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- PDB-3w3a: Crystal structure of V1-ATPase at 3.9 angstrom resolution -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3w3a
タイトルCrystal structure of V1-ATPase at 3.9 angstrom resolution
要素
  • V-type ATP synthase alpha chain
  • V-type ATP synthase beta chain
  • V-type ATP synthase subunit D
  • V-type ATP synthase subunit F
キーワードHYDROLASE / ATP SYNTHESIS / HYDROGEN ION TRANSPORT / NUCLEOTIDE-BINDING / Catalytic Domain / Molecular Motor Proteins / Quaternary / Proton-Translocating ATPases / Thermus thermophilus / Vacuolar Proton-Translocating ATPases / Hydrolysis
機能・相同性
機能・相同性情報


proton motive force-driven plasma membrane ATP synthesis / proton-transporting ATPase activity, rotational mechanism / H+-transporting two-sector ATPase / proton-transporting ATP synthase complex / proton-transporting ATP synthase activity, rotational mechanism / ATP binding
類似検索 - 分子機能
Helix Hairpins - #3240 / ATPase, V1 complex, subunit F / Rossmann fold - #12240 / ATPase, V1 complex, subunit F, bacterial/archaeal / Bovine Mitochondrial F1-ATPase, ATP Synthase Beta Chain; Chain D, domain3 / Bovine Mitochondrial F1-atpase; Atp Synthase Beta Chain; Chain D, domain 3 / ATPase, V1 complex, subunit D / ATPase, V1 complex, subunit F / ATPase, V1 complex, subunit F superfamily / ATP synthase subunit D ...Helix Hairpins - #3240 / ATPase, V1 complex, subunit F / Rossmann fold - #12240 / ATPase, V1 complex, subunit F, bacterial/archaeal / Bovine Mitochondrial F1-ATPase, ATP Synthase Beta Chain; Chain D, domain3 / Bovine Mitochondrial F1-atpase; Atp Synthase Beta Chain; Chain D, domain 3 / ATPase, V1 complex, subunit D / ATPase, V1 complex, subunit F / ATPase, V1 complex, subunit F superfamily / ATP synthase subunit D / ATP synthase (F/14-kDa) subunit / V-type ATP synthase regulatory subunit B/beta / V-type ATP synthase catalytic alpha chain / ATPsynthase alpha/beta subunit, N-terminal extension / ATPsynthase alpha/beta subunit barrel-sandwich domain / RNA polymerase II/Efflux pump adaptor protein, barrel-sandwich hybrid domain / : / ATPase, F1/V1 complex, beta/alpha subunit, C-terminal / C-terminal domain of V and A type ATP synthase / ATP synthase subunit alpha, N-terminal domain-like superfamily / ATPase, F1/V1/A1 complex, alpha/beta subunit, N-terminal domain superfamily / ATPase, F1/V1/A1 complex, alpha/beta subunit, N-terminal domain / ATP synthase alpha/beta family, beta-barrel domain / ATPase, alpha/beta subunit, nucleotide-binding domain, active site / ATP synthase alpha and beta subunits signature. / ATPase, F1/V1/A1 complex, alpha/beta subunit, nucleotide-binding domain / ATP synthase alpha/beta family, nucleotide-binding domain / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Helix Hairpins / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Beta Barrel / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / V-type ATP synthase subunit D / V-type ATP synthase subunit F / V-type ATP synthase alpha chain / V-type ATP synthase beta chain
類似検索 - 構成要素
生物種Thermus thermophilus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 3.9 Å
データ登録者Nagamatsu, Y. / Takeda, K. / Kuranaga, T. / Numoto, N. / Miki, K.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2013
タイトル: Origin of Asymmetry at the Intersubunit Interfaces of V1-ATPase from Thermusthermophilus
著者: Nagamatsu, Y. / Takeda, K. / Kuranaga, T. / Numoto, N. / Miki, K.
履歴
登録2012年12月14日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02013年5月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年9月4日Group: Database references
改定 1.22017年11月22日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32024年3月20日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: V-type ATP synthase alpha chain
B: V-type ATP synthase alpha chain
C: V-type ATP synthase alpha chain
D: V-type ATP synthase beta chain
E: V-type ATP synthase beta chain
F: V-type ATP synthase beta chain
G: V-type ATP synthase subunit D
H: V-type ATP synthase subunit F
I: V-type ATP synthase alpha chain
J: V-type ATP synthase alpha chain
K: V-type ATP synthase alpha chain
L: V-type ATP synthase beta chain
M: V-type ATP synthase beta chain
N: V-type ATP synthase beta chain
O: V-type ATP synthase subunit D
P: V-type ATP synthase subunit F
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)756,93720
ポリマ－755,22816
非ポリマー1,7094
水00
1
A: V-type ATP synthase alpha chain
B: V-type ATP synthase alpha chain
C: V-type ATP synthase alpha chain
D: V-type ATP synthase beta chain
E: V-type ATP synthase beta chain
F: V-type ATP synthase beta chain
G: V-type ATP synthase subunit D
H: V-type ATP synthase subunit F
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)378,46910
ポリマ－377,6148
非ポリマー8542
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
I: V-type ATP synthase alpha chain
J: V-type ATP synthase alpha chain
K: V-type ATP synthase alpha chain
L: V-type ATP synthase beta chain
M: V-type ATP synthase beta chain
N: V-type ATP synthase beta chain
O: V-type ATP synthase subunit D
P: V-type ATP synthase subunit F
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)378,46910
ポリマ－377,6148
非ポリマー8542
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
A: V-type ATP synthase alpha chain
B: V-type ATP synthase alpha chain
C: V-type ATP synthase alpha chain
D: V-type ATP synthase beta chain
E: V-type ATP synthase beta chain
F: V-type ATP synthase beta chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)344,2938
ポリマ－343,4396
非ポリマー8542
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area29960 Å2
ΔGint-71 kcal/mol
Surface area115650 Å2
手法PISA
4
G: V-type ATP synthase subunit D
H: V-type ATP synthase subunit F


