PDB-3w4t: Crystal structure of MATE P26A mutant

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3w4t

タイトル

Crystal structure of MATE P26A mutant

要素

Putative uncharacterized protein

キーワード

TRANSPORT PROTEIN / MATE / multidrug transporter

機能・相同性

: / : / Multi antimicrobial extrusion protein / MatE / antiporter activity / xenobiotic transmembrane transporter activity / plasma membrane / (2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate / MATE family efflux transporter

機能・相同性情報

生物種

Pyrococcus furiosus (古細菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.096 Å

データ登録者

Tanaka, Y. / Ishitani, R. / Nureki, O.

引用

ジャーナル: Nature / 年: 2013
タイトル: Structural basis for the drug extrusion mechanism by a MATE multidrug transporter.
著者: Tanaka, Y. / Hipolito, C.J. / Maturana, A.D. / Ito, K. / Kuroda, T. / Higuchi, T. / Katoh, T. / Kato, H.E. / Hattori, M. / Kumazaki, K. / Tsukazaki, T. / Ishitani, R. / Suga, H. / Nureki, O.

履歴

登録	2013年1月16日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2013年4月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年12月18日	Group: Database references カテゴリ: citation / citation_author / struct_ref_seq_dif Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.2	2024年3月20日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3w4t.cif.gz	180.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3w4t.ent.gz	143.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3w4t.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w4/3w4t ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w4/3w4t	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3vvnC 3vvoC 3vvpC 3vvrC 3vvsC 3wbnC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3vvn-d 5tl4-3 6hfb-4 5yck-d 3mkt-2 3vvs-d 3uds-1 6wtf-2 1c7j-d 4mlb-4 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#217 - 2018年1月オピオイド受容体 (Opioid Receptors) 類似性 (1) #164 - 2013年8月セロトニン受容体 (Serotonin Receptor) 類似性 (1) #199 - 2016年7月モネリン (Monellin) 類似性 (1) #208 - 2017年4月グルコース輸送体 (Glucose Transporters) 類似性 (1) #27 - 2002年3月バクテリオロドプシン (Bacteriorhodopsin) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Putative uncharacterized protein

ヘテロ分子

52.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	155.388, 60.055, 68.279
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 92.000, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	Putative uncharacterized protein / Archaeal-type transporter 分子量: 49250.219 Da / 分子数: 1 / 変異: P26A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pyrococcus furiosus (古細菌) / 株: JCM 8422 / 遺伝子: PF0708 / プラスミド: pET11a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): C41(DE3) / 参照: UniProt: Q8U2X0
#2: 化合物	ChemComp-OLC / (2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate / 1-Oleoyl-R-glycerol / L-グリセロ-ル3-オレア-ト分子量: 356.540 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₄₀O₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 83 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.23 Å³/Da / 溶媒含有率: 61.95 % / Mosaicity: 0.68 °
結晶化	温度: 293 K / 手法: lipdic cubic phase / pH: 6.5 詳細: 30% PEG 400, 100mM MES-NaOH, 100mM NaSCN, 20mM CaCl2, pH 6.5, lipdic cubic phase, temperature 293K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SPring-8

/ ビームライン: BL32XU / 波長: 1 Å

検出器

タイプ: RAYONIX MX225HE / 検出器: CCD / 日付: 2012年10月11日

放射

モノクロメーター: liquid nitrogen cooled double crystal
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.096→50 Å / Num. all: 37060 / Num. obs: 36428 / % possible obs: 97.7 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 5.5 % / R_merge(I) obs: 0.104 / Χ²: 1.291 / Net I/σ(I): 7.6

