PDB-3wg9: Crystal structure of RSP, a Rex-family repressor

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3wg9

タイトル

Crystal structure of RSP, a Rex-family repressor

要素

Redox-sensing transcriptional repressor rex

キーワード

TRANSCRIPTION / winged helix / Rossmann fold / repressor

機能・相同性

機能・相同性情報

response to redox state / DNA-binding transcription factor activity / nucleotide binding / negative regulation of DNA-templated transcription / DNA binding / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Thermoanaerobacter ethanolicus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.97 Å

データ登録者

Zheng, Y. / Ko, T.-P. / Guo, R.-T.

引用

ジャーナル: J.Struct.Biol. / 年: 2014
タイトル: Distinct structural features of Rex-family repressors to sense redox levels in anaerobes and aerobes.
著者: Zheng, Y. / Ko, T.-P. / Sun, H. / Huang, C.-H. / Pei, J. / Qiu, R. / Wang, A.H.-J. / Wiegel, J. / Shao, W. / Guo, R.-T.

履歴

登録	2013年8月3日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2014年8月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年12月25日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.2	2023年11月8日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3wg9.cif.gz	360.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3wg9.ent.gz	295.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3wg9.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3wg9_validation.pdf.gz	468.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3wg9_full_validation.pdf.gz	492.3 KB	表示
XML形式データ	3wg9_validation.xml.gz	42.8 KB	表示
CIF形式データ	3wg9_validation.cif.gz	62.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wg/3wg9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wg/3wg9	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3wghC 3wgiC 1xcbS 3wgg C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3wgh-d 3wgg-d 1xcb-2 2egi-1 6sty-1 4riq-1 5t06-d 5efy-2 4riq-2 6lis-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#154 - 2012年10月クエン酸回路 (Citric Acid Cycle) 類似性 (3)

登録構造単位

A: Redox-sensing transcriptional repressor rex

B: Redox-sensing transcriptional repressor rex

C: Redox-sensing transcriptional repressor rex

D: Redox-sensing transcriptional repressor rex

ヘテロ分子

102 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Redox-sensing transcriptional repressor rex

B: Redox-sensing transcriptional repressor rex

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
51.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: Redox-sensing transcriptional repressor rex

D: Redox-sensing transcriptional repressor rex

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
51.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	73.412, 90.098, 171.637
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
3	1	C
4	1	D
1	2	A
2	2	B
3	2	C
4	2	D
1	3	A
2	3	C
1	4	B
2	4	D

NCSドメイン領域:

Refine code: 5

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	1	THR	THR	GLY	GLY	A	A	5 - 57	5 - 57
2	1	1	THR	THR	GLY	GLY	B	B	5 - 57	5 - 57
3	1	1	THR	THR	GLY	GLY	C	C	5 - 57	5 - 57
4	1	1	THR	THR	GLY	GLY	D	D	5 - 57	5 - 57
1	2	1	TYR	TYR	ALA	ALA	A	A	66 - 92	66 - 92
2	2	1	TYR	TYR	ALA	ALA	B	B	66 - 92	66 - 92
3	2	1	TYR	TYR	ALA	ALA	C	C	66 - 92	66 - 92
4	2	1	TYR	TYR	ALA	ALA	D	D	66 - 92	66 - 92
1	3	1	LYS	LYS	PHE	PHE	A	A	113 - 177	113 - 177
2	3	1	LYS	LYS	PHE	PHE	B	B	113 - 177	113 - 177
3	3	1	LYS	LYS	PHE	PHE	C	C	113 - 177	113 - 177
4	3	1	LYS	LYS	PHE	PHE	D	D	113 - 177	113 - 177
1	1	2	ILE	ILE	LEU	LEU	A	A	118 - 215	118 - 215
2	1	2	ILE	ILE	LEU	LEU	B	B	118 - 215	118 - 215
3	1	2	ILE	ILE	LEU	LEU	C	C	118 - 215	118 - 215
4	1	2	ILE	ILE	LEU	LEU	D	D	118 - 215	118 - 215
1	1	3	ILE	ILE	GLY	GLY	A	A	90 - 114	90 - 114
2	1	3	ILE	ILE	GLY	GLY	C	C	90 - 114	90 - 114
1	2	3	ASN	ASN	ILE	ILE	A	A	176 - 189	176 - 189
2	2	3	ASN	ASN	ILE	ILE	C	C	176 - 189	176 - 189
1	1	4	ILE	ILE	GLY	GLY	B	B	90 - 114	90 - 114
2	1	4	ILE	ILE	GLY	GLY	D	D	90 - 114	90 - 114
1	2	4	ASN	ASN	ILE	ILE	B	B	176 - 189	176 - 189
2	2	4	ASN	ASN	ILE	ILE	D	D	176 - 189	176 - 189

