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- PDB-3wcy: Murine Ifnar1 in complex with interferon-beta -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3wcy
タイトルMurine Ifnar1 in complex with interferon-beta
要素
  • Interferon alpha/beta receptor 1
  • Interferon beta
キーワードCYTOKINE RECEPTOR/CYTOKINE / Fibronectin Type III / Helical cytokine / Cytokine receptor / Interferon / CYTOKINE RECEPTOR-CYTOKINE complex
機能・相同性
機能・相同性情報


interferon receptor activity / negative regulation of Lewy body formation / negative regulation of mononuclear cell migration / Regulation of IFNA/IFNB signaling / type I interferon receptor activity / type I interferon binding / negative regulation of matrix metallopeptidase secretion / type I interferon receptor binding / B cell activation involved in immune response / JAK pathway signal transduction adaptor activity ...interferon receptor activity / negative regulation of Lewy body formation / negative regulation of mononuclear cell migration / Regulation of IFNA/IFNB signaling / type I interferon receptor activity / type I interferon binding / negative regulation of matrix metallopeptidase secretion / type I interferon receptor binding / B cell activation involved in immune response / JAK pathway signal transduction adaptor activity / chloramphenicol O-acetyltransferase activity / negative regulation of immunoglobulin production / Interferon alpha/beta signaling / negative regulation of T cell differentiation / natural killer cell activation involved in immune response / positive regulation of cellular respiration / cellular response to interferon-alpha / negative regulation of blood-brain barrier permeability / negative regulation of neuroinflammatory response / positive regulation of transforming growth factor beta production / negative regulation of T-helper 2 cell cytokine production / negative regulation of cell adhesion molecule production / T cell activation involved in immune response / cytokine receptor binding / macrophage activation involved in immune response / cell surface receptor signaling pathway via STAT / cellular response to dsRNA / negative regulation of viral genome replication / type I interferon-mediated signaling pathway / negative regulation of osteoclast differentiation / response to exogenous dsRNA / cytokine binding / negative regulation of type II interferon production / humoral immune response / B cell proliferation / cellular response to dexamethasone stimulus / cell surface receptor signaling pathway via JAK-STAT / cellular response to interferon-beta / positive regulation of autophagy / positive regulation of interferon-beta production / antiviral innate immune response / cytokine activity / T cell activation / positive regulation of interleukin-1 beta production / positive regulation of apoptotic signaling pathway / neuron cellular homeostasis / cellular response to virus / positive regulation of protein localization to nucleus / positive regulation of type II interferon production / cytokine-mediated signaling pathway / late endosome / response to lipopolysaccharide / gene expression / defense response to virus / adaptive immune response / lysosome / signaling receptor complex / defense response to bacterium / negative regulation of cell population proliferation / innate immune response / regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / : / extracellular region / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Interferon alpha/beta receptor 1 / Interferon (IFN) type-I family profile. / Interferon alpha, beta and delta family signature. / Interferon alpha, beta and delta. / Interferon alpha/beta/delta / Interferon alpha/beta domain / Interferon/interleukin receptor domain / Interferon-alpha/beta receptor, fibronectin type III / : / Tissue factor ...Interferon alpha/beta receptor 1 / Interferon (IFN) type-I family profile. / Interferon alpha, beta and delta family signature. / Interferon alpha, beta and delta. / Interferon alpha/beta/delta / Interferon alpha/beta domain / Interferon/interleukin receptor domain / Interferon-alpha/beta receptor, fibronectin type III / : / Tissue factor / Growth Hormone; Chain: A; - #10 / Four-helical cytokine-like, core / Growth Hormone; Chain: A; / Fibronectin type 3 domain / Fibronectin type-III domain profile. / Fibronectin type III / Fibronectin type III superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Up-down Bundle / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Interferon beta / Interferon alpha/beta receptor 1
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Vivian, J.P. / de Weerd, N.A. / Hertzog, P.J. / Rossjohn, J.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Structural basis of a unique interferon beta signaling axis mediated via the IFNAR1 receptor
著者: de Weerd, N.A. / Vivian, J.P. / Nguyen, T.K. / Mangan, N.E. / Gould, J.A. / Braniff, S.J. / Zaker-Tabrizi, L. / Fung, K.Y. / Forster, S.C. / Beddoe, T. / Reid, H.H. / Rossjohn, J. / Hertzog, P.J.
履歴
登録2013年6月4日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02013年7月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月8日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Interferon alpha/beta receptor 1
I: Interferon beta


