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- PDB-3waz: Crystal structure of a restriction enzyme PabI in complex with DNA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3waz
タイトルCrystal structure of a restriction enzyme PabI in complex with DNA
要素
  • DNA (5'-D(*GP*CP*AP*TP*AP*GP*CP*TP*GP*TP*(ORP)P*CP*AP*GP*CP*TP*AP*TP*GP*C)-3')
  • Putative uncharacterized protein
キーワードHYDROLASE/DNA / Restriction enzyme / DNA binding / HYDROLASE-DNA complex
機能・相同性Restriction endonuclease, type II, Pab1 / R.Pab1 restriction endonuclease / ADENINE / DNA / DNA (> 10) / Restriction endonuclease type II Pab1 domain-containing protein
機能・相同性情報
生物種Pyrococcus abyssi (古細菌)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3 Å
データ登録者Miyazono, K. / Miyakawa, T. / Ito, T. / Tanokura, M.
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2014
タイトル: A sequence-specific DNA glycosylase mediates restriction-modification in Pyrococcus abyssi.
著者: Miyazono, K. / Furuta, Y. / Watanabe-Matsui, M. / Miyakawa, T. / Ito, T. / Kobayashi, I. / Tanokura, M.
履歴
登録2013年5月10日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02014年1月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年12月25日Group: Database references / Derived calculations / Source and taxonomy
カテゴリ: citation / pdbx_entity_src_syn ...citation / pdbx_entity_src_syn / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_volume ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _pdbx_entity_src_syn.details / _pdbx_entity_src_syn.ncbi_taxonomy_id / _pdbx_entity_src_syn.organism_scientific / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.22023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative uncharacterized protein
B: Putative uncharacterized protein
C: DNA (5'-D(*GP*CP*AP*TP*AP*GP*CP*TP*GP*TP*(ORP)P*CP*AP*GP*CP*TP*AP*TP*GP*C)-3')
D: DNA (5'-D(*GP*CP*AP*TP*AP*GP*CP*TP*GP*TP*(ORP)P*CP*AP*GP*CP*TP*AP*TP*GP*C)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,9846
ポリマ－62,7144
非ポリマー2702
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area11680 Å2
ΔGint-33 kcal/mol
Surface area23850 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)104.508, 151.402, 187.697
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number23
Space group name H-MI222

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要素

#1: タンパク質 Putative uncharacterized protein / Restriction enzyme PabI


分子量: 25340.135 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP RESIDUES 8-226 / 変異: K154A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pyrococcus abyssi (古細菌) / 株: GE5 / 遺伝子: PYRAB01580, PAB0105 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9V2B6
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*GP*CP*AP*TP*AP*GP*CP*TP*GP*TP*(ORP)P*CP*AP*GP*CP*TP*AP*TP*GP*C)-3')


分子量: 6016.867 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: 化合物 ChemComp-ADE / ADENINE / アデニン


分子量: 135.127 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H5N5

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 5.92 Å3/Da / 溶媒含有率: 79.22 % / Mosaicity: 0 °
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 2.1M sodium malonate, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 95 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: AR-NE3A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2012年6月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→117.843 Å / Num. all: 30063 / Num. obs: 30063 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 7.3 % / Rsym value: 0.088 / Net I/σ(I): 17.6
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) allRmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRpim(I) allRrim(I) allRsym valueNet I/σ(I) obs% possible all
3-3.167.50.670.6231.23273743490.2430.670.6233.4100
3.16-3.357.50.3350.3122.53111541370.1220.3350.3126.2100
3.35-3.597.50.2190.2043.82897838610.080.2190.2049.3100
3.59-3.877.50.160.1495.12714336250.0590.160.14912.7100
3.87-4.247.40.0970.098.32482133450.0360.0970.0918.9100
4.24-4.747.30.0650.0611.92214130360.0240.0650.0627100
4.74-5.487.20.0560.05213.41930826930.0210.0560.05229.5100
5.48-6.7170.0540.0514.71602722820.020.0540.0530.2100
6.71-9.496.80.0410.03715.11234118190.0160.0410.03738.2100
9.49-19.9426.30.0330.031757349160.0130.0330.034689.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALA3.3.20データスケーリング
PHENIX1.8.1_1168精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
XDSデータ削減
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2DVY