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	Χ²	Diffraction-ID	% possible all
2.1-2.14	4.2	0.368	1833	0.645	1	98.4
2.14-2.18	4.3	0.351	1767	0.693	1	98.8
2.18-2.22	4.4	0.321	1850	0.732	1	98.6
2.22-2.26	4.6	0.304	1808	0.762	1	98.6
2.26-2.31	4.7	0.287	1843	0.809	1	99.4
2.31-2.37	4.8	0.272	1779	0.854	1	98.8
2.37-2.42	5	0.245	1853	0.872	1	99.2
2.42-2.49	5.1	0.222	1818	0.888	1	99.5
2.49-2.56	5.3	0.206	1803	0.946	1	99.2
2.56-2.65	5.4	0.192	1852	0.999	1	99.6
2.65-2.74	5.5	0.167	1852	1.056	1	99.5
2.74-2.85	5.7	0.153	1842	1.09	1	99.5
2.85-2.98	5.8	0.14	1838	1.168	1	99.6
2.98-3.14	5.9	0.119	1858	1.282	1	99.6
3.14-3.33	6.2	0.106	1846	1.404	1	99.7
3.33-3.59	6.3	0.09	1834	1.715	1	99.7
3.59-3.95	6.7	0.083	1878	2.142	1	99.9
3.95-4.52	6.3	0.067	1572	2.478	1	84.9
4.52-5.7	6.6	0.058	1557	1.798	1	82.6
5.7-50	6.7	0.051	1923	2.015	1	99.4

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

	最高解像度	最低解像度
Rotation	2.1 Å	29.29 Å
Translation	2.1 Å	29.29 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SCALEPACK		データスケーリング
PHASER	2.5.0	位相決定
PHENIX	1.8.1_1168	精密化
PDB_EXTRACT	3.11	データ抽出
HKL-2000		データ収集
HKL-2000		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.096→31.645 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.8792 / SU ML: 0.18 / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 19.43 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2169	2010	5.52 %	RANDOM
R_work	0.1888	-	-	-
all	0.2169	37060	-	-
obs	0.1904	36206	98.08 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 142.19 Å² / B_iso mean: 34.7511 Å² / B_iso min: 12.27 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.096→31.645 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3292	0	145	83	3520

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.005	3484
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.829	4678
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.052	570
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	562
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.305	1253

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.0965-2.1489	0.2456	140	0.2221	2393	2533	96
2.1489-2.207	0.2151	140	0.1968	2502	2642	100
2.207-2.2719	0.2255	148	0.1838	2485	2633	100
2.2719-2.3452	0.208	148	0.176	2486	2634	100
2.3452-2.429	0.1957	149	0.1724	2493	2642	100
2.429-2.5262	0.2352	141	0.1662	2521	2662	100
2.5262-2.6411	0.2054	147	0.1709	2460	2607	100
2.6411-2.7803	0.2106	141	0.1665	2505	2646	100
2.7803-2.9544	0.2207	147	0.1809	2512	2659	100
2.9544-3.1823	0.2338	149	0.1861	2485	2634	100
3.1823-3.5022	0.1994	147	0.1951	2518	2665	100
3.5022-4.0081	0.2329	146	0.1948	2511	2657	100
4.0081-5.0464	0.2321	117	0.2043	1967	2084	78
5.0464-31.6488	0.1926	150	0.1964	2580	2730	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.4878	0.0606	0.1128	0.9314	-0.0646	1.8684	0.0296	0.0134	0.0074	-0.0566	0.0077	-0.0269	-0.0237	0.1092	-0.0283	0.1694	0.0144	-0.0092	0.11	-0.0043	0.1626	-35.7716	3.478	5.3926
2	2.9603	2.1528	1.6453	2.2976	0.623	2.563	-0.0736	-0.1505	0.3437	0.0493	-0.0094	0.9682	-0.2458	-0.4198	0.216	0.2737	0.0601	0.0375	0.3171	-0.058	0.3355	-52.1841	10.6525	17.5249
3	2.0611	-0.5538	-0.703	1.188	0.7287	1.3295	0.0317	-0.0587	-0.0857	0.0656	0.0117	-0.2095	0.0429	0.203	-0.0386	0.1962	-0.0043	-0.033	0.2469	0.0344	0.2057	-19.4505	-4.3825	18.1048

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	CHAIN A AND (RESID 4:218 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	CHAIN A AND (RESID 219:235 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	CHAIN A AND (RESID 236:454 )

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