PDB-3vzi: Crystal Structure of CRISPR-associated Protein

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3vzi

タイトル

Crystal Structure of CRISPR-associated Protein

要素

Crispr-associated protein Cas5, dvulg subtype

キーワード

DNA BINDING PROTEIN / RRM / Ribonuclease / Nucleic acid

機能・相同性

機能・相同性情報

maintenance of CRISPR repeat elements / endonuclease activity / defense response to virus / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / RNA binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Xanthomonas oryzae pv. oryzae (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.66 Å

データ登録者

Bae, E. / Koo, Y.

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2013
タイトル: Conservation and Variability in the Structure and Function of the Cas5d Endoribonuclease in the CRISPR-Mediated Microbial Immune System
著者: Koo, Y. / Ka, D. / Kim, E.J. / Suh, N. / Bae, E.

履歴

登録	2012年10月12日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2013年3月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年10月23日	Group: Database references
改定 1.2	2023年11月8日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3vzi.cif.gz	182.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3vzi.ent.gz	146.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3vzi.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vz/3vzi ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vz/3vzi	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3vzhC 3kg4S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1shc-d 5hgz-d 5e1x-d 3peh-1 5e20-d 2b6p-d 4qvr-d 7b1h-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#181 - 2015年1月カスケードとCRISPR (Cascade and CRISPR) 類似性 (3)

登録構造単位

A: Crispr-associated protein Cas5, dvulg subtype

B: Crispr-associated protein Cas5, dvulg subtype

50.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Crispr-associated protein Cas5, dvulg subtype

登録者が定義した集合体
25.2 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Crispr-associated protein Cas5, dvulg subtype

登録者が定義した集合体
25.2 kDa, 1 ポリマー
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3

A: Crispr-associated protein Cas5, dvulg subtype

B: Crispr-associated protein Cas5, dvulg subtype

ソフトウェアが定義した集合体
50.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	45.973, 54.842, 179.356
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Crispr-associated protein Cas5, dvulg subtype 分子量: 25207.797 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Xanthomonas oryzae pv. oryzae (バクテリア) 株: PXO99A / 遺伝子: cas5d / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: B2SNP4, UniProt: A0A0J9X178*PLUS
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 52 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.24 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.15 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: 25% PEG3350, 0.1M DL-malic acid, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 6B / 波長: 0.9795 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2012年3月17日
放射	モノクロメーター: DCM Si (111) Crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.65→20 Å / Num. obs: 13585 / % possible obs: 99.8 %
反射シェル	解像度: 2.65→2.74 Å / % possible all: 99

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データ収集
PHASER		位相決定
REFMAC	5.6.0117	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3KG4

3kg4

解像度: 2.66→20 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.939 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.873 / SU B: 30.678 / SU ML: 0.303 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.401 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.28674	673	5 %	RANDOM
R_work	0.20615	-	-	-
obs	0.21014	12860	98.85 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 67.135 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.33 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	1.86 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.53 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.66→20 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3359	0	0	52	3411

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.019	3436
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.488	1.952	4648
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.843	5	422
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.308	22.195	164
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	21.156	15	568
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	22.032	15	40
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.1	0.2	499
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.021	2652
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.66→2.729 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.347	44	-
R_work	0.276	743	-
obs	-	-	89.84 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.0509	0.6499	-1.207	1.6965	-1.5281	3.4593	0.1617	-0.2998	0.0814	0.1664	-0.0449	-0.0194	-0.1675	0.3149	-0.1168	0.0574	-0.0757	0.0103	0.2216	-0.0256	0.066	7.3706	-9.9328	-13.0462
2	12.7449	8.8316	1.0487	7.0282	-2.645	12.6987	0.3429	-0.491	0.5473	0.029	-0.0433	0.4297	0.6966	-0.9754	-0.2996	0.3712	-0.1448	-0.0057	0.3566	-0.0941	0.5198	30.5859	20.7758	-7.2314
3	4.7453	0.9371	-0.6238	1.9021	-1.203	2.9908	0.3487	-0.131	0.1454	-0.0131	-0.1971	0.0145	-0.2996	-0.1515	-0.1516	0.1251	-0.0086	0.0842	0.2776	0.0468	0.127	33.0095	0.9247	-37.4852
4	4.8278	4.8564	-7.2847	6.7863	-5.3711	18.0848	-1.1102	0.5554	-1.2377	-1.4858	-0.0407	-1.0642	1.5453	-0.6755	1.1509	0.6387	-0.0373	0.2011	0.572	-0.1721	0.6333	39.3061	-32.2874	-17.2939

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	0 - 69
2	X-RAY DIFFRACTION	1	A	105 - 220
3	X-RAY DIFFRACTION	2	A	76 - 104
4	X-RAY DIFFRACTION	3	B	0 - 67
5	X-RAY DIFFRACTION	3	B	105 - 220
6	X-RAY DIFFRACTION	4	B	78 - 104

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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