PDB-6iy0: Crystal structure of conserved hypothetical protein SAV0927 from ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6iy0

タイトル

Crystal structure of conserved hypothetical protein SAV0927 from Staphylococcus aureus subsp. aureus Mu50

要素

SAV0927

キーワード

UNKNOWN FUNCTION / DUF3055 / SAV0927 / Staphylococcus aureus

機能・相同性

SAV0927-like / SAV0927-like / Cytosolic protein

機能・相同性情報

生物種

Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.5 Å

データ登録者

Jeong, S. / Ha, N.-C.

引用

ジャーナル: J Microbiol Biotechnol. / 年: 2019
タイトル: Crystal Structure of SAV0927 and Its Functional Implications.
著者: Jeong, S. / Kim, H.J. / Ha, N.C. / Kwon, A.R.

履歴

登録	2018年12月12日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2019年12月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年7月1日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2024年11月20日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6iy0.cif.gz	313.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6iy0.ent.gz	261.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6iy0.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/iy/6iy0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/iy/6iy0	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	4ghj-d 1tjx-d 1a43-1 3obu-d 3p9g-d 4yc1-3 4s1o-1 1dy8-2 3obx-d 6g7v-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

類似構造データ

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-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: SAV0927

B: SAV0927

C: SAV0927

D: SAV0927

E: SAV0927

F: SAV0927

G: SAV0927

H: SAV0927

I: SAV0927

J: SAV0927

ヘテロ分子

115 kDa, 10 ポリマー
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1

A: SAV0927

B: SAV0927

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration, SEC-MALS, dimer, light scattering, SEC-MALS, dimer
22.9 kDa, 2 ポリマー
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2

C: SAV0927

D: SAV0927

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
22.9 kDa, 2 ポリマー
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3

E: SAV0927

F: SAV0927

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
22.9 kDa, 2 ポリマー
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4

G: SAV0927

H: SAV0927

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
22.9 kDa, 2 ポリマー
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5

I: SAV0927

J: SAV0927

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
22.9 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	128.181, 76.754, 43.571
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.35, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	SAV0927 分子量: 11450.040 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌) 株: Mu50 / ATCC 700699 / 遺伝子: SAV0927 / Variant: Mu50 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0H3JQV2
#2: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.98 Å³/Da / 溶媒含有率: 38.1 %
結晶化	温度: 287 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: Tris-HCl pH 7.5, ammonium sulfate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 7A (6B, 6C1) / 波長: 0.97934 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2018年3月28日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97934 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.5→50 Å / Num. obs: 29554 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 6.6 % / R_merge(I) obs: 0.081 / Net I/σ(I): 18.9
反射シェル	解像度: 2.5→2.54 Å / 冗長度: 6 % / R_merge(I) obs: 0.397 / Mean I/σ(I) obs: 6.7 / Num. unique obs: 1495 / % possible all: 99.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.13_2998: ???)	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.5→28.799 Å / SU ML: 0.3 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.18 / 位相誤差: 30.52

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2781	2011	6.87 %
R_work	0.2366	-	-
obs	0.2395	29255	98.21 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.5→28.799 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5913	0	1	12	5926

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.003	6016
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.518	8112
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	2.445	3662
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.043	894
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.002	1054

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.4901-2.5523	0.3059	132	0.2518	1859	X-RAY DIFFRACTION	92
2.5523-2.6213	0.3211	141	0.2412	1898	X-RAY DIFFRACTION	97
2.6213-2.6984	0.3385	151	0.2526	1935	X-RAY DIFFRACTION	98
2.6984-2.7854	0.314	141	0.2608	1902	X-RAY DIFFRACTION	99
2.7854-2.8848	0.2827	145	0.2568	1978	X-RAY DIFFRACTION	99
2.8848-3.0002	0.3297	147	0.2589	1921	X-RAY DIFFRACTION	99
3.0002-3.1366	0.3047	143	0.2409	1999	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1366-3.3018	0.2661	147	0.2294	1963	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3018-3.5083	0.2893	141	0.2337	1955	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5083-3.7786	0.2464	142	0.2126	1967	X-RAY DIFFRACTION	99
3.7786-4.1579	0.2654	142	0.2207	1970	X-RAY DIFFRACTION	100
4.1579-4.7572	0.2282	147	0.1923	1992	X-RAY DIFFRACTION	99
4.7572-5.9847	0.2438	154	0.2344	1976	X-RAY DIFFRACTION	99
5.9847-28.8005	0.3106	138	0.2917	1929	X-RAY DIFFRACTION	94

