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- PDB-3wb1: HcgB from Methanocaldococcus jannaschii -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3wb1
タイトルHcgB from Methanocaldococcus jannaschii
要素Uncharacterized protein MJ0488
キーワードTRANSFERASE / GTP-binding domain / Guanylyltransferase
機能・相同性
機能・相同性情報


FeGP cofactor biosynthesis protein HcgB, guanylyltransferase / FeGP cofactor biosynthesis protein HcgB, guanylyltransferase / B12-dependent dehydatase associated subunit / B12-dependent dehydratases, beta subunit / Helix hairpin bin / Helix Hairpins / Rossmann fold / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Uncharacterized protein MJ0488
類似検索 - 構成要素
生物種Methanocaldococcus jannaschii (メタン生成菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Tamura, H. / Fujishiro, T. / Ermler, U. / Shima, S.
引用ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / 年: 2013
タイトル: Identification of the HcgB enzyme in [Fe]-hydrogenase-cofactor biosynthesis.
著者: Fujishiro, T. / Tamura, H. / Schick, M. / Kahnt, J. / Xie, X. / Ermler, U. / Shima, S.
履歴
登録2013年5月11日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02014年2月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Uncharacterized protein MJ0488
B: Uncharacterized protein MJ0488
C: Uncharacterized protein MJ0488
D: Uncharacterized protein MJ0488
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)77,31023
ポリマ－75,4854
非ポリマー1,82519
水1,27971
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area17670 Å2
ΔGint-376 kcal/mol
Surface area22080 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)52.829, 114.831, 53.812
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 119.530, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
Uncharacterized protein MJ0488


分子量: 18871.297 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP RESIDUES 3-158 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: NcoI-XhoI
由来: (組換発現) Methanocaldococcus jannaschii (メタン生成菌)
株: ATCC 43067 / DSM 2661 / JAL-1 / JCM 10045 / NBRC 100440
遺伝子: HcgB, MJ0488 / プラスミド: pET28b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)Star / 参照: UniProt: Q57912
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 19 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 71 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.88 Å3/Da / 溶媒含有率: 34.62 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 40% (w/v) pentaerythritol propoxylate 426, 400mM ammonium sulfate, 100mM Tris-HCl, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1.008 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2011年2月21日
放射モノクロメーター: A double-crystal Si(111) monochrometer
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.008 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→50 Å / Num. all: 35136 / Num. obs: 19680 / % possible obs: 89.5 % / Observed criterion σ(I): -3 / Biso Wilson estimate: 50.594 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.041 / Net I/σ(I): 12.32
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)最高解像度 (Å)Rmerge F obsRmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsRrim(I) all% possible all
2.4-2.60.5270.2462.836500464437640.33881.1
2.6-2.90.3030.1524.688033479944290.20992.3
2.9-3.20.1730.0937.65462319329920.12893.7
3.2-3.70.080.04813.315269327129830.06791.2
3.7-4.50.0370.02822.24409269124450.03890.9
4.5-60.0290.02226.443184194917780.03191.2
6-90.0240.01832.66161210119130.02590.3
90.0140.01346.756674353760.01886.4

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX1.8.2_1309精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
XDSデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3BRC

3brc


解像度: 2.4→46.057 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.7984 / SU ML: 0.27 / σ(F): 1.39 / 位相誤差: 27.44 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2489 1007 5.12 %RANDOM
Rwork0.1913 ---
obs0.1942 19664 89.95 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 130.04 Å2 / Biso mean: 56.7287 Å2 / Biso min: 25.2 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→46.057 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4932 0 95 71 5098
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0055036
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9656742
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.04808
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004828
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.9022000
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 7

