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- PDB-3w58: Crystal structure of Galectin-1 in the lactose-unbound state(P21) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3w58
タイトルCrystal structure of Galectin-1 in the lactose-unbound state(P21)
要素Galectin-1
キーワードSUGAR BINDING PROTEIN / lactose unbound state / Galectin / lectin
機能・相同性
機能・相同性情報


galectin complex / lactose binding / plasma cell differentiation / galactoside binding / myoblast differentiation / laminin binding / T cell costimulation / Post-translational protein phosphorylation / cell-cell adhesion / positive regulation of inflammatory response ...galectin complex / lactose binding / plasma cell differentiation / galactoside binding / myoblast differentiation / laminin binding / T cell costimulation / Post-translational protein phosphorylation / cell-cell adhesion / positive regulation of inflammatory response / Regulation of Insulin-like Growth Factor (IGF) transport and uptake by Insulin-like Growth Factor Binding Proteins (IGFBPs) / regulation of apoptotic process / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / collagen-containing extracellular matrix / positive regulation of viral entry into host cell / positive regulation of apoptotic process / endoplasmic reticulum lumen / apoptotic process / RNA binding / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Galectin-like / Galactoside-binding lectin / Galectin / Galectin, carbohydrate recognition domain / Galactoside-binding lectin / Galactoside-binding lectin (galectin) domain profile. / Jelly Rolls - #200 / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
BETA-MERCAPTOETHANOL / Galectin-1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.58 Å
データ登録者Saburi, H. / Tanaka, T. / Kunishima, N.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of Galectin-1 in the lactose-unbound state
著者: Saburi, H. / Tanaka, T. / Kunishima, N.
履歴
登録2013年1月25日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02014年1月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Galectin-1
B: Galectin-1
C: Galectin-1
D: Galectin-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,79420
ポリマ－58,3984
非ポリマー1,39616
水8,791488
1
A: Galectin-1
B: Galectin-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,7148
ポリマ－29,1992
非ポリマー5156
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2460 Å2
ΔGint-30 kcal/mol
Surface area12430 Å2
手法PISA
2
C: Galectin-1
D: Galectin-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,08012
ポリマ－29,1992
非ポリマー88110
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3260 Å2
ΔGint-52 kcal/mol
Surface area12200 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)67.461, 58.038, 93.762
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 92.72, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
Galectin-1 / Gal-1 / 14 kDa laminin-binding protein / HLBP14 / 14 kDa lectin / Beta-galactoside-binding lectin L- ...Gal-1 / 14 kDa laminin-binding protein / HLBP14 / 14 kDa lectin / Beta-galactoside-binding lectin L-14-I / Galaptin / HBL / HPL / Lactose-binding lectin 1 / Lectin galactoside-binding soluble 1 / Putative MAPK-activating protein PM12 / S-Lac lectin 1


分子量: 14599.477 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: LGALS1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P09382
#2: 化合物
ChemComp-BME / BETA-MERCAPTOETHANOL / 2-メルカプトエタノ-ル


分子量: 78.133 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS
#3: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 488 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.82 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.1
詳細: 2.0M ammonium sulfate, 1% 2-Mercaptoethanol, pH 5.1, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL26B2 / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: RIGAKU JUPITER 210 / 検出器: CCD / 日付: 2011年11月9日
放射モノクロメーター: bending magnet / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.58→37.63 Å / Num. all: 99373 / Num. obs: 99373 / % possible obs: 100 % / Biso Wilson estimate: 16.09 Å2
反射 シェル解像度: 1.58→1.61 Å / 冗長度: 7.6 % / Rmerge(I) obs: 0.068 / Mean I/σ(I) obs: 11.28 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BSSデータ収集
MOLREP位相決定
CNS1.3精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1GZW

1gzw


解像度: 1.58→37.63 Å / Rfactor Rfree error: 0.003 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: BULK SOLVENT MODEL USED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.233 4995 5 %RANDOM
Rwork0.217 ---
obs0.217 99318 99.8 %-
all-99373 --
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 51.6587 Å2 / ksol: 0.4 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 20.36 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.66 Å20 Å20.18 Å2
2---0.51 Å2-0 Å2
3----0.15 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.21 Å0.2 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.17 Å0.16 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.58→37.63 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4090 0 77 488 4655
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.5
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d26.7
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.02
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.171.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it1.842
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.072
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it3.062.5
LS精密化 シェル解像度: 1.58→1.68 Å / Rfactor Rfree error: 0.01 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.291 809 4.9 %
Rwork0.268 15665 -
obs--100 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2dna-rna_rep.paramdna-rna.top
X-RAY DIFFRACTION3water_rep.paramwater.top
X-RAY DIFFRACTION4ion.paramion.top
X-RAY DIFFRACTION5carbohydrate.paramcarbohydrate.top
X-RAY DIFFRACTION6bme_param.txtbme_top.txt
X-RAY DIFFRACTION7glycerol_param.txtglycerol_top.txt

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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