[日本語] English
万見
- PDB-3w4y: Crystal structure of yeast Erv1 core -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3w4y
タイトルCrystal structure of yeast Erv1 core
要素Mitochondrial FAD-linked sulfhydryl oxidase ERV1
キーワードOXIDOREDUCTASE / alpha helix / disulfide bond / redox / Tim40/Mia40 / mitochondria
機能・相同性
機能・相同性情報


flavin-dependent sulfhydryl oxidase activity / thiol oxidase / thiol oxidase activity / protein import into mitochondrial intermembrane space / mitochondrial intermembrane space / flavin adenine dinucleotide binding / cellular response to oxidative stress / intracellular iron ion homeostasis / mitochondrion
類似検索 - 分子機能
Sulfhydryl oxidase ALR/ERV / ERV/ALR sulfhydryl oxidase domain / ERV/ALR sulfhydryl oxidase domain / ERV/ALR sulfhydryl oxidase domain superfamily / Erv1 / Alr family / ERV/ALR sulfhydryl oxidase domain profile. / Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / Mitochondrial FAD-linked sulfhydryl oxidase ERV1
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Kawano, S. / Terao, K. / Watanabe, N. / Endo, T.
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of yeast Erv1 core
著者: Kawano, S. / Terao, K. / Watanabe, N. / Endo, T.
履歴
登録2013年1月17日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02013年3月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Mitochondrial FAD-linked sulfhydryl oxidase ERV1
B: Mitochondrial FAD-linked sulfhydryl oxidase ERV1
C: Mitochondrial FAD-linked sulfhydryl oxidase ERV1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,2576
ポリマ－42,9003
非ポリマー2,3573
水4,234235
1
A: Mitochondrial FAD-linked sulfhydryl oxidase ERV1
C: Mitochondrial FAD-linked sulfhydryl oxidase ERV1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,1714
ポリマ－28,6002
非ポリマー1,5712
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6440 Å2
ΔGint-47 kcal/mol
Surface area12560 Å2
手法PISA
2
B: Mitochondrial FAD-linked sulfhydryl oxidase ERV1
ヘテロ分子

B: Mitochondrial FAD-linked sulfhydryl oxidase ERV1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,1714
ポリマ－28,6002
非ポリマー1,5712
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,-y,z1
Buried area6450 Å2
ΔGint-53 kcal/mol
Surface area12740 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)62.531, 116.222, 151.119
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number23
Space group name H-MI222

-
要素

#1: タンパク質 Mitochondrial FAD-linked sulfhydryl oxidase ERV1 / 14 kDa regulatory protein / Essential for respiration and vegetative growth protein 1


分子量: 14300.139 Da / 分子数: 3 / 断片: UNP RESIDUES 73-189 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
株: ATCC 204508, S288c, W303-1A, / 遺伝子: ERV1, ERV1/YGR029W, YGR029W / プラスミド: pET-15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): SHUffle T7 / 参照: UniProt: P27882, thiol oxidase
#2: 化合物 ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD


分子量: 785.550 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / コメント: FAD*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 235 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.56 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.4
詳細: 10-20 % Polyethyleneglycole, 0.2-0.4 M citrate-Na, pH 7.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL38B1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2009年5月26日
放射モノクロメーター: Fixed exit Si (111) double crystal monochromator
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→25.87 Å / Num. all: 37585 / Num. obs: 37584 / % possible obs: 99.9 %

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
MOLREP位相決定
REFMAC5.2.0019精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2HJ3

2hj3


解像度: 2→25.87 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.93 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.912 / SU B: 3.442 / SU ML: 0.098 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.162 / ESU R Free: 0.144 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23077 1913 5.1 %RANDOM
Rwork0.20566 ---
obs0.20698 35629 99.89 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 16.934 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2---0.01 Å20 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→25.87 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2944 0 159 235 3338
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0213217
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3241.9854377
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.5285347
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.72523.659164
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.59215537
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg23.2581524
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0930.2406
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.022467
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1910.21446
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3050.22138
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1360.2212
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2220.255
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1280.215
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.7551.51811
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.22222827
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.88231884
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.214.51550
LS精密化 シェル解像度: 2→2.052 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.293 128 -
Rwork0.227 2570 -
obs--99.82 %

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る