PDB-3wih: Crystal structure of the third fibronectin domain (Fn3) of human ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3wih

タイトル

Crystal structure of the third fibronectin domain (Fn3) of human ROBO1 in complex with the Fab fragment of murine monoclonal antibody B2212A.

要素

Roundabout homolog 1
anti-human ROBO1 antibody B2212A Fab heavy chain
anti-human ROBO1 antibody B2212A Fab light chain

キーワード

IMMUNE SYSTEM / fibronectin type-III domain / hepatocellular carcinoma antigen / angiogenesis

機能・相同性

機能・相同性情報

chemorepulsion involved in postnatal olfactory bulb interneuron migration / negative regulation of negative chemotaxis / Regulation of cortical dendrite branching / negative regulation of mammary gland epithelial cell proliferation / negative regulation of chemokine-mediated signaling pathway / heart induction / axon guidance receptor activity / Netrin-1 signaling / Regulation of commissural axon pathfinding by SLIT and ROBO / Role of ABL in ROBO-SLIT signaling ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

Mus musculus (ハツカネズミ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.701 Å

データ登録者

Nakayama, T. / Mizohata, E. / Yamashita, T. / Nagatoishi, M. / Iwanari, H. / Mochizuki, Y. / Kado, Y. / Yokota, Y. / Sato, R. / Tsumoto, K. ...

引用

ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2015
タイトル: Structural features of interfacial tyrosine residue in ROBO1 fibronectin domain-antibody complex: Crystallographic, thermodynamic, and molecular dynamic analyses
著者: Nakayama, T. / Mizohata, E. / Yamashita, T. / Nagatoishi, S. / Nakakido, M. / Iwanari, H. / Mochizuki, Y. / Kado, Y. / Yokota, Y. / Satoh, R. / Tsumoto, K. / Fujitani, H. / Kodama, T. / Hamakubo, T. / Inoue, T.

履歴

登録	2013年9月12日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2015年1月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年3月4日	Group: Database references
改定 1.2	2017年11月22日	Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.3	2023年11月8日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.4	2024年10月30日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

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PDB形式	pdb3wih.ent.gz	373.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3wih.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	3wih_validation.pdf.gz	478.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3wih_full_validation.pdf.gz	486.2 KB	表示
XML形式データ	3wih_validation.xml.gz	49.3 KB	表示
CIF形式データ	3wih_validation.cif.gz	73 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wi/3wih ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wi/3wih	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	3wiiC 1x5hS 3oz9S C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6ddv-d 2arj-2 4ffz-1 6bfq-2 6dkj-2 3skj-2 2x7l-3 6ywd-d 6txz-4 5d72-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1) #245 - 2020年5月スプライソソーム (Spliceosomes) 類似性 (2) #43 - 2003年7月 Srcチロシンキナーゼ (Src Tyrosine Kinase) 類似性 (2) #267 - 2022年3月血管内皮増殖因子と血管新生 (Vascular Endothelial Growth Factor (VegF) 類似性 (3) #185 - 2015年5月タイチン (Titin) 類似性 (3) #60 - 2004年12月ユビキチン (Ubiquitin) 類似性 (1) #247 - 2020年7月ミエリン関連糖タンパク質 (Myelin-associated Glycoprotein) 類似性 (1) #52 - 2004年4月成長ホルモン (Growth Hormone) 類似性 (1) #148 - 2012年4月 Rasタンパク質 (Ras Protein) 類似性 (1) #141 - 2011年9月 O-GlcNAc転移酵素 (O-GlcNAc Transferase) 類似性 (1)

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#21 - 2001年9月
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SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies)
類似性 (1)
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スプライソソーム (Spliceosomes)
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類似性 (2)
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ユビキチン (Ubiquitin)
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類似性 (1)
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成長ホルモン (Growth Hormone)
類似性 (1)
#148 - 2012年4月
Rasタンパク質 (Ras Protein)
類似性 (1)
#141 - 2011年9月
O-GlcNAc転移酵素 (O-GlcNAc Transferase)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Roundabout homolog 1

L: anti-human ROBO1 antibody B2212A Fab light chain

H: anti-human ROBO1 antibody B2212A Fab heavy chain

B: Roundabout homolog 1

M: anti-human ROBO1 antibody B2212A Fab light chain

I: anti-human ROBO1 antibody B2212A Fab heavy chain

ヘテロ分子

116 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Roundabout homolog 1

L: anti-human ROBO1 antibody B2212A Fab light chain

H: anti-human ROBO1 antibody B2212A Fab heavy chain

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
57.8 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Roundabout homolog 1

M: anti-human ROBO1 antibody B2212A Fab light chain

I: anti-human ROBO1 antibody B2212A Fab heavy chain

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
57.8 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	159.474, 102.601, 97.236
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 127.57, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	H-643- HOH

#1: タンパク質	Roundabout homolog 1 / Deleted in U twenty twenty / H-Robo-1 分子量: 10356.519 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: DUTT1, ROBO1, Roundabout homolog 1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9Y6N7
#2: 抗体	anti-human ROBO1 antibody B2212A Fab light chain 分子量: 23570.998 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ)
#3: 抗体	anti-human ROBO1 antibody B2212A Fab heavy chain 分子量: 23732.439 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ)
#4: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1093 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y
配列の詳細	A SEQUENCE DATABASE REFERENCE FOR CHAIN L(M) AND CHAIN H(I) DOES NOT CURRENTLY EXIST. THESE ...A SEQUENCE DATABASE REFERENCE FOR CHAIN L(M) AND CHAIN H(I) DOES NOT CURRENTLY EXIST. THESE PROTEINS ARE THE ANTIBODY AGAINST CHAIN A(B).

