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万見
- PDB-3vw6: Crystal structure of human apoptosis signal-regulating kinase 1 (... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3vw6
タイトルCrystal structure of human apoptosis signal-regulating kinase 1 (ASK1) with imidazopyridine inhibitor
要素Mitogen-activated protein kinase kinase kinase 5
キーワードTRANSFERASE/TRANSFERASE INHIBITOR / Transferase / TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


cellular response to reactive nitrogen species / neuron intrinsic apoptotic signaling pathway in response to oxidative stress / IRE1-TRAF2-ASK1 complex / protein kinase complex / mitogen-activated protein kinase kinase kinase / programmed necrotic cell death / endothelial cell apoptotic process / JUN kinase kinase kinase activity / positive regulation of p38MAPK cascade / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to oxidative stress ...cellular response to reactive nitrogen species / neuron intrinsic apoptotic signaling pathway in response to oxidative stress / IRE1-TRAF2-ASK1 complex / protein kinase complex / mitogen-activated protein kinase kinase kinase / programmed necrotic cell death / endothelial cell apoptotic process / JUN kinase kinase kinase activity / positive regulation of p38MAPK cascade / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to oxidative stress / p38MAPK cascade / positive regulation of JUN kinase activity / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to endoplasmic reticulum stress / MAP kinase kinase kinase activity / positive regulation of protein kinase activity / positive regulation of myoblast differentiation / stress-activated MAPK cascade / positive regulation of cardiac muscle cell apoptotic process / positive regulation of vascular associated smooth muscle cell proliferation / JNK cascade / cellular response to amino acid starvation / response to endoplasmic reticulum stress / response to ischemia / positive regulation of JNK cascade / apoptotic signaling pathway / cellular response to hydrogen peroxide / cellular senescence / MAPK cascade / cellular response to tumor necrosis factor / protein phosphatase binding / Oxidative Stress Induced Senescence / neuron apoptotic process / protein kinase activity / positive regulation of apoptotic process / protein domain specific binding / external side of plasma membrane / innate immune response / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / protein kinase binding / positive regulation of DNA-templated transcription / magnesium ion binding / protein homodimerization activity / protein-containing complex / ATP binding / identical protein binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
MAP3K, TRAFs-binding domain / MAP3K, PH domain / MAP3K, deoxyribohydrolase domain / MAP3K, HisK-N-like globin domain / MAP3K TRAFs-binding domain / ASK kinase PH domain / HisK-N-like globin domain of the ASK signalosome / Deoxyribohydrolase (DRHyd) domain of the ASK signalosome / Sterile alpha motif/pointed domain superfamily / Phosphorylase Kinase; domain 1 ...MAP3K, TRAFs-binding domain / MAP3K, PH domain / MAP3K, deoxyribohydrolase domain / MAP3K, HisK-N-like globin domain / MAP3K TRAFs-binding domain / ASK kinase PH domain / HisK-N-like globin domain of the ASK signalosome / Deoxyribohydrolase (DRHyd) domain of the ASK signalosome / Sterile alpha motif/pointed domain superfamily / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-IM6 / Mitogen-activated protein kinase kinase kinase 5
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Terao, Y. / Suzuki, H. / Yoshikawa, M. / Yashiro, H. / Takekawa, S. / Fujitani, Y. / Okada, K. / Inoue, Y. / Yamamoto, Y. / Nakagawa, H. ...Terao, Y. / Suzuki, H. / Yoshikawa, M. / Yashiro, H. / Takekawa, S. / Fujitani, Y. / Okada, K. / Inoue, Y. / Yamamoto, Y. / Nakagawa, H. / Yao, S. / Kawamoto, T. / Uchikawa, O.
引用ジャーナル: Bioorg. Med. Chem. Lett. / 年: 2012
タイトル: Design and biological evaluation of imidazo[1,2-a]pyridines as novel and potent ASK1 inhibitors.
著者: Terao, Y. / Suzuki, H. / Yoshikawa, M. / Yashiro, H. / Takekawa, S. / Fujitani, Y. / Okada, K. / Inoue, Y. / Yamamoto, Y. / Nakagawa, H. / Yao, S. / Kawamoto, T. / Uchikawa, O.
履歴
登録2012年8月6日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02012年10月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年12月20日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_volume ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22024年3月20日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Mitogen-activated protein kinase kinase kinase 5
B: Mitogen-activated protein kinase kinase kinase 5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,3144
ポリマ－60,5952
非ポリマー7192
水2,504139
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1120 Å2
ΔGint-11 kcal/mol
Surface area23630 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)78.032, 78.032, 425.295
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number179
Space group name H-MP6522

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要素

#1: タンパク質 Mitogen-activated protein kinase kinase kinase 5 / Apoptosis signal-regulating kinase 1 / ASK-1 / MAPK/ERK kinase kinase 5 / MEK kinase 5 / MEKK 5


分子量: 30297.613 Da / 分子数: 2 / 断片: kinase domain, UNP RESIDUES 671-939 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MAP3K5, ASK1, MAPKKK5, MEKK5 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q99683, mitogen-activated protein kinase kinase kinase
#2: 化合物 ChemComp-IM6 / 4-tert-butyl-N-[6-(1H-imidazol-1-yl)imidazo[1,2-a]pyridin-2-yl]benzamide


分子量: 359.424 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H21N5O
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 139 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.12 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 10% PEG 6000, 1M lithium chloride, 0.1M HEPES, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277.0K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.3 / 波長: 1 Å
検出器検出器: CCD / 日付: 2005年8月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射最高解像度: 2.4 Å / Num. obs: 31268 / % possible obs: 98.5 % / Observed criterion σ(I): 2

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解析

ソフトウェア名称: REFMAC / バージョン: 5.5.0109 / 分類: 精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.4→70.88 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.936 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.903 / SU B: 13.586 / SU ML: 0.15 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.304 / ESU R Free: 0.234 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25178 1569 5.1 %RANDOM
Rwork0.21273 ---
obs0.21472 29403 97.91 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 35.322 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.35 Å20.18 Å20 Å2
2--0.35 Å20 Å2
3----0.53 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→70.88 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4014 0 54 139 4207
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0224174
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.022873
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2861.9935636
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.86537026
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.2735504
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.45424.892186
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.83415738
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.2041515
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0720.2597
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.0214595
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02824
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.461.52519
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.0771.51035
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.91724047
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.45531655
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.464.51588
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.396→2.458 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.307 91 -
Rwork0.282 1774 -
obs--81.62 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.09781.63660.25593.05360.10381.1549-0.11460.2421-0.0105-0.18180.0984-0.10350.01970.03260.01620.089-0.04460.01870.05140.00610.04210.910712.204225.4564
21.29630.6379-0.67593.8956-1.87012.77560.00640.0524-0.2684-0.34750.09250.00960.4575-0.084-0.0990.1715-0.0223-0.0630.09350.05490.16026.137948.7123-0.4626
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A671 - 939
2X-RAY DIFFRACTION2B671 - 939

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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