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- PDB-3w9v: Crystal structure of refolded DING protein -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3w9v
タイトルCrystal structure of refolded DING protein
要素Phosphate-binding protein
キーワードTRANSPORT PROTEIN / DING / refolded / phosphate binding Apolipoprotein / phosphate
機能・相同性
機能・相同性情報


phosphate ion transport / extracellular region
類似検索 - 分子機能
: / PBP domain / PBP superfamily domain / Periplasmic binding protein-like II / D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATE ION / Phosphate-binding protein
類似検索 - 構成要素
生物種unidentified prokaryotic organism (未定義)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.031 Å
データ登録者Gai, Z.Q. / Nakamura, A. / Tanaka, Y. / Hirano, N. / Tanaka, I. / Yao, M.
引用ジャーナル: J.SYNCHROTRON RADIAT. / 年: 2013
タイトル: Crystal structure analysis, overexpression and refolding behaviour of a DING protein with single mutation.
著者: Gai, Z.Q. / Nakamura, A. / Tanaka, Y. / Hirano, N. / Tanaka, I. / Yao, M.
履歴
登録2013年4月17日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02013年10月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月22日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.22023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Phosphate-binding protein
B: Phosphate-binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)77,8139
ポリマ－77,1622
非ポリマー6507
水20,1951121
1
A: Phosphate-binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,9525
ポリマ－38,5811
非ポリマー3714
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Phosphate-binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,8604
ポリマ－38,5811
非ポリマー2793
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)94.340, 86.890, 88.640
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.810, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-549-

HOH

21B-519-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Phosphate-binding protein / HPBP


分子量: 38581.098 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) unidentified prokaryotic organism (未定義)
プラスミド: pET28b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834 (DE) / 参照: UniProt: P85173
#2: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#3: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1121 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.75 %
結晶化温度: 298 K / 手法: シッティングドロップ法
詳細: PEG 8000, NaCl, Tris, pH 7.0-9.0, sitting drop, temperature 298K
PH範囲: 7.0-9.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL41XU / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.03→44.32 Å / Num. obs: 346764 / % possible obs: 99.1 % / Observed criterion σ(I): -3 / Biso Wilson estimate: 13.212 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.043 / Net I/σ(I): 14.3
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)最高解像度 (Å)Rmerge F obsRmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsRrim(I) all% possible all
1.03-1.060.8280.5882.087457525919245410.71794.7
1.06-1.090.890.4432.77717425178247150.53898.2
1.09-1.120.9240.343.57661624429241080.41198.7
1.12-1.150.9480.2684.347608223790235730.32299.1
1.15-1.190.9650.2215.227521023072229000.26599.3
1.19-1.230.9710.1995.837433422336222050.23799.4
1.23-1.280.9760.1746.597305921550214300.20799.4
1.28-1.330.9820.1517.417124020691205740.17999.4
1.33-1.390.9870.1258.756919919919198160.14899.5
1.39-1.460.990.09910.686595618984189170.11799.6
1.46-1.540.9940.10513.838148318055180310.11899.9
1.54-1.630.9960.10918.0311250317131171010.11899.8
1.63-1.740.9970.08723.2811935616114160950.09399.9
1.74-1.880.9980.06431.0611085714975149690.069100
1.88-2.060.9980.04327.295737713815138090.05100
2.06-2.310.9990.03233.914693512463124530.03799.9
2.31-2.660.9990.02640.764161511041110240.0399.8
2.66-3.260.9990.02248.3834954932692970.02699.7
3.26-4.610.9990.0256.4126623727472490.02399.7
4.610.9990.01758.2214528402539570.0298.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XSCALEデータスケーリング
PHENIX1.8.2_1309精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2V3Q

2v3q


解像度: 1.031→29.544 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0 / FOM work R set: 0.868 / SU ML: 0.09 / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 20.42 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.184 17185 4.96 %RANDOM
Rwork0.1735 ---
obs0.174 346693 99.04 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 51.04 Å2 / Biso mean: 12.5911 Å2 / Biso min: 2.9 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.031→29.544 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5442 0 40 1121 6603
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0045724
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0417831
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.071901
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0061028
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d10.2311980
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.0312-1.04290.28285150.279101191063491
1.0429-1.05520.29055360.2704108471138398
1.0552-1.0680.26565820.26108291141198
1.068-1.08160.27165730.2512107851135898
1.0816-1.09580.25165460.2452109081145498
1.0958-1.11080.24435580.2339109561151499
1.1108-1.12670.24746000.2271109151151599
1.1267-1.14350.23075970.2265109281152599
1.1435-1.16140.2255800.2213109681154899
1.1614-1.18040.23025580.217109831154199
1.1804-1.20080.23125680.2123109631153199
1.2008-1.22260.2265570.2098110461160399
1.2226-1.24610.22245770.2074109841156199
1.2461-1.27150.21215660.2042110281159499
1.2715-1.29920.20135870.2028109601154799
1.2992-1.32940.22365790.2031110381161799
1.3294-1.36270.21955620.1956110831164599
1.3627-1.39950.22245880.19331098611574100
1.3995-1.44070.18885670.18681100011567100
1.4407-1.48720.19435830.18441108611669100
1.4872-1.54030.17965860.17631105511641100
1.5403-1.6020.18395900.17411109911689100
1.602-1.67490.16825380.16431110711645100
1.6749-1.76320.18416090.16281101611625100
1.7632-1.87370.16725900.15841111511705100
1.8737-2.01830.17076300.15651106911699100
2.0183-2.22130.15855640.15531113711701100
2.2213-2.54260.15435670.15481112711694100
2.5426-3.20280.18385610.16071116911730100
3.2028-29.55580.14835710.142112021177399

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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