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,1752
ポリマ－34,1752
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3050 Å2
ΔGint-23 kcal/mol
Surface area19720 Å2
手法PISA
5
I: V-type ATP synthase alpha chain
J: V-type ATP synthase alpha chain
K: V-type ATP synthase alpha chain
L: V-type ATP synthase beta chain
M: V-type ATP synthase beta chain
N: V-type ATP synthase beta chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)344,2938
ポリマ－343,4396
非ポリマー8542
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area30070 Å2
ΔGint-75 kcal/mol
Surface area115660 Å2
手法PISA
6
O: V-type ATP synthase subunit D
P: V-type ATP synthase subunit F


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,1752
ポリマ－34,1752
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3080 Å2
ΔGint-23 kcal/mol
Surface area19760 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)382.144, 382.144, 148.248
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number150
Space group name H-MP321

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要素

#1: タンパク質
V-type ATP synthase alpha chain / V-ATPase subunit A


分子量: 63628.902 Da / 分子数: 6 / 断片: SUBUNIT A / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: Q56403, H+-transporting two-sector ATPase
#2: タンパク質
V-type ATP synthase beta chain / V-ATPase subunit B


分子量: 50850.738 Da / 分子数: 6 / 断片: SUBUNIT B / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: Q56404, H+-transporting two-sector ATPase
#3: タンパク質 V-type ATP synthase subunit D / V-ATPase subunit D


分子量: 23350.973 Da / 分子数: 2 / 断片: SUBUNIT D / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: O87880, H+-transporting two-sector ATPase
#4: タンパク質 V-type ATP synthase subunit F / V-ATPase subunit F


分子量: 10824.321 Da / 分子数: 2 / 断片: SUBUNIT F / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: P74903, H+-transporting two-sector ATPase
#5: 化合物
ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP


分子量: 427.201 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 7

-
試料調製

結晶マシュー密度: 4.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 70.27 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6
詳細: 1.6M ammonium sulfate, 10%(v/v) dioxane, 100mM MES(pH 6.0), 10mM ADP, 10mM magnesium chloride, 1.0mM alminum nitrate, 1.0mM potassium fluoride, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL41XU / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX225HE / 検出器: CCD / 日付: 2010年7月17日
放射モノクロメーター: Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.9→50 Å / Num. all: 101564 / Num. obs: 101564 / % possible obs: 90.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.2 % / Rsym value: 0.097 / Net I/σ(I): 12.4
反射 シェル解像度: 3.9→4.04 Å / 冗長度: 6.2 % / Mean I/σ(I) obs: 12.4 / Num. unique all: 101564 / Rsym value: 0.097 / % possible all: 90.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SOLVE位相決定
CNS1.3精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 3.9→49.9 Å / Rfactor Rfree error: 0.005 / Data cutoff high absF: 160446.81 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 詳細: BULK SOLVENT MODEL USED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.381 5124 5 %RANDOM
Rwork0.328 ---
obs0.328 101522 90.2 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 1213.96 Å2 / ksol: 0.37 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-9.68 Å20 Å20 Å2
2--9.68 Å20 Å2
3----19.37 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.95 Å0.83 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a1.21 Å1.05 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.9→49.9 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数53116 0 108 0 53224
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.011
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.5
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d23.7
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.47
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it10.581.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it17.972
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it220.352
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it245.142.5
Refine LS restraints NCSNCS model details: CONSTR
LS精密化 シェル解像度: 3.9→4.04 Å / Rfactor Rfree error: 0.017 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.476 770 5.1 %
Rwork0.451 14295 -
obs--81 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2dna-rna_rep.paramdna-rna.top
X-RAY DIFFRACTION3water_rep.paramwater.top
X-RAY DIFFRACTION4ion.paramion.top
X-RAY DIFFRACTION5carbohydrate.paramcarbohydrate.top
X-RAY DIFFRACTION6new_toadp

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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