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4

#1: タンパク質	Redox-sensing transcriptional repressor rex / RSP repressor 分子量: 25474.279 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Thermoanaerobacter ethanolicus (バクテリア) 株: JW200 / 遺伝子: rex, rsp / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: D5KM69
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 793 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.79 Å³/Da / 溶媒含有率: 55.84 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: 20% w/v PEG 3350, 0.4M ammonium sulfate, 0.1M Bis-Tris, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: BL13B1 / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2010年11月9日
放射	モノクロメーター: Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.97→25 Å / Num. all: 81058 / Num. obs: 80854 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 12.1 % / B_iso Wilson estimate: 31.3 Å² / R_merge(I) obs: 0.049 / Net I/σ(I): 44.5
反射シェル	解像度: 1.97→2.04 Å / 冗長度: 11.7 % / R_merge(I) obs: 0.361 / Mean I/σ(I) obs: 7.1 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
Blu-Ice	Control Software	データ収集
CNS		精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
CNS		位相決定
REFMAC	5.5.0109	精密化

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB 1XCB

1xcb

解像度: 1.97→25 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.959 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.94 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU B: 8.905 / SU ML: 0.115 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.165 / ESU R Free: 0.162 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2523	3945	5.1 %	RANDOM
R_work	0.19804	-	-	-
obs	0.20085	77796	100 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 49.626 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.59 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	3.47 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.88 Å²

Refine analyze

	Free	Obs
Luzzati coordinate error	0.32 Å	0.26 Å
Luzzati d res low	-	5 Å
Luzzati sigma a	0.22 Å	0.2 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.97→25 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6736	0	25	793	7554

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.017	0.022	6857
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.773	1.978	9245
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.668	5	830
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	43.656	24.32	331
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.992	15	1290
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.342	15	52
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.132	0.2	1053
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.012	0.02	5067
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.524	1.5	4142
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.573	2	6703
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.439	3	2715
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.584	4.5	2542
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	580	medium positional	0.5	0.5
1	2	B	580	medium positional	0.33	0.5
1	3	C	580	medium positional	0.27	0.5
1	4	D	580	medium positional	0.29	0.5
2	1	A	392	medium positional	0.35	0.5
2	2	B	392	medium positional	0.43	0.5
2	3	C	392	medium positional	0.34	0.5
2	4	D	392	medium positional	0.31	0.5
3	1	A	156	medium positional	0.1	0.5
4	1	B	156	medium positional	0.13	0.5
1	1	A	597	loose positional	0.94	5
1	2	B	597	loose positional	0.74	5
1	3	C	597	loose positional	0.73	5
1	4	D	597	loose positional	0.75	5
2	1	A	405	loose positional	0.87	5
2	2	B	405	loose positional	0.85	5
2	3	C	405	loose positional	0.79	5
2	4	D	405	loose positional	0.8	5
3	1	A	136	loose positional	0.44	5
4	1	B	136	loose positional	0.47	5
1	1	A	580	medium thermal	3.88	2
1	2	B	580	medium thermal	3.65	2
1	3	C	580	medium thermal	3.57	2
1	4	D	580	medium thermal	3.36	2
2	1	A	392	medium thermal	2.69	2
2	2	B	392	medium thermal	3.05	2
2	3	C	392	medium thermal	3.31	2
2	4	D	392	medium thermal	2.67	2
3	1	A	156	medium thermal	1.35	2
4	1	B	156	medium thermal	1.14	2
1	1	A	597	loose thermal	3.2	10
1	2	B	597	loose thermal	3.15	10
1	3	C	597	loose thermal	3.25	10
1	4	D	597	loose thermal	2.99	10
2	1	A	405	loose thermal	2.36	10
2	2	B	405	loose thermal	2.53	10
2	3	C	405	loose thermal	2.64	10
2	4	D	405	loose thermal	2.34	10
3	1	A	136	loose thermal	1.35	10
4	1	B	136	loose thermal	1.31	10

LS精密化シェル

解像度: 1.972→2.078 Å / Total num. of bins used: 10

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.282	483	-
R_work	0.218	9919	-
obs	-	-	100 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.8428	0.0475	0.1488	0.2725	0.2931	0.3818	0.0955	-0.0014	0.0295	0.0549	-0.0877	0.0523	0.1021	-0.0676	-0.0078	0.0974	-0.0204	-0.0124	0.0723	-0.0112	0.0859	19.9545	39.2282	78.5311
2	1.4739	-0.141	0.0861	0.0424	-0.1055	0.3978	0.1132	0.0346	0.0297	0.0115	-0.0123	0.0102	-0.0497	0.0155	-0.1009	0.0745	-0.0147	0.0179	0.064	-0.0138	0.0709	29.3542	47.0665	88.8551
3	0.7843	-0.1806	-0.4301	0.1058	0.2215	0.5321	0.0314	0.0876	0.0019	-0.0058	-0.0202	0.0234	-0.0151	-0.1068	-0.0112	0.0778	-0.0264	0.0083	0.1383	0.0384	0.0588	19.9622	-5.025	46.5627
4	1.0913	-0.0335	-0.2036	0.1863	-0.2078	0.4346	0.1314	0.0864	0.0261	0.0274	0.0074	0.0403	-0.0895	0.0676	-0.1388	0.057	-0.0133	0.0285	0.1306	-0.034	0.0624	29.7386	1.8598	56.5635

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	4 - 217
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	4 - 215
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	4 - 216
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	4 - 215

Xplor file

Refine-ID	Serial no	Param file
X-RAY DIFFRACTION	1	protein_rep.param
X-RAY DIFFRACTION	2	water_rep.param
X-RAY DIFFRACTION	3	ion.param

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)