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,5662
ポリマ－65,5662
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3210 Å2
ΔGint-10 kcal/mol
Surface area26480 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)54.591, 54.591, 239.801
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number78
Space group name H-MP43

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要素

#1: タンパク質 Interferon alpha/beta receptor 1 / IFN-R-1 / IFN-alpha/beta receptor 1 / Type I interferon receptor 1


分子量: 45805.461 Da / 分子数: 1 / 断片: extracellular domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Ifar, Ifnar, Ifnar1
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
株 (発現宿主): SF9 / 参照: UniProt: P33896
#2: タンパク質 Interferon beta / IFN-beta


分子量: 19760.926 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Ifb, Ifnb, Ifnb1
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
株 (発現宿主): SF9 / 参照: UniProt: P01575
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.72 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.86 %
結晶化温度: 297 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: 12% PEG 3350, 8% tacsimate pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 297K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.9436 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2012年10月5日
放射モノクロメーター: synchrotron / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9436 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→50 Å / Num. all: 15228 / Num. obs: 15228 / % possible obs: 98.7 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 4 % / Biso Wilson estimate: 103.66 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.064 / Net I/σ(I): 11.7
反射 シェル解像度: 2.9→3.06 Å / 冗長度: 4.1 % / Rmerge(I) obs: 0.55 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Num. unique all: 2254 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Blu-Iceデータ収集
PHASER位相決定
BUSTER2.8.0精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3SE4

3se4


解像度: 2.9→17.99 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9017 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.8746 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2856 777 5.1 %RANDOM
Rwork0.2368 ---
obs0.2392 15228 --
all-15228 --
原子変位パラメータBiso mean: 113 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--12.6509 Å20 Å20 Å2
2---12.6509 Å20 Å2
3---25.3018 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.608 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.9→17.99 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3896 0 0 0 3896
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1369SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes102HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes556HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it3993HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion534SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact4299SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d3993HARMONIC20.008
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg5427HARMONIC21.04
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.02
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion23.01
LS精密化 シェル解像度: 2.9→3.1 Å / Total num. of bins used: 8
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3224 148 5.34 %
Rwork0.2497 2623 -
all0.2536 2771 -
精密化 TLS

T13: -0.152 Å2 / 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.91880.07980.557300.25282.9430.24570.0732-0.4296-0.0281-0.07830.0502-0.3377-0.5442-0.16740.02380.1141-0.11350.0843-0.12054.0415-6.9581-6.6104
25.8876-0.29942.91042.6560.21867.1060.0152-0.0377-0.319-0.00470.09870.0107-0.54420.4987-0.11380.0058-0.0582-0.11630.0421-0.303624.6352-0.71041.0579
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|9 - A|20 A|63 - A|78 A|87 - A|224 A|231 - A|282 A|290 - A|377 A|389 - A|400 }A9 - 20
2X-RAY DIFFRACTION1{ A|9 - A|20 A|63 - A|78 A|87 - A|224 A|231 - A|282 A|290 - A|377 A|389 - A|400 }A63 - 78
3X-RAY DIFFRACTION1{ A|9 - A|20 A|63 - A|78 A|87 - A|224 A|231 - A|282 A|290 - A|377 A|389 - A|400 }A87 - 224
4X-RAY DIFFRACTION1{ A|9 - A|20 A|63 - A|78 A|87 - A|224 A|231 - A|282 A|290 - A|377 A|389 - A|400 }A231 - 282
5X-RAY DIFFRACTION1{ A|9 - A|20 A|63 - A|78 A|87 - A|224 A|231 - A|282 A|290 - A|377 A|389 - A|400 }A290 - 377
6X-RAY DIFFRACTION1{ A|9 - A|20 A|63 - A|78 A|87 - A|224 A|231 - A|282 A|290 - A|377 A|389 - A|400 }A389 - 400
7X-RAY DIFFRACTION2{ I|1 - I|160 }I1 - 160

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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