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万見
- PDB-3wi3: Crystal Structure of the Sld3/Treslin domain from yeast Sld3 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3wi3
タイトルCrystal Structure of the Sld3/Treslin domain from yeast Sld3
要素DNA replication regulator SLD3
キーワードREPLICATION REGULATOR / CDC45-BINDING / ALPHA HELICAL
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of mitotic DNA replication initiation / DNA replication preinitiation complex / mitotic DNA replication checkpoint signaling / double-strand break repair via break-induced replication / chromosome, centromeric region / DNA replication initiation / DNA replication / chromatin binding / chromatin / nucleus
類似検索 - 分子機能
Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 - #2130 / Sld3, N-terminal / Sld3 N-terminal domain / DNA replication regulator Sld3, C-terminal / DNA replication regulator Sld3 / DNA replication regulator SLD3, STD domain / Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA replication regulator SLD3
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Itou, H. / Araki, H. / Shirakihara, Y.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2014
タイトル: Crystal structure of the homology domain of the eukaryotic DNA replication proteins sld3/treslin.
著者: Itou, H. / Muramatsu, S. / Shirakihara, Y. / Araki, H.
履歴
登録2013年9月5日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02014年8月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年9月17日Group: Database references
改定 1.22024年3月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / software / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA replication regulator SLD3
B: DNA replication regulator SLD3
C: DNA replication regulator SLD3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)104,50930
ポリマ－102,7323
非ポリマー1,77827
水3,045169
1
A: DNA replication regulator SLD3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,33318
ポリマ－34,2441
非ポリマー1,08917
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: DNA replication regulator SLD3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,83610
ポリマ－34,2441
非ポリマー5939
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: DNA replication regulator SLD3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,3402
ポリマ－34,2441
非ポリマー961
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)65.264, 92.820, 160.870
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22C
13B
23C

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Refine code: _

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11TYRTYRGLYGLYAA154 - 4198 - 273
21TYRTYRGLYGLYBB154 - 4198 - 273
12LYSLYSLEULEUAA158 - 41712 - 271
22LYSLYSLYSLYSCC158 - 41812 - 272
13LYSLYSLEULEUBB158 - 41712 - 271
23LYSLYSLYSLYSCC158 - 41812 - 272

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3

-
要素

#1: タンパク質 DNA replication regulator SLD3


分子量: 34243.883 Da / 分子数: 3 / 断片: UNP RESIDUES 148-430 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: SLD3, YGL113W, G2980 / プラスミド: pET26 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P53135
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物...
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 24 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 169 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.37 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.13 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.4
詳細: PEG 4000, LiSO4, pH 8.4, vapor diffusion, hanging drop, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: AR-NE3A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC / 検出器: CCD / 日付: 2012年10月31日
放射モノクロメーター: Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→50 Å / Num. all: 39283 / Num. obs: 34298 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 10.8 % / Rmerge(I) obs: 0.065 / Net I/σ(I): 34.6
反射 シェル解像度: 2.4→2.44 Å / 冗長度: 6.5 % / Rmerge(I) obs: 0.4 / Mean I/σ(I) obs: 3.7 / % possible all: 98

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALAデータスケーリング
REFMAC5.7.0029精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
ADSCQuantumデータ収集
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
HKL-2000データスケーリング
SOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.4→19.64 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.925 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.896 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.01 / SU B: 13.162 / SU ML: 0.155 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.396 / ESU R Free: 0.274 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES: WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2624 1714 5 %RANDOM
Rwork0.2168 ---
obs0.219 34297 --
all-39031 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 181.16 Å2 / Biso mean: 49.3721 Å2 / Biso min: 2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.01 Å20 Å20 Å2
2--0.14 Å20 Å2
3----0.13 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→19.64 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5193 0 111 169 5473
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0180.025370
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0090.025353
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.0081.997185
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.8253.00712333
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.6125623
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.88624.774243
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg20.943151030
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.3041523
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1470.2818
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.025765
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0070.021174
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: INTERATOMIC DISTANCE / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A121940.17
12B121940.17
21A117390.18
22C117390.18
31B122000.17
32C122000.17
LS精密化 シェル解像度: 2.4→2.461 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.372 81 -
Rwork0.28 1585 -
all-1666 -
obs--59.27 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.53650.60170.32781.24470.11433.521-0.02350.01740.0684-0.1678-0.00190.17930.0243-0.34070.02540.09570.0627-0.02510.09570.00720.065526.414156.762496.5259
20.68560.0227-0.50791.7147-0.63463.010.02290.12440.01990.0390.06080.23440.0067-0.4783-0.08370.0252-0.0150.02920.1127-0.00880.060616.689426.7515122.0412
31.07611.29560.914.90993.64876.0333-0.08760.023-0.1098-0.16670.4246-0.23290.05420.8165-0.33710.1539-0.0174-0.06710.2071-0.10070.138113.23991.525590.4761
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A154 - 421
2X-RAY DIFFRACTION2B154 - 419
3X-RAY DIFFRACTION3C158 - 418

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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