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	5.9372	-1.0916	0.7409	4.8077	-1.5036	3.2989	0.0384	-0.6981	1.583	0.6006	0.7655	0.7702	-1.1014	-0.9764	-0.6275	0.3821	0.1508	0.2536	0.7513	-0.0252	0.8055	12.5012	36.2194	37.3163
2	6.4772	2.7122	-3.2937	2.5354	-1.9455	2.93	-0.5343	0.4157	-0.4142	-0.167	0.1231	-0.1119	0.4592	0.0639	0.4643	0.349	0.0376	0.1517	0.8005	0.2988	0.4978	25.2633	17.0955	43.9154
3	3.1307	-2.4543	-0.3009	2.9789	0.092	1.7844	0.2259	-0.157	-0.073	-0.0248	-0.2505	0.0886	-0.4413	-0.091	-0.1851	0.2387	0.0429	0.253	0.6354	-0.1269	0.4639	17.9837	25.0538	40.1004
4	1.9665	-0.7194	0.6037	1.0914	-0.1631	0.1887	-0.0954	-0.0259	0.2887	0.1499	0.1224	0.5849	-0.2028	-0.9155	-0.1447	0.2804	0.0766	0.2227	0.8752	-0.06	0.874	8.9511	27.2528	36.0742
5	0.2754	-0.3221	0.1412	1.7479	-0.3861	0.2107	-0.105	-0.5589	-0.6272	-0.0311	-0.0291	0.0881	0.121	0.3189	0.2775	0.063	0.0236	0.1869	0.6628	-0.3239	0.8676	17.1127	18.2629	32.5196
6	5.8017	-0.5542	-0.8646	4.3545	0.6886	4.8117	0.1206	-0.6852	-0.1444	0.2707	0.1714	-0.1572	0.18	0.2665	-0.1519	0.5417	0.0086	0.3973	0.5408	-0.0117	1.1179	16.3242	12.9435	42.3107
7	2.1642	3.842	-3.151	9.7063	-8.1995	6.9409	0.0872	-2.5641	-0.9816	1.7925	-1.4208	-0.9186	-0.1263	1.4657	1.313	0.6783	0.2285	0.0824	1.5401	0.1836	0.6859	25.1753	15.5033	50.8402
8	9.0917	-5.1406	5.2837	8.084	-5.6064	4.4365	-0.6851	-1.1447	0.9158	1.1046	0.0927	0.0978	-0.5371	-0.6488	0.4624	0.5613	-0.1864	0.2354	0.6457	-0.3451	0.6863	18.9154	33.5393	43.0625
9	2.9719	-2.4262	3.0728	3.1383	-2.4475	3.3408	0.0184	0.4614	0.9272	-0.7265	-0.1353	0.8999	0.6729	-1.4574	0.1329	0.4781	-0.2349	-0.0908	0.7771	-0.0013	0.7255	11.5167	34.82	21.6343
10	2.8015	-1.5393	3.2206	7.8981	0.3516	4.4089	0.2399	-0.4801	1.1789	0.579	-0.2915	0.8481	-0.1224	-0.8317	0.1875	0.3388	-0.0224	0.1311	0.4195	-0.034	1.0738	17.8897	35.7807	33.4044
11	2.4261	2.8046	1.818	4.5592	1.7257	1.4688	-0.1795	-0.0624	0.2182	0.1755	0.0991	-0.4959	-0.3322	0.2292	-0.1209	0.3153	-0.0991	-0.0628	0.5153	-0.3891	0.7256	27.8285	35.5384	38.5022
12	3.9333	3.1667	1.6128	3.4079	1.8763	6.1279	-0.048	0.459	0.1757	-0.3832	0.1686	-0.0352	-0.2474	0.0377	-0.0087	0.3156	-0.1129	0.0459	0.3434	-0.1562	0.3655	19.4105	32.1707	28.8949
13	8.8649	1.8526	3.2531	9.5657	1.2407	6.2336	-0.1764	0.7808	-0.069	-0.7892	0.2782	0.6584	0.11	-0.4068	-0.0493	0.3146	-0.0999	0.1242	0.546	-0.24	0.5146	18.3034	27.5926	26.6863
14	0.8133	0.6764	0.5122	2.5364	2.2987	2.0995	0.5125	0.0937	0.7695	-0.3005	-0.5951	-0.8387	-0.1578	0.4277	0.0528	0.541	-0.0128	0.2224	1.0681	-0.1717	0.9126	31.2221	34.9158	24.7491
15	5.661	2.074	1.8056	6.1603	1.3057	0.9655	0.6229	0.9239	0.0863	-0.94	0.3058	-0.4557	0.2535	1.3631	-0.9313	0.6708	-0.0182	0.0312	0.8791	-0.2245	0.382	23.4257	28.0023	20.0802
16	8.6149	1.5042	0.4822	9.4983	-0.7315	0.8261	0.3855	0.5375	0.5265	-1.4485	-0.4087	-0.5011	-1.3813	0.947	-0.1141	0.9512	-0.1702	0.1059	1.0033	0.08	0.4942	21.3422	39.63	20.0108
17	4.5458	-2.7957	0.0575	3.2091	-0.5944	1.4681	-0.1989	-0.7175	0.5468	0.3754	0.1953	0.6921	-0.3258	-0.5486	0.0037	0.1424	0.0198	0.0429	0.5701	-0.2139	0.4771	34.0831	36.1415	48.9254
18	1.8419	1.1196	0.9093	3.3067	-0.2105	3.3902	-0.0332	-0.2507	0.1876	0.3241	0.046	0.3525	-0.226	-0.2996	0.1118	0.1491	-0.0637	-0.0584	0.0209	-0.0277	-0.0328	45.2553	24.9707	39.2579
19	4.4347	0.3659	-0.6915	2.7478	-0.3329	3.7058	-0.1784	0.4939	-0.2098	0.029	-0.1389	0.2223	-0.0799	-0.3454	-0.0179	0.0242	-0.1001	-0.0167	0.173	0.0051	0.1238	43.4251	27.4282	30.9997
20	5.8751	0.9986	-4.9838	5.147	-0.1846	4.5152	-0.4145	0.0276	-0.3023	0.1734	-0.0036	-0.0586	0.383	-0.1356	0.0868	0.1543	-0.0887	-0.0163	0.0764	-0.0654	0.0394	47.8884	19.1177	32.3742
21	6.1285	1.302	3.4489	1.9245	-1.4202	4.7545	0.2153	0.4882	-0.7128	-0.6564	0.0784	-0.8373	0.5111	0.3795	0.0187	0.3447	0.094	0.0642	0.0354	-0.0637	0.2374	56.9311	14.167	36.1741
22	0.391	-0.5297	-0.2562	1.7056	0.6417	1.1267	-0.0238	-0.1389	0.0622	0.2826	-0.1638	0.2658	0.0857	-0.2319	0.3809	0.1811	-0.0361	-0.0391	0.018	-0.1243	0.0353	52.1214	20.8192	47.5994
23	3.308	-2.0049	-0.9306	4.5572	1.185	0.3781	-0.3829	-0.4113	0.3952	0.3957	0.0324	0.2973	-0.5485	-0.3634	0.0466	0.2999	0.0644	-0.0488	0.3487	-0.2351	0.4369	35.2604	39.7183	45.5629
24	5.4147	-2.3529	1.3774	7.349	-0.0175	5.1457	-0.3827	-0.3024	-0.1182	1.0398	-0.0234	0.2019	-0.0813	0.0594	0.1025	0.2973	0.0115	0.0084	0.1758	-0.0936	0.1487	46.9316	35.0372	50.4212
25	3.1296	1.1759	1.3734	6.0902	2.5104	5.3902	-0.1561	-0.1521	0.4773	-0.4797	-0.1215	0.5949	-0.379	-0.3403	0.6526	0.323	0.0429	-0.0746	0.0568	-0.1214	0.1152	42.5781	38.6238	40.1251
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精密化 TLSグループ

