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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3w5j | ||||||
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タイトル | Crystal structure of GDP-bound NfeoB from Gallionella capsiferriformans | ||||||
要素 | Ferrous iron transport protein B | ||||||
キーワード | METAL TRANSPORT / G PROTEIN (Gタンパク質) / IRON TRANSPORT / GTPASE (GTPアーゼ) / TRANSMEMBRANE (膜貫通型タンパク質) / GDP | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Gallionella capsiferriformans (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.932 Å | ||||||
データ登録者 | Deshpande, C.N. / McGrath, A.P. / Jormakka, M. | ||||||
引用 | ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2013 タイトル: Structure of an atypical FeoB G-domain reveals a putative domain-swapped dimer. 著者: Deshpande, C.N. / McGrath, A.P. / Font, J. / Guilfoyle, A.P. / Maher, M.J. / Jormakka, M. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3w5j.cif.gz | 93.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3w5j.ent.gz | 68.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3w5j.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w5/3w5j ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w5/3w5j | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 22732.297 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Gallionella capsiferriformans (バクテリア) 株: ES-2 / 遺伝子: Galf_2203 / プラスミド: pGEX-4T-1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: D9SIP4 #2: 化合物 | ChemComp-GDP / | #3: 化合物 | ChemComp-GOL / | #4: 化合物 | ChemComp-SO4 / | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.02 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.06 % / Mosaicity: 0.67 ° |
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結晶化 | 温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 詳細: 0.2M Ammonium sulphate, 0.1M Bis-Tris pH 5.5, 25 % (w/v) PEG 3350, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 1.0332 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2012年4月24日 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1.0332 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.93→63.08 Å / Num. all: 28390 / Num. obs: 28390 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / 冗長度: 7.1 % / Biso Wilson estimate: 18.2 Å2 / Rsym value: 0.151 / Net I/σ(I): 9 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 3IBY 解像度: 1.932→47.72 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.946 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.928 / WRfactor Rfree: 0.2235 / WRfactor Rwork: 0.1858 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.8692 / SU B: 3.711 / SU ML: 0.108 / SU R Cruickshank DPI: 0.1798 / SU Rfree: 0.1574 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.18 / ESU R Free: 0.157 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES: REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 53.06 Å2 / Biso mean: 23.4563 Å2 / Biso min: 7.19 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.932→47.72 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.932→1.982 Å / Total num. of bins used: 20
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