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.73 Å³/Da / 溶媒含有率: 55.01 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.6 詳細: 25.5%(w/v) PEG4000, 0.085M Na citrate tribasic dehydrate, 0.17M ammonium acetate, 15%(v/v) glycerol, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SPring-8

/ ビームライン: BL44XU / 波長: 0.9 Å

検出器

タイプ: RAYONIX MX225HE / 検出器: CCD / 日付: 2011年10月5日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.7→50 Å / Num. obs: 128266 / % possible obs: 94.4 % / 冗長度: 2.9 % / R_merge(I) obs: 0.035 / Net I/σ(I): 15.4

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Diffraction-ID	% possible all
1.7-1.76	2.3	0.215	1	91.9
1.76-1.83	2.4	0.168	1	92.4
1.83-1.91	2.6	0.128	1	92.3
1.91-2.02	2.8	0.09	1	95
2.02-2.14	3	0.072	1	95.9
2.14-2.31	3	0.059	1	95.7
2.31-2.54	3	0.049	1	94.4
2.54-2.91	3	0.04	1	94.5
2.91-3.66	3.4	0.028	1	97.1
3.66-50	3.4	0.024	1	94.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
REFMAC	5.5.0109	精密化
PDB_EXTRACT	3.11	データ抽出
BSS		データ収集
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
MOLREP		位相決定
PHENIX	1.8.4_1496	精密化

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1X5H for CHAIN A(B), 3OZ9 for CHAIN L(M), H(I)

1x5h

3oz9

解像度: 1.701→14.906 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.969 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.946 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.3 / SU ML: 0.19 / σ(F): 0.09 / 位相誤差: 25.8 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2362	6422	5.02 %
R_work	0.1892	-	-
obs	0.1916	127984	94.4 %
all	-	128266	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 10.7763 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2
1-	0 Å²	0 Å²
2-	-	0 Å²
3-	-	-

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.701→14.906 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7992	0	12	1093	9097

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.003	8283
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.774	11277
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	11.917	2971
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.03	1281
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	1434

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.701-1.7203	0.3101	213	0.2815	3852	X-RAY DIFFRACTION	91
1.7203-1.7405	0.3301	201	0.2762	3929	X-RAY DIFFRACTION	92
1.7405-1.7617	0.3058	200	0.2605	3968	X-RAY DIFFRACTION	92
1.7617-1.784	0.2827	224	0.244	3957	X-RAY DIFFRACTION	93
1.784-1.8074	0.2553	205	0.2227	3936	X-RAY DIFFRACTION	92
1.8074-1.8322	0.2779	238	0.226	3964	X-RAY DIFFRACTION	92
1.8322-1.8583	0.2706	211	0.2232	3930	X-RAY DIFFRACTION	91
1.8583-1.886	0.2554	191	0.2175	3892	X-RAY DIFFRACTION	92
1.886-1.9154	0.2442	181	0.2064	4009	X-RAY DIFFRACTION	93
1.9154-1.9467	0.2596	218	0.1846	4065	X-RAY DIFFRACTION	94
1.9467-1.9802	0.2402	227	0.1807	4035	X-RAY DIFFRACTION	95
1.9802-2.0161	0.2315	232	0.1824	4105	X-RAY DIFFRACTION	96
2.0161-2.0548	0.2371	245	0.1907	4059	X-RAY DIFFRACTION	96
2.0548-2.0967	0.2472	201	0.1893	4103	X-RAY DIFFRACTION	96
2.0967-2.1421	0.2297	220	0.183	4098	X-RAY DIFFRACTION	96
2.1421-2.1918	0.27	202	0.1864	4128	X-RAY DIFFRACTION	96
2.1918-2.2464	0.2441	210	0.1916	4132	X-RAY DIFFRACTION	96
2.2464-2.3069	0.2429	216	0.1941	4105	X-RAY DIFFRACTION	95
2.3069-2.3746	0.2449	223	0.1931	4046	X-RAY DIFFRACTION	94
2.3746-2.4509	0.2847	227	0.1956	3966	X-RAY DIFFRACTION	95
2.4509-2.5381	0.2601	212	0.2038	4093	X-RAY DIFFRACTION	95
2.5381-2.6392	0.2437	215	0.2057	4047	X-RAY DIFFRACTION	94
2.6392-2.7586	0.2548	191	0.2045	4066	X-RAY DIFFRACTION	95
2.7586-2.903	0.276	182	0.2049	4105	X-RAY DIFFRACTION	95
2.903-3.0834	0.2522	206	0.1899	4161	X-RAY DIFFRACTION	96
3.0834-3.319	0.2194	250	0.1809	4161	X-RAY DIFFRACTION	97
3.319-3.6486	0.2071	209	0.1666	4240	X-RAY DIFFRACTION	98
3.6486-4.1664	0.2012	226	0.1612	4183	X-RAY DIFFRACTION	97
4.1664-5.2117	0.1926	213	0.1569	4193	X-RAY DIFFRACTION	96
5.2117-14.9067	0.2313	233	0.1999	4034	X-RAY DIFFRACTION	92