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47	X-RAY DIFFRACTION	47	chain 'G' and (resid 73 through 87 )
48	X-RAY DIFFRACTION	48	chain 'H' and (resid 1 through 29 )
49	X-RAY DIFFRACTION	49	chain 'H' and (resid 30 through 40 )
50	X-RAY DIFFRACTION	50	chain 'H' and (resid 41 through 87 )
51	X-RAY DIFFRACTION	51	chain 'I' and (resid 6 through 10 )
52	X-RAY DIFFRACTION	52	chain 'I' and (resid 11 through 28 )
53	X-RAY DIFFRACTION	53	chain 'I' and (resid 29 through 33 )
54	X-RAY DIFFRACTION	54	chain 'I' and (resid 34 through 54 )
55	X-RAY DIFFRACTION	55	chain 'J' and (resid 11 through 15 )
56	X-RAY DIFFRACTION	56	chain 'J' and (resid 16 through 20 )
57	X-RAY DIFFRACTION	57	chain 'J' and (resid 27 through 31 )
58	X-RAY DIFFRACTION	58	chain 'J' and (resid 32 through 36 )
59	X-RAY DIFFRACTION	59	chain 'J' and (resid 37 through 41 )
60	X-RAY DIFFRACTION	60	chain 'J' and (resid 42 through 48 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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