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万見
- PDB-3w78: Crystal Structure of azoreductase AzrC in complex with NAD(P)-inh... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3w78
タイトルCrystal Structure of azoreductase AzrC in complex with NAD(P)-inhibitor Cibacron Blue
要素FMN-dependent NADH-azoreductase
キーワードOXIDOREDUCTASE/ OXIDOREDUCTASE INHIBITOR / azoreductase / azo bond cleavage / FMN-binding / OXIDOREDUCTASE- OXIDOREDUCTASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


FMN-dependent NADH-azoreductase / 酸化還元酵素; キノンおよび類縁体が電子受容体 / oxidoreductase activity, acting on NAD(P)H as acceptor / oxidoreductase activity, acting on NAD(P)H, quinone or similar compound as acceptor / FMN binding / electron transfer activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
NADH:quinone oxidoreductase, FMN-dependent / : / Flavodoxin-like fold / Flavodoxin-like fold / Flavodoxin domain / Flavoprotein-like superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
CIBACRON BLUE / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / FMN dependent NADH:quinone oxidoreductase
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.62 Å
データ登録者Yu, J. / Ogata, D. / Ooi, T. / Yao, M.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2014
タイトル: Structures of AzrA and of AzrC complexed with substrate or inhibitor: insight into substrate specificity and catalytic mechanism.
著者: Yu, J. / Ogata, D. / Gai, Z. / Taguchi, S. / Tanaka, I. / Ooi, T. / Yao, M.
履歴
登録2013年2月27日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02014年2月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月22日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.22019年12月25日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.country / _citation.journal_id_CSD ..._citation.country / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.32023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: FMN-dependent NADH-azoreductase
D: FMN-dependent NADH-azoreductase
B: FMN-dependent NADH-azoreductase
C: FMN-dependent NADH-azoreductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)96,72512
ポリマ－91,8034
非ポリマー4,9228
水37821
1
A: FMN-dependent NADH-azoreductase
B: FMN-dependent NADH-azoreductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,3636
ポリマ－45,9022
非ポリマー2,4614
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6670 Å2
ΔGint-54 kcal/mol
Surface area18150 Å2
手法PISA
2
D: FMN-dependent NADH-azoreductase
ヘテロ分子

D: FMN-dependent NADH-azoreductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,3636
ポリマ－45,9022
非ポリマー2,4614
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_555x-y,-y,-z+1/31
Buried area6620 Å2
ΔGint-51 kcal/mol
Surface area18200 Å2
手法PISA
3
C: FMN-dependent NADH-azoreductase
ヘテロ分子

C: FMN-dependent NADH-azoreductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,3636
ポリマ－45,9022
非ポリマー2,4614
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_555x-y,-y,-z+1/31
Buried area6640 Å2
ΔGint-52 kcal/mol
Surface area19020 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)146.370, 146.370, 116.200
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21D
12A
22B
13A
23C
14D
24B
15D
25C
16B
26C

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: THR / Beg label comp-ID: THR / End auth comp-ID: PHE / End label comp-ID: PHE / Refine code: _ / Auth seq-ID: 2 - 211 / Label seq-ID: 2 - 211

Dom-IDEns-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
11AA
21DB
12AA
22BC
13AA
23CD
14DB
24BC
15DB
25CD
16BC
26CD

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6

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要素

#1: タンパク質
FMN-dependent NADH-azoreductase / Azo-dye reductase / FMN-dependent NADH-azo compound oxidoreductase


分子量: 22950.822 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus (バクテリア) / 株: B29 / 遺伝子: azrC, azoR / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: C0STY1, 酸化還元酵素; 他の含窒素化合物が電子供与する
#2: 化合物
ChemComp-FMN / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / RIBOFLAVIN MONOPHOSPHATE / FMN


分子量: 456.344 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H21N4O9P
#3: 化合物
ChemComp-CBD / CIBACRON BLUE / シバクロンブル-3G-A


分子量: 774.157 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C29H20ClN7O11S3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 21 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.91 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.57 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.4
詳細: PEG 600, pH 6.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: AR-NW12A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2010年3月17日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.62→50 Å / Num. obs: 43062 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 8.2 % / Biso Wilson estimate: 53.468 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.078 / Net I/σ(I): 23.81
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)Rmerge F obsRmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsRrim(I) all% possible all
2.62-2.780.9040.6363.3454398691167310.67997.4
2.78-2.970.9580.415.1754888653265250.43699.9
2.97-3.210.9840.2199.2950863605460480.23399.9
3.21-3.520.9950.11817.6246879561056080.126100
3.52-3.930.9980.06829.6342035508050620.07399.6
3.93-4.530.9990.04442.636937450744870.04799.6
4.53-5.540.9990.03749.3831416385238400.03999.7
5.54-7.780.9990.03153.9724355302630250.033100
7.78-47.9110.9990.02469.2412554178417360.02597.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XSCALEデータスケーリング
REFMAC5.6.0117精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
SERGUIデータ収集
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3W7A

3w7a


解像度: 2.62→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.908 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.886 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU B: 25.183 / SU ML: 0.264 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.496 / ESU R Free: 0.317 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2851 3079 7.2 %RANDOM
Rwork0.2527 ---
obs0.255 43062 99.25 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso max: 114.81 Å2 / Biso mean: 69.515 Å2 / Biso min: 13.77 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.73 Å20.37 Å20 Å2
2--0.73 Å20 Å2
3----1.1 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.62→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6440 0 328 21 6789
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0050.026940
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.0271.9969492
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.7825836
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.68925.513312
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.67151020
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg8.7581516
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0690.21012
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.0215360
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A2350.1
12D2350.1
21A2450.04
22B2450.04
31A2120.16
32C2120.16
41D2460.07
42B2460.07
51D2180.15
52C2180.15
61B2160.15
62C2160.15
LS精密化 シェル解像度: 2.623→2.691 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.411 193 -
Rwork0.326 2625 -
all-2818 -
obs--94.03 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.0370.18970.25681.3826-0.57722.1472-0.10360.1303-0.00260.08520.085-0.01120.0350.00650.01860.166-0.01580.04430.08450.01260.0579-75.108131.77341.0062
21.1323-0.29170.59763.2762-1.55092.8763-0.00660.11690.213-0.1398-0.3648-0.9346-0.12340.29610.37140.0568-0.00090.05430.13520.08530.3284-50.209910.218512.6631
31.22210.21080.64453.3382-0.65941.9512-0.1195-0.06260.00910.12020.57620.7989-0.0081-0.6458-0.45660.1554-0.04180.07580.39780.2360.3045-99.464431.51920.5045
42.9069-0.21521.29595.3853-1.50321.5745-0.18-0.1199-0.2052-0.32451.39141.8614-0.1459-0.5382-1.21150.0765-0.08450.04121.01410.91881.3702-125.05578.496111.3906
55.23491.6347-0.3930.792-0.12810.030.47030.0461.2860.7566-0.23020.3324-0.05090.0207-0.24021.62610.34010.6811.26430.73861.3803-115.190723.902326.4605
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A2 - 211
2X-RAY DIFFRACTION2D2 - 211
3X-RAY DIFFRACTION3B2 - 211
4X-RAY DIFFRACTION4C2 - 185
5X-RAY DIFFRACTION5C186 - 211

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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