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- PDB-4n9x: Crystal Structure of the OCTAPRENYL-METHYL-METHOXY-BENZQ MOLECULE... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4n9x
タイトルCrystal Structure of the OCTAPRENYL-METHYL-METHOXY-BENZQ MOLECULE from Erwina carotovora subsp. atroseptica strain SCRI 1043 / ATCC BAA-672, Northeast Structural Genomics Consortium (NESG) Target EwR161
要素Putative monooxygenase
キーワードOXIDOREDUCTASE / Structural Genomics / PSI-Biology / Protein Structure Initiative / Northeast Structural Genomics Consortium (NESG) Target EwR161
機能・相同性
機能・相同性情報


2-polyprenylphenol 6-hydroxylase activity / ubiquinone biosynthetic process / 酸化還元酵素 / oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen / FAD binding / monooxygenase activity
類似検索 - 分子機能
Ubiquinone biosynthesis hydroxylase, UbiH/UbiF/VisC/COQ6, conserved site / ubiH/COQ6 monooxygenase family signature. / Ubiquinone biosynthesis hydroxylase UbiH/COQ6 / : / FAD-binding domain / FAD binding domain / FAD/NAD(P)-binding domain / FAD/NAD(P)-binding domain / 3-Layer(bba) Sandwich / FAD/NAD(P)-binding domain superfamily / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Pectobacterium atrosepticum (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.503 Å
データ登録者Kuzin, A. / Chen, Y. / Lew, S. / Seetharaman, J. / Mao, L. / Xiao, R. / Owens, L.A. / Wang, D. / Everett, J.K. / Acton, T.B. ...Kuzin, A. / Chen, Y. / Lew, S. / Seetharaman, J. / Mao, L. / Xiao, R. / Owens, L.A. / Wang, D. / Everett, J.K. / Acton, T.B. / Montelione, G.T. / Tong, L. / Hunt, J.F. / Northeast Structural Genomics Consortium (NESG)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure of the OCTAPRENYL-METHYL-METHOXY-BENZQ MOLECULE from Erwina carotovora subsp. atroseptica strain SCRI 1043 / ATCC BAA-672, Northeast Structural Genomics Consortium (NESG) Target EwR161
著者: Kuzin, A. / Chen, Y. / Lew, S. / Seetharaman, J. / Mao, L. / Xiao, R. / Owens, L.A. / Wang, D. / Everett, J.K. / Acton, T.B. / Montelione, G.T. / Tong, L. / Hunt, J.F. / Northeast Structural ...著者: Kuzin, A. / Chen, Y. / Lew, S. / Seetharaman, J. / Mao, L. / Xiao, R. / Owens, L.A. / Wang, D. / Everett, J.K. / Acton, T.B. / Montelione, G.T. / Tong, L. / Hunt, J.F. / Northeast Structural Genomics Consortium (NESG)
履歴
登録2013年10月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年11月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.22023年12月6日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2
改定 1.32024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative monooxygenase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,2041
ポリマ－46,2041
非ポリマー00
水1448
1
A: Putative monooxygenase
x 6


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)277,2246
ポリマ－277,2246
非ポリマー00
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-y,x-y,z1
crystal symmetry operation3_555-x+y,-x,z1
crystal symmetry operation4_555y,x,-z1
crystal symmetry operation5_555x-y,-y,-z1
crystal symmetry operation6_555-x,-x+y,-z1
Buried area19630 Å2
ΔGint-117 kcal/mol
Surface area80260 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)120.098, 120.098, 149.924
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number155
Space group name H-MH32

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要素

#1: タンパク質 Putative monooxygenase


分子量: 46203.945 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pectobacterium atrosepticum (バクテリア)
株: SCRI 1043 / ATCC BAA-672 / 遺伝子: visC, ECA0457 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q6DA06, 酸化還元酵素
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.36 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9
詳細: Protein solution: 100mM NaCl, 5mM DTT, 0.02% NaN3, 10mM Tris-HCl (pH 7.5). Reservoir solution: 0.1M Ammonium phosphate-dibasic, 0.1M TAPS, 20% (w/v) PEG4000 , VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X4A / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2008年1月21日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→30 Å / Num. obs: 26980 / % possible obs: 97.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.5 % / Biso Wilson estimate: 59.26 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.063 / Net I/σ(I): 26.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
PHENIXdev_1269精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4K22

4k22


解像度: 2.503→28.811 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0 / FOM work R set: 0.739 / SU ML: 0.35 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.43 / 位相誤差: 32.15 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.266 1310 4.87 %random
Rwork0.225 ---
obs0.227 26903 96.78 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 256.45 Å2 / Biso mean: 88.641 Å2 / Biso min: 41.17 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.503→28.811 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2879 0 0 8 2887
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0112954
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.453994
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.101443
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006522
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.9961085
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 9

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.503-2.6030.3381380.2782922306099
2.603-2.7210.4011470.28129143061100
2.721-2.8640.3461500.27129573107100
2.864-3.0440.3351650.2472888305399
3.044-3.2780.2871480.252899304798
3.278-3.6080.3851390.2472777291695
3.608-4.1280.271280.2192851297996
4.128-5.1960.2111550.1912816297196
5.196-28.8130.21400.2072569270987
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -1.2194 Å / Origin y: -22.4295 Å / Origin z: -25.1571 Å
111213212223313233
T0.8355 Å2-0.0274 Å20.2631 Å2-0.5817 Å2-0.1891 Å2--0.6676 Å2
L1.9014 °20.2218 °2-0.0553 °2-1.536 °2-0.0886 °2--1.6818 °2
S-0.3005 Å °0.5698 Å °-0.44 Å °-0.5658 Å °-0.0776 Å °0.0623 Å °0.5051 Å °-0.15 Å °0.3317 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allA1 - 396
2X-RAY DIFFRACTION1allA1 - 516

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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