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- PDB-3w0e: Structure of elastase inhibitor AFUEI (crystal form II) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3w0e
タイトルStructure of elastase inhibitor AFUEI (crystal form II)
要素Elastase inhibitor AFUEI
キーワードHYDROLASE INHIBITOR / elastase inhibitor / secreted protein
機能・相同性
機能・相同性情報


enzyme inhibitor activity / serine-type endopeptidase inhibitor activity / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Proteinase inhibitor I78 / Peptidase inhibitor I78 family / Trypsin Inhibitor V, subunit A / Trypsin Inhibitor V; Chain A / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Elastase inhibitor AFUEI
類似検索 - 構成要素
生物種Aspergillus fumigatus Af293 (カビ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Imada, K. / Sakuma, M. / Okumura, Y. / Ogawa, K. / Nikai, T. / Homma, M.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2013
タイトル: X-ray Structure Analysis and Characterization of AFUEI, an Elastase Inhibitor from Aspergillus fumigatus
著者: Sakuma, M. / Imada, K. / Okumura, Y. / Uchiya, K. / Yamashita, N. / Ogawa, K. / Hijikata, A. / Shirai, T. / Homma, M. / Nikai, T.
履歴
登録2012年10月29日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02013年5月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年7月3日Group: Database references
改定 1.22023年11月8日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Elastase inhibitor AFUEI
B: Elastase inhibitor AFUEI


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,0632
ポリマ－15,0632
非ポリマー00
水3,135174
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1420 Å2
ΔGint-10 kcal/mol
Surface area7230 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)77.499, 77.499, 115.224
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number155
Space group name H-MH32
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-119-

HOH

21A-176-

HOH

31B-105-

HOH

41B-183-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Elastase inhibitor AFUEI


分子量: 7531.449 Da / 分子数: 2 / 断片: Mature AFUEI, UNP residues 20-87 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Aspergillus fumigatus Af293 (カビ) / 株: ATCC MYA-4609 / Af293 / CBS 101355 / FGSC A1100 / 参照: UniProt: Q4WZ11
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 174 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.36 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4
詳細: 0.8M Sodium Sulfate, 0.1M Sodium acetate, pH 4.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 90 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL41XU / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX225HE / 検出器: CCD / 日付: 2012年1月26日
放射モノクロメーター: Double-crystal monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→32.22 Å / Num. all: 12564 / Num. obs: 12564 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 9.1 % / Biso Wilson estimate: 22.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 17.4
反射 シェル解像度: 1.8→1.9 Å / 冗長度: 8.9 % / Rmerge(I) obs: 0.401 / Mean I/σ(I) obs: 5.2 / Num. unique all: 1813 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SPring-8BBSデータ収集
PHENIXモデル構築
PHENIX(phenix.refine: 1.7.1_743)精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3W0D

3w0d


解像度: 1.8→32.219 Å / SU ML: 0.45 / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 25.56 / 立体化学のターゲット値: ML / 詳細: BULK SOLVENT MODEL USED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2559 1241 9.89 %Random
Rwork0.2108 ---
obs0.2152 12549 99.65 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.72 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 33.688 Å2 / ksol: 0.353 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 26.8 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.6781 Å20 Å2-0 Å2
2--0.6781 Å20 Å2
3----1.3562 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→32.219 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1052 0 0 174 1226
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0091070
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0641454
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.738402
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.074168
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006198
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 9

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
1.8-1.87230.30821640.2751199100
1.8723-1.95760.33611580.262123199
1.9576-2.06070.291230.21791241100
2.0607-2.18980.28221360.21681256100
2.1898-2.35890.32231370.24261257100
2.3589-2.59610.27981170.24181268100
2.5961-2.97160.26541170.22661285100
2.9716-3.7430.2221610.18551251100
3.743-32.22440.2141280.1811132098

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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