 25
612chain F and (resseq 22:25 )F22 - 25
712chain G and (resseq 22:25 )G22 - 25
812chain H and (resseq 22:22 or resseq 25:25 )H22
822chain H and (resseq 22:22 or resseq 25:25 )H25
912chain I and (resseq 22:25 )I22 - 25
1012chain J and (resseq 22:25 )J22 - 25

NCSアンサンブル:
ID
1
2

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
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6given(0.999157, -0.01977, -0.035974), (-0.027816, 0.31839, -0.947552), (0.030187, 0.947754, 0.317572)1.30464, 40.744999, 8.43061
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17given(-0.999946, -0.01038, 0.000308), (0.009948, -0.948949, 0.315274), (-0.002981, 0.31526, 0.949001)83.569397, 15.7495, -3.01584
18given(-0.997971, 0.057035, 0.028288), (0.029798, 0.025793, 0.999223), (0.056261, 0.998039, -0.027441)81.0131, -20.364901, 16.8724

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 10分子 ABCDEFGHIJ

#1: タンパク質
Acetylcholine-binding protein / ACh-binding protein / AchBP


分子量: 26087.311 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Lymnaea stagnalis (無脊椎動物) / プラスミド: PFASTBAC I
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
株 (発現宿主): Sf9 / 参照: UniProt: P58154

-
非ポリマー , 6種, 440分子

#2: 化合物
ChemComp-ACH / ACETYLCHOLINE / アセチルコリン


分子量: 146.207 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H16NO2 / コメント: 神経伝達物質*YM
#3: 化合物
ChemComp-1PE / PENTAETHYLENE GLYCOL / PEG400 / ペンタエチレングリコ-ル


分子量: 238.278 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H22O6 / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#6: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 407 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.94 % / Mosaicity: 0.56 °
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8
詳細: 0.1M TRIS, 1.025M (NH4)2SO4, 0.1M NaCl, 1.5% PEG 400, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 101 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: MAX II / ビームライン: I911-3 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2012年6月21日
放射モノクロメーター: Si[111] / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→129.834 Å / Num. obs: 68170 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 3.3 % / Biso Wilson estimate: 34.95 Å2 / Rsym value: 0.101 / Net I/σ(I): 8.3
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) allRmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRpim(I) allRrim(I) allRsym valueNet I/σ(I) obs% possible all
2.6-2.743.20.3570.29623228099430.1980.3570.2963.899.9
2.74-2.913.30.2430.2013.33078194390.1340.2430.201599.8
2.91-3.113.30.1830.1524.32878888340.1010.1830.1526.399.7
3.11-3.363.30.1280.1065.82706382530.070.1280.1068.399.5
3.36-3.683.30.1110.0926.32483275640.0610.1110.0929.899.4
3.68-4.113.30.10.08362254968660.0550.10.08310.999.1
4.11-4.753.30.0930.0787.31987860410.050.0930.07812.198.8
4.75-5.813.30.1190.15.81675550800.0640.1190.111.998.4
5.81-8.223.30.0990.0836.91302339610.0530.0990.08311.597.9
8.22-48.293.20.0840.076.8689921890.0460.0840.0712.196.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALA3.3.16データスケーリング
PHENIX1.8.2_1309精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
MxCuBEmarccdデータ収集
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3ZDG

3zdg


解像度: 2.6→46.172 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.34 / SU ML: 0.32 / 交差検証法: Random / σ(F): 0 / 位相誤差: 23.9 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2389 3446 5.06 %R-free set generated in Scala
Rwork0.1787 64697 --
obs0.1818 68143 99.06 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 116.61 Å2 / Biso mean: 32.7157 Å2 / Biso min: 6.11 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→46.172 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数16170 0 340 407 16917
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00917105
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.36823254
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0712621
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0052973
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.4546436
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDタイプRms dev position (Å)
11F1341X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.051
12B1341X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.051
13C1311X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.045
14D1335X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.048
15A1333X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.048
16E1341X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.047
17G1341X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.056
18H1341X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.044
19I1332X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.059
110J1341X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.056
21C39X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.026
22B39X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.026
23E39X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.03
24D39X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.03
25A39X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.024
26F39X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.035
27G39X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.026
28H20X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.075
29I39X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.021
210J39X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.025
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 25

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.6-2.63560.34031420.228326112753100
2.6356-2.67330.32781220.22525362658100
2.6733-2.71320.31211310.207126222753100
2.7132-2.75560.27641180.192626372755100
2.7556-2.80070.30411220.194325702692100
2.8007-2.8490.29071310.197425912722100
2.849-2.90080.27861500.197625932743100
2.9008-2.95660.27291490.199725632712100
2.9566-3.01690.26351170.193526122729100
3.0169-3.08250.25781460.199925832729100
3.0825-3.15420.28481350.18322593272899
3.1542-3.23310.2891080.18232591269999
3.2331-3.32050.23591460.18322598274499
3.3205-3.41810.23471300.17582575270599
3.4181-3.52840.25291730.1682574274799
3.5284-3.65450.23051470.17592572271999
3.6545-3.80070.24711350.17052581271699
3.8007-3.97360.20181530.16762573272699
3.9736-4.1830.22131410.15942566270799
4.183-4.44490.20081510.1472580273199
4.4449-4.78770.20011350.14932584271999
4.7877-5.26890.21371490.16082585273498
5.2689-6.02990.22071420.18262595273798
6.0299-7.59160.23961420.19822577271998
7.5916-46.1790.20041310.19722635276696

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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