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.0552	0.0473	-0.2708	1.4505	0.2529	6.3032	0.1469	-0.3237	-0.0129	0.0454	-0.1832	-0.1276	0.0963	0.2162	0.0363	0.0595	0.0803	0.0007	0.553	0.0541	0.0145	29.226	-7.3696	34.5687
2	0.6859	-0.2772	0.2064	0.4884	-0.2978	1.3169	0.0433	0.1367	-0.2271	-0.1131	0.0064	0.0654	0.2482	0.1567	-0.0497	0.1388	0.0214	-0.0023	0.3579	-0.0669	0.1617	13.184	-5.1964	-8.7831
3	0.9431	-0.4028	0.4493	0.4422	-0.3575	1.2281	-0.0484	0.1094	0.0087	0.0152	-0.063	-0.0121	0.0089	0.2978	0.1113	0.044	0.0014	0.0012	0.3982	0.0009	0.0662	19.0816	8.906	-0.4088
4	6.2085	-0.1593	-1.0499	0.8705	0.1142	4.0646	0.0523	0.1314	0.1456	-0.0357	-0.1709	0.0731	-0.0211	-0.3762	0.1186	0.0419	0.0676	0.0077	0.5227	0.0582	0.0441	-40.8987	56.5844	-19.2603
5	1.458	-0.3731	0.0556	0.4715	-0.1873	0.6566	-0.0326	0.2145	0.2825	0.0295	-0.0027	-0.1362	-0.1919	0.0844	0.0353	0.1667	-0.0647	-0.0081	0.3598	0.0403	0.1449	5.295	54.4991	-15.0174
6	1.5242	-0.4487	0.3446	0.4653	-0.2965	0.7213	0.1093	0.3299	-0.0325	-0.0158	-0.0649	0.0144	-0.0324	0.0259	-0.0444	0.069	0.0018	-0.0047	0.4058	-0.0003	0.025	-4.8029	40.4552	-18.7497

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	( CHAIN A AND ( RESID 4:99 OR RESID 201:256 ) )	A	4 - 99
2	X-RAY DIFFRACTION	1	( CHAIN A AND ( RESID 4:99 OR RESID 201:256 ) )	A	201 - 256
3	X-RAY DIFFRACTION	2	( CHAIN L AND ( RESID 1:213 OR RESID 301:498 ) )	L	1 - 213
4	X-RAY DIFFRACTION	2	( CHAIN L AND ( RESID 1:213 OR RESID 301:498 ) )	L	301 - 498
5	X-RAY DIFFRACTION	3	( CHAIN H AND ( RESID 1:219 OR RESID 301:301 OR RESID 401:669 ) )	H	1 - 219
6	X-RAY DIFFRACTION	3	( CHAIN H AND ( RESID 1:219 OR RESID 301:301 OR RESID 401:669 ) )	H	301
7	X-RAY DIFFRACTION	3	( CHAIN H AND ( RESID 1:219 OR RESID 301:301 OR RESID 401:669 ) )	H	401 - 669
8	X-RAY DIFFRACTION	4	( CHAIN B AND ( RESID 4:99 OR RESID 201:270 ) )	B	4 - 99
9	X-RAY DIFFRACTION	4	( CHAIN B AND ( RESID 4:99 OR RESID 201:270 ) )	B	201 - 270
10	X-RAY DIFFRACTION	5	( CHAIN M AND ( RESID 1:213 OR RESID 301:515 ) )	M	1 - 213
11	X-RAY DIFFRACTION	5	( CHAIN M AND ( RESID 1:213 OR RESID 301:515 ) )	M	301 - 515
12	X-RAY DIFFRACTION	6	( CHAIN I AND ( RESID 1:219 OR RESID 1001:1001 OR RESID 1101:1386 ) )	I	1 - 219
13	X-RAY DIFFRACTION	6	( CHAIN I AND ( RESID 1:219 OR RESID 1001:1001 OR RESID 1101:1386 ) )	I	1001
14	X-RAY DIFFRACTION	6	( CHAIN I AND ( RESID 1:219 OR RESID 1001:1001 OR RESID 1101:1386 ) )	I	1101 - 1386

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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