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.4-2.52660.31951190.24142228234775
2.5266-2.68480.2911330.24552756288993
2.6848-2.89210.26371520.23532708286093
2.8921-3.18310.271430.22572823296694
3.1831-3.64350.28231630.19782686284992
3.6435-4.58980.23851340.16122717285191
4.5898-46.06530.2111630.1692739290292
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
18.4142-2.5119-5.55947.9702-0.44136.1163-0.12690.99780.1361-0.5307-0.05660.2054-0.2932-0.13780.25890.5581-0.0155-0.06890.4494-0.05460.31890.528610.77831.3966
27.3303-8.3937-1.25752.01271.78774.50330.7808-0.1104-1.1607-2.0423-0.10641.4569-0.02190.2628-0.27920.9355-0.2995-0.08330.5918-0.04120.8141-7.01983.50494.8749
32.2106-5.9168-8.70269.59451.76018.1812-0.61341.04140.0087-0.82380.08560.43890.3124-0.95180.45160.6614-0.0784-0.02140.4966-0.10290.35999.04211.1088-0.5899
46.4859-1.26591.34357.6466-2.60385.1985-0.09250.1580.1239-0.5801-0.1031-1.24840.76820.83660.27230.35770.04020.15850.3517-0.03870.536826.6118-1.28669.6634
57.6524-0.945-2.55923.9838-0.716110.059-0.01490.5761-0.1433-0.7257-0.1615-1.1845-0.12640.5310.1840.5285-0.10180.06780.4567-0.1570.618827.13171.94844.3275
62.03911.79590.65986.00571.20696.6152-0.7302-0.6788-0.3638-0.04080.22-0.69080.16610.74120.38340.41510.0561-0.01440.33060.06370.357722.54858.714124.198
79.52936.0522-7.12277.6804-7.32637.5257-0.27790.6412-0.35510.03080.1569-0.64830.1295-0.48670.15080.34060.0280.04150.29490.01010.271919.584510.469817.015
83.49451.5924-2.68774.73651.30749.44350.09830.2266-0.335-0.58360.097-0.4451-0.51270.1912-0.03890.33310.08770.01770.3649-0.08450.347520.89236.030812.4349
91.2594-0.5562-1.73750.65510.74989.7195-0.16870.0963-0.2219-0.0013-0.06980.01740.4070.25290.19740.2110.02010.0080.254-0.01180.342613.40262.61115.9463
109.8106-0.7842-8.44946.24586.16032.0698-0.9612-1.0531-0.05521.9326-0.6511-1.91950.23210.62971.20320.92210.1745-0.16690.63020.07270.470918.3452-11.756727.168
112.3936-5.36452.29252.6803-5.09652.3385-0.1260.3846-0.6517-0.23290.0166-0.6060.39720.2785-0.0260.4778-0.00510.05440.4126-0.06210.500217.0813-8.77411.8347
122.2333-1.3962-1.88198.90361.24636.8612-0.2614-0.2909-0.02371.35960.0289-0.56680.62620.45210.11750.5787-0.0186-0.13510.39220.01920.385917.48545.985738.4292
132.74164.53262.10654.0303-2.22575.7120.3454-0.52-0.1540.1726-0.5104-0.78460.58860.44250.10970.4417-0.0094-0.00930.33090.07870.519315.5315-2.301735.9726
148.3991.4156.77524.9943-3.58372.22290.79680.003-0.13690.14620.27760.76630.03240.6605-1.00120.4490.0591-0.00610.4876-0.20690.5667-7.14950.55329.5157
156.4827-1.33721.93672.9301-0.65996.22660.1112-0.3046-0.90510.99280.02551.24360.7313-1.2425-0.21160.541-0.13360.08010.5027-0.00160.6348-9.4629-5.767928.385
165.61470.7393-3.23277.1002-1.82699.5543-0.85450.5142-0.47720.01310.47050.89650.236-0.96750.30990.34960.0289-0.01770.2954-0.01380.405-4.83259.618916.0893
175.1775-1.35690.87427.4951-1.93965.41290.10290.15470.0460.1526-0.12690.8743-0.0642-0.30650.02260.2513-0.04690.03010.3456-0.02960.4042-2.50346.483825.1549
184.4727-0.0819-3.09814.8677-2.56412.1807-0.1310.0364-0.3855-0.12860.03130.27810.7823-0.71180.10630.2644-0.0261-0.0290.3017-0.01780.30784.42411.63822.4292
197.30294.6802-1.81362.0296-0.08423.36130.68960.7947-0.5710.3987-0.93141.30750.2831-1.5240.28690.84210.0451-0.17260.7091-0.27890.6652-0.4473-9.48767.6087
207.41870.48986.25823.49750.3178.9073-0.04720.215-0.7228-0.0301-0.06160.43890.4911-0.25850.16970.3477-0.02610.08420.2852-0.08810.51550.9078-10.344723.1869
219.9765-4.92919.21867.8024-4.28239.3164-0.44270.08170.48310.65860.07550.4754-0.9184-0.89580.23370.34430.08810.10440.56990.02130.4889-11.457520.786824.668
227.42350.0037-3.13666.9205-0.48938.779-0.0582-0.14050.68741.4987-0.05190.1793-1.0424-1.0306-0.01030.6047-0.02040.02120.4393-0.20810.7583-5.844127.305935.3848