2dvy


解像度: 3→19.942 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.46 / FOM work R set: 0.8485 / SU ML: 0.29 / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 21.5 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.194 1524 5.08 %
Rwork0.1689 --
obs0.1703 30004 99.76 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 196.74 Å2 / Biso mean: 87.1906 Å2 / Biso min: 40.09 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→19.942 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3522 796 20 0 4338
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0024515
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.6746262
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.043695
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.002659
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.9841756
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 11

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
3-3.09650.35011420.303325542696100
3.0965-3.20670.32881420.259225602702100
3.2067-3.33460.22411270.22062508263599
3.3346-3.48560.24961540.19662563271799
3.4856-3.66830.22681370.184625622699100
3.6683-3.89650.19911230.166126122735100
3.8965-4.19480.16381130.150126022715100
4.1948-4.61220.13941370.124225782715100
4.6122-5.26880.1641410.134726172758100
5.2688-6.59790.19791420.162926372779100
6.5979-19.94220.17061660.16526872853100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.7954-3.10510.40788.92730.47011.2948-0.0076-0.4557-0.05770.75530.1858-0.30880.01080.2516-0.15780.6145-0.0226-0.10340.59020.03380.342754.133654.257122.0201
21.55430.18230.08424.50111.0531.7139-0.01040.10120.16210.1922-0.0070.1539-0.0309-0.04470.05470.45460.02050.01660.56430.06970.312144.920451.638613.6632
34.38153.1795-2.43976.8444-2.6454.00950.19060.6532.01330.20110.91340.7178-0.3619-1.3497-1.2761.20.23440.47721.47830.18731.046820.319942.96238.1385
43.35130.72441.921.5723-0.08813.1923-0.0316-1.1683-0.38231.16280.0531-0.14530.0811-0.1064-0.05380.89570.0675-0.07740.7720.0980.578450.628334.227133.6316
57.2081-5.70620.41428.50160.09012.076-0.0837-0.1629-0.65520.31130.20861.15350.5397-0.543-0.14350.6844-0.15960.1980.69370.03950.749731.843419.936920.2903
61.1894-0.73430.25115.5136-0.42812.1099-0.04890.0924-0.28940.1681-0.03410.51140.3092-0.20490.11350.4446-0.01620.01970.54310.01240.43541.542122.700212.9841
79.7043-2.5066.6838.527-6.37662.28930.7545-1.1176-1.75860.73190.52380.3729-0.2460.3718-1.23030.97770.2222-0.13241.19030.03670.52156.052436.058935.3513
84.9581-2.9602-5.922.61254.32968.0908-0.6187-0.7633-0.2051.1860.20770.64471.1267-0.41350.42110.88180.1340.31651.03910.16210.814726.650138.470834.7061
9-0.0066-0.0024-0.0094-0.0006-0.0020.00260.31910.77190.116-0.8721-0.2729-0.168-0.206-0.4561-0.21.64060.24230.34260.95490.09770.68642.996237.039320.3341
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN A AND (RESID 8:92 )
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN A AND (RESID 93:223 )
3X-RAY DIFFRACTION3CHAIN C AND (RESID 1:5 )
4X-RAY DIFFRACTION4CHAIN C AND (RESID 6:20 )
5X-RAY DIFFRACTION5CHAIN B AND (RESID 8:92 )
6X-RAY DIFFRACTION6CHAIN B AND (RESID 93:224 )
7X-RAY DIFFRACTION7CHAIN D AND (RESID 1:10 )
8X-RAY DIFFRACTION8CHAIN D AND (RESID 12:20 )
9X-RAY DIFFRACTION9(CHAIN A AND (RESID 301:301 )) OR (CHAIN B AND (RESID 301:301))

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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