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- PDB-3w4t: Crystal structure of MATE P26A mutant -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3w4t
タイトルCrystal structure of MATE P26A mutant
要素Putative uncharacterized protein
キーワードTRANSPORT PROTEIN / MATE / multidrug transporter
機能・相同性: / : / Multi antimicrobial extrusion protein / MatE / antiporter activity / xenobiotic transmembrane transporter activity / plasma membrane / (2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate / MATE family efflux transporter
機能・相同性情報
生物種Pyrococcus furiosus (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.096 Å
データ登録者Tanaka, Y. / Ishitani, R. / Nureki, O.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2013
タイトル: Structural basis for the drug extrusion mechanism by a MATE multidrug transporter.
著者: Tanaka, Y. / Hipolito, C.J. / Maturana, A.D. / Ito, K. / Kuroda, T. / Higuchi, T. / Katoh, T. / Kato, H.E. / Hattori, M. / Kumazaki, K. / Tsukazaki, T. / Ishitani, R. / Suga, H. / Nureki, O.
履歴
登録2013年1月16日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02013年4月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年12月18日Group: Database references
カテゴリ: citation / citation_author / struct_ref_seq_dif
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.22024年3月20日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative uncharacterized protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,45910
ポリマ－49,2501
非ポリマー3,2099
水1,49583
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)155.388, 60.055, 68.279
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 92.000, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Putative uncharacterized protein / Archaeal-type transporter


分子量: 49250.219 Da / 分子数: 1 / 変異: P26A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pyrococcus furiosus (古細菌) / 株: JCM 8422 / 遺伝子: PF0708 / プラスミド: pET11a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): C41(DE3) / 参照: UniProt: Q8U2X0
#2: 化合物
ChemComp-OLC / (2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate / 1-Oleoyl-R-glycerol / L-グリセロ-ル3-オレア-ト


分子量: 356.540 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H40O4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 83 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.95 % / Mosaicity: 0.68 °
結晶化温度: 293 K / 手法: lipdic cubic phase / pH: 6.5
詳細: 30% PEG 400, 100mM MES-NaOH, 100mM NaSCN, 20mM CaCl2, pH 6.5, lipdic cubic phase, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL32XU / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX225HE / 検出器: CCD / 日付: 2012年10月11日
放射モノクロメーター: liquid nitrogen cooled double crystal
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.096→50 Å / Num. all: 37060 / Num. obs: 36428 / % possible obs: 97.7 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 5.5 % / Rmerge(I) obs: 0.104 / Χ2: 1.291 / Net I/σ(I): 7.6
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
2.1-2.144.20.36818330.645198.4
2.14-2.184.30.35117670.693198.8
2.18-2.224.40.32118500.732198.6
2.22-2.264.60.30418080.762198.6
2.26-2.314.70.28718430.809199.4
2.31-2.374.80.27217790.854198.8
2.37-2.4250.24518530.872199.2
2.42-2.495.10.22218180.888199.5
2.49-2.565.30.20618030.946199.2
2.56-2.655.40.19218520.999199.6
2.65-2.745.50.16718521.056199.5
2.74-2.855.70.15318421.09199.5
2.85-2.985.80.1418381.168199.6
2.98-3.145.90.11918581.282199.6
3.14-3.336.20.10618461.404199.7
3.33-3.596.30.0918341.715199.7
3.59-3.956.70.08318782.142199.9
3.95-4.526.30.06715722.478184.9
4.52-5.76.60.05815571.798182.6
5.7-506.70.05119232.015199.4

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation2.1 Å29.29 Å
Translation2.1 Å29.29 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER2.5.0位相決定
PHENIX1.8.1_1168精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.096→31.645 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.8792 / SU ML: 0.18 / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 19.43 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2169 2010 5.52 %RANDOM
Rwork0.1888 ---
all0.2169 37060 --
obs0.1904 36206 98.08 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 142.19 Å2 / Biso mean: 34.7511 Å2 / Biso min: 12.27 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.096→31.645 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3292 0 145 83 3520
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0053484
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8294678
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.052570
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003562
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.3051253
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.0965-2.14890.24561400.22212393253396
2.1489-2.2070.21511400.196825022642100
2.207-2.27190.22551480.183824852633100
2.2719-2.34520.2081480.17624862634100
2.3452-2.4290.19571490.172424932642100
2.429-2.52620.23521410.166225212662100
2.5262-2.64110.20541470.170924602607100
2.6411-2.78030.21061410.166525052646100
2.7803-2.95440.22071470.180925122659100
2.9544-3.18230.23381490.186124852634100
3.1823-3.50220.19941470.195125182665100
3.5022-4.00810.23291460.194825112657100
4.0081-5.04640.23211170.20431967208478
5.0464-31.64880.19261500.19642580273099
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.48780.06060.11280.9314-0.06461.86840.02960.01340.0074-0.05660.0077-0.0269-0.02370.1092-0.02830.16940.0144-0.00920.11-0.00430.1626-35.77163.4785.3926
22.96032.15281.64532.29760.6232.563-0.0736-0.15050.34370.0493-0.00940.9682-0.2458-0.41980.2160.27370.06010.03750.3171-0.0580.3355-52.184110.652517.5249
32.0611-0.5538-0.7031.1880.72871.32950.0317-0.0587-0.08570.06560.0117-0.20950.04290.203-0.03860.1962-0.0043-0.0330.24690.03440.2057-19.4505-4.382518.1048
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN A AND (RESID 4:218 )
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN A AND (RESID 219:235 )
3X-RAY DIFFRACTION3CHAIN A AND (RESID 236:454 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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