238.4731-1.7648-8.19758.64430.42998.2445-0.696-1.10170.47940.77-0.1065-0.7186-0.37980.30430.87020.7145-0.075-0.1850.6897-0.00320.300211.416222.556641.3741
249.66451.001-1.28946.3732-1.10229.05410.2032-1.12980.37611.7205-0.3814-0.2366-1.07690.51020.14810.9186-0.0959-0.13870.6072-0.05120.369813.284628.821843.6227
253.25921.2532-3.57667.1881-3.17796.4219-0.0118-0.45430.00270.6593-0.3157-0.4864-0.3230.30730.34520.3146-0.0185-0.10070.3097-0.03260.281414.903419.872530.3413
267.08313.8952-3.44348.4639-2.29155.46560.3115-0.5070.76060.7935-0.24-0.2349-0.64740.7314-0.11550.43460.0394-0.16840.4362-0.02910.375513.001830.245227.6083
276.94991.0411-1.92443.0049-0.64888.7350.4478-1.05050.56060.6956-0.5705-0.7053-1.22430.41280.2240.6216-0.0853-0.07110.44730.00420.4489.938535.560233.66
282.9565-0.57975.31237.0053-4.722.2294-0.4773-0.10570.7802-0.1384-0.1606-0.9562-0.45920.02840.56490.3928-0.0368-0.00260.47580.03580.552929.070721.7419.2038
297.9078-0.08233.34542.2392-3.82398.10510.30140.82790.6990.5263-0.7279-0.8123-0.15741.28550.57860.4248-0.14240.00480.51680.08140.535223.357830.755710.3455
307.9882-0.1069-1.2589.1895-2.54037.65930.15260.64630.2732-1.016-0.23790.7347-0.3927-0.31720.04330.61690.0637-0.14220.41560.02050.41433.877832.54073.7778
313.77780.0346-2.12718.0029-6.2453.77560.16190.8368-0.0849-0.34420.62010.6613-0.2534-1.2211-0.67960.431-0.0592-0.11340.4658-0.03770.45540.827323.42538.5062
324.1810.9555-2.65926.0055-0.28675.915-0.00510.2373-0.0174-0.4819-0.4682-0.163-0.4662-0.19930.38110.38110.0371-0.08630.31060.05040.26595.283221.63379.5882
335.19760.5715-2.51952.8583-0.21895.84850.1641-0.00030.6368-0.1153-0.08240.3653-0.7916-0.6141-0.05140.35530.0591-0.09290.3145-0.03830.33394.448129.4818.6702
342.55181.1139-3.08416.85960.42657.06520.31190.43881.2726-0.2353-0.11730.0838-1.5629-0.2885-0.13250.67850.0253-0.03270.35460.04860.4627.548838.080213.9239
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN A AND (RESID 2:16 )
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN A AND (RESID 17:24 )
3X-RAY DIFFRACTION3CHAIN A AND (RESID 25:36 )
4X-RAY DIFFRACTION4CHAIN A AND (RESID 37:60 )
5X-RAY DIFFRACTION5CHAIN A AND (RESID 61:68 )
6X-RAY DIFFRACTION6CHAIN A AND (RESID 69:81 )
7X-RAY DIFFRACTION7CHAIN A AND (RESID 82:93 )
8X-RAY DIFFRACTION8CHAIN A AND (RESID 94:104 )
9X-RAY DIFFRACTION9CHAIN A AND (RESID 105:129 )
10X-RAY DIFFRACTION10CHAIN A AND (RESID 130:138 )
11X-RAY DIFFRACTION11CHAIN A AND (RESID 139:158 )
12X-RAY DIFFRACTION12CHAIN B AND (RESID 2:16 )
13X-RAY DIFFRACTION13CHAIN B AND (RESID 17:36 )
14X-RAY DIFFRACTION14CHAIN B AND (RESID 37:47 )
15X-RAY DIFFRACTION15CHAIN B AND (RESID 48:68 )
16X-RAY DIFFRACTION16CHAIN B AND (RESID 69:81 )
17X-RAY DIFFRACTION17CHAIN B AND (RESID 82:104 )
18X-RAY DIFFRACTION18CHAIN B AND (RESID 105:129 )
19X-RAY DIFFRACTION19CHAIN B AND (RESID 130:138 )
20X-RAY DIFFRACTION20CHAIN B AND (RESID 139:158 )
21X-RAY DIFFRACTION21CHAIN C AND (RESID 2:24 )
22X-RAY DIFFRACTION22CHAIN C AND (RESID 25:36 )
23X-RAY DIFFRACTION23CHAIN C AND (RESID 37:47 )
24X-RAY DIFFRACTION24CHAIN C AND (RESID 48:68 )
25X-RAY DIFFRACTION25CHAIN C AND (RESID 69:118 )
26X-RAY DIFFRACTION26CHAIN C AND (RESID 119:138 )
27X-RAY DIFFRACTION27CHAIN C AND (RESID 139:158 )
28X-RAY DIFFRACTION28CHAIN D AND (RESID 2:24 )
29X-RAY DIFFRACTION29CHAIN D AND (RESID 25:36 )
30X-RAY DIFFRACTION30CHAIN D AND (RESID 37:60 )
31X-RAY DIFFRACTION31CHAIN D AND (RESID 61:81 )
32X-RAY DIFFRACTION32CHAIN D AND (RESID 82:104 )
33X-RAY DIFFRACTION33CHAIN D AND (RESID 105:138 )
34X-RAY DIFFRACTION34CHAIN D AND (RESID 139:158 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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