PDB-3vzh: Crystal Structure of CRISPR-associated Protein

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3vzh

タイトル

Crystal Structure of CRISPR-associated Protein

要素

Putative uncharacterized protein

キーワード

DNA BINDING PROTEIN / RRM / ribonuclease / nucleic acid

機能・相同性

機能・相同性情報

maintenance of CRISPR repeat elements / defense response to virus / endonuclease activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / RNA binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Streptococcus pyogenes serotype M1 (化膿レンサ球菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.7 Å

データ登録者

Bae, E. / Yoon, K.

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2013
タイトル: Conservation and Variability in the Structure and Function of the Cas5d Endoribonuclease in the CRISPR-Mediated Microbial Immune System
著者: Koo, Y. / Ka, D. / Kim, E.J. / Suh, N. / Bae, E.

履歴

登録	2012年10月12日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2013年3月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年10月23日	Group: Database references
改定 1.2	2023年11月8日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3vzh.cif.gz	94.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3vzh.ent.gz	71.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3vzh.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3vzh_validation.pdf.gz	423.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3vzh_full_validation.pdf.gz	424.5 KB	表示
XML形式データ	3vzh_validation.xml.gz	10.7 KB	表示
CIF形式データ	3vzh_validation.cif.gz	15.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vz/3vzh ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vz/3vzh	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3vziC 3kg4S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4bqy-d 5fbg-1 5zyh-d 3e25-d 2p8r-d 5zyj-d 6j0o-d 4y7f-d 2y34-d 3e26-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#181 - 2015年1月カスケードとCRISPR (Cascade and CRISPR) 類似性 (3)

登録構造単位

A: Putative uncharacterized protein

28 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

2

A: Putative uncharacterized protein

ソフトウェアが定義した集合体
55.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	123.323, 43.781, 37.006
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.75, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	Putative uncharacterized protein 分子量: 27958.533 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Streptococcus pyogenes serotype M1 (化膿レンサ球菌) 遺伝子: M5005_Spy1290, SPy_1566 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q99YS3
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 154 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.79 Å³/Da / 溶媒含有率: 31.15 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 20% PEG3350, 0.2M sodium bromide, 0.1M Bis-Tris propane, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 6B / 波長: 0.9795 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2012年5月14日
放射	モノクロメーター: DCM Si (111) Crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.7→50 Å / Num. obs: 20990 / % possible obs: 96.5 %
反射シェル	解像度: 1.7→1.76 Å / % possible all: 95.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データ収集
PHASER		位相決定
REFMAC	5.6.0117	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3KG4

3kg4

解像度: 1.7→50 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.963 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.935 / SU B: 4.938 / SU ML: 0.081 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.117 / ESU R Free: 0.117 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.22613	1076	5.1 %	RANDOM
R_work	0.18302	-	-	-
obs	0.18522	19912	96.24 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 32.212 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-2 Å²	-0 Å²	0.06 Å²
2-	-	3.39 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.39 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.7→50 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1576	0	0	154	1730

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.021	0.02	1607
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.942	1.944	2170
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.324	5	190
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	31.045	23	80
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.665	15	277
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	13.435	15	14
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.155	0.2	241
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.012	0.021	1214
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.7→1.747 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.279	88	-
R_work	0.261	1349	-
obs	-	-	92.53 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.7885	0.0475	0.0606	0.6493	-0.0002	0.9241	-0.0024	-0.0252	0.0184	-0.0232	0.0205	-0.0395	0.0649	-0.0875	-0.0181	0.0615	0.0054	0.0075	0.0167	0.0046	0.0519	-21.153	21.8386	-1.4548
2	0.823	-0.6887	-0.3475	2.194	-0.0549	1.4169	0.0262	0.1121	-0.0504	-0.0088	-0.0296	0.0773	0.163	-0.1632	0.0034	0.0509	-0.017	0.0092	0.0717	-0.0197	0.0936	-9.4757	17.039	-10.2634

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	-1 - 161
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	162 - 212

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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