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万見
- PDB-3w1z: Heat shock protein 16.0 from Schizosaccharomyces pombe -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3w1z
タイトルHeat shock protein 16.0 from Schizosaccharomyces pombe
要素Heat shock protein 16
キーワードCHAPERONE / alpha-crystallin domain / small heat shock protein
機能・相同性
機能・相同性情報


protein aggregate center / cellular response to misfolded protein / protein complex oligomerization / cellular response to unfolded protein / response to salt stress / protein folding chaperone / response to hydrogen peroxide / : / cellular response to heat / response to heat ...protein aggregate center / cellular response to misfolded protein / protein complex oligomerization / cellular response to unfolded protein / response to salt stress / protein folding chaperone / response to hydrogen peroxide / : / cellular response to heat / response to heat / protein folding / identical protein binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Immunoglobulin-like - #790 / Hsp20/alpha crystallin family / Small heat shock protein (sHSP) domain profile. / Alpha crystallin/Hsp20 domain / HSP20-like chaperone / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Heat shock protein 16
類似検索 - 構成要素
生物種Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.401 Å
データ登録者Hanazono, Y. / Takeda, K. / Akiyama, N. / Aikawa, Y. / Miki, K.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2013
タイトル: Nonequivalence Observed for the 16-Meric Structure of a Small Heat Shock Protein, SpHsp16.0, from Schizosaccharomyces pombe
著者: Hanazono, Y. / Takeda, K. / Oka, T. / Abe, T. / Tomonari, T. / Akiyama, N. / Aikawa, Y. / Yohda, M. / Miki, K.
履歴
登録2012年11月26日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02013年3月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月8日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Heat shock protein 16
B: Heat shock protein 16
C: Heat shock protein 16
D: Heat shock protein 16


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,9524
ポリマ－63,9524
非ポリマー00
水1,67593
1
A: Heat shock protein 16
B: Heat shock protein 16
C: Heat shock protein 16
D: Heat shock protein 16

A: Heat shock protein 16
B: Heat shock protein 16
C: Heat shock protein 16
D: Heat shock protein 16

A: Heat shock protein 16
B: Heat shock protein 16
C: Heat shock protein 16
D: Heat shock protein 16

A: Heat shock protein 16
B: Heat shock protein 16
C: Heat shock protein 16
D: Heat shock protein 16


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)255,80616
ポリマ－255,80616
非ポリマー00
水28816
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_665-x+1,-y+1,z1
crystal symmetry operation3_656-x+1,y,-z+11
crystal symmetry operation4_566x,-y+1,-z+11
Buried area63940 Å2
ΔGint-136 kcal/mol
Surface area93720 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)78.296, 121.078, 122.592
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number23
Space group name H-MI222

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要素

#1: タンパク質
Heat shock protein 16 / 16 kDa heat shock protein


分子量: 15987.883 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母)
株: 972 / 遺伝子: hsp16 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O14368
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 93 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.85 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 9
詳細: 15% PEGMME550, 100mM sodium chloride, 100mM Bicine buffer, pH 9.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL41XU / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2005年10月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→50 Å / Num. obs: 22653 / % possible obs: 97.8 % / 冗長度: 5.3 % / Biso Wilson estimate: 40.13 Å2 / Rsym value: 0.043 / Net I/σ(I): 21.4
反射 シェル解像度: 2.4→2.49 Å / 冗長度: 3.7 % / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Rsym value: 0.254 / % possible all: 95.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
MOLREP位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.8_1069)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1GME

1gme


解像度: 2.401→44.834 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.45 / FOM work R set: 0.7417 / SU ML: 0.41 / σ(F): 0 / 位相誤差: 31.84 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2864 1154 5.1 %random
Rwork0.2457 ---
obs0.2478 22645 97.73 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 137.45 Å2 / Biso mean: 51.4625 Å2 / Biso min: 10.29 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.401→44.834 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4066 0 0 93 4159
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0054191
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0495668
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.072643
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005749
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.4661610
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 8

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.4006-2.50980.40221580.33332567272595
2.5098-2.64220.351490.30922585273496
2.6422-2.80770.31091440.29072617276197
2.8077-3.02440.31311260.27152665279197
3.0244-3.32870.31271480.25082678282699
3.3287-3.81010.28861410.234927462887100
3.8101-4.79950.26051500.21692749289999
4.7995-44.84160.23811380.22422884302299

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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