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万見
- PDB-3vwc: High resolution structure of proteinase inhibitor from Coprinopsi... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3vwc
タイトルHigh resolution structure of proteinase inhibitor from Coprinopsis cinerea
要素Serine protease inhibitor 1
キーワードHYDROLASE INHIBITOR / sulphur SAD phasing / beta trefoil / inhibitor / serine proteases
機能・相同性Peptidase inhibitor I66 / Peptidase inhibitor I66 / Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) - #50 / Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) / Trefoil / serine-type endopeptidase inhibitor activity / Mainly Beta / Serine protease inhibitor 1
機能・相同性情報
生物種Coprinopsis cinerea (菌類)
手法X線回折 / 単波長異常分散 / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Renko, M. / Sabotic, J. / Turk, D.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: High resolution structure of proteinase inhibitor from Coprinopsis cinerea
著者: Renko, M. / Sabotic, J. / Turk, D.
履歴
登録2012年8月22日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02012年9月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / software / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _software.name / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Serine protease inhibitor 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,7182
ポリマ－16,6001
非ポリマー1181
水4,216234
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)78.626, 38.243, 54.890
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 96.990, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Serine protease inhibitor 1


分子量: 16599.549 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Coprinopsis cinerea (菌類) / プラスミド: pet24 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Bl21(de3) / 参照: UniProt: D0EWJ0
#2: 化合物 ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル


分子量: 118.174 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 234 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.47 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.15 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6
詳細: 0.1M MES, 20% MPD, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: BRUKER AXS MICROSTAR / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: Bruker Platinum 135 / 検出器: CCD / 日付: 2012年1月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.49→55 Å / Num. all: 26452 / Num. obs: 26279 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / Rmerge(I) obs: 0.061
反射 シェル解像度: 1.49→1.59 Å / 冗長度: 4.1 % / Rmerge(I) obs: 0.56 / Mean I/σ(I) obs: 3.5 / % possible all: 96.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SAINTデータスケーリング
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
PROTEUM2データ収集
PROTEUM2データ削減
PROTEUM2データスケーリング
SHELX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.5→54.48 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.958 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.942 / WRfactor Rfree: 0.225 / WRfactor Rwork: 0.193 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.2 / FOM work R set: 0.8257 / SU B: 1.526 / SU ML: 0.058 / SU R Cruickshank DPI: 0.083 / SU Rfree: 0.0859 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.083 / ESU R Free: 0.086 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES: REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2349 1326 5.1 %RANDOM
Rwork0.1991 ---
obs0.201 26196 99.13 %-
all-26452 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 63.93 Å2 / Biso mean: 19.6392 Å2 / Biso min: 2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å2-0.01 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.5→54.48 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1148 0 8 234 1390
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0221227
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4991.9711690
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.9925158
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.16924.73757
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.80615197
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.389157
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1230.2190
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0170.022953
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.1941.5754
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.27521240
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.4133473
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it6.7274.5443
LS精密化 シェル解像度: 1.495→1.534 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.329 96 -
Rwork0.279 1704 -
all-1800 -
obs--92.59 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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