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- PDB-3hfs: Structure of apo anthocyanidin reductase from vitis vinifera -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3hfs
タイトルStructure of apo anthocyanidin reductase from vitis vinifera
要素Anthocyanidin reductase
キーワードOXIDOREDUCTASE / flavonoids / Rossmann fold / short chain dehydrogenase reductase
機能・相同性
機能・相同性情報


anthocyanidin reductase [(2S)-flavan-3-ol-forming] / anthocyanidin reductase activity / racemase and epimerase activity / flavonoid biosynthetic process / NADP binding
類似検索 - 分子機能
: / NAD-dependent epimerase/dehydratase / NAD dependent epimerase/dehydratase family / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Anthocyanidin reductase ((2S)-flavan-3-ol-forming)
類似検索 - 構成要素
生物種Vitis vinifera (ブドウ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.17 Å
データ登録者Gargouri, M. / Mauge, C. / Langlois d'Estaintot, B. / Granier, T. / Manigan, C. / Gallois, B.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2009
タイトル: Structure and epimerase activity of anthocyanidin reductase from Vitis vinifera.
著者: Gargouri, M. / Manigand, C. / Mauge, C. / Granier, T. / Langlois d'Estaintot, B. / Cala, O. / Pianet, I. / Bathany, K. / Chaudiere, J. / Gallois, B.
履歴
登録2009年5月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年9月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Anthocyanidin reductase
B: Anthocyanidin reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)73,6794
ポリマ－73,6092
非ポリマー712
水00
1
A: Anthocyanidin reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,8402
ポリマ－36,8041
非ポリマー351
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Anthocyanidin reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,8402
ポリマ－36,8041
非ポリマー351
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)84.518, 51.012, 86.113
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 110.31, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22B
13A
23B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Refine code: 4

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11LYSLYSHISHISAA9 - 929 - 92
21LYSLYSHISHISBB9 - 929 - 92
12ILEILELYSLYSAA103 - 150103 - 150
22ILEILELYSLYSBB103 - 150103 - 150
13THRTHRGLNGLNAA165 - 337165 - 337
23THRTHRGLNGLNBB165 - 337165 - 337

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3

-
要素

#1: タンパク質 Anthocyanidin reductase


分子量: 36804.285 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vitis vinifera (ブドウ) / 遺伝子: VvANR / プラスミド: pETGB-1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q5FB34, EC: 1.3.1.77
#2: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.37 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.99 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.85
詳細: 0.12 M MGCL2, 0.1 M BIS6TRIS PH 6.85, 21% PEG 3350, 2.5 % GLYCEROL, TEMERATURE 293K, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 100K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-1 / 波長: 0.934 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2008年1月27日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: diamond / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.934 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.17→80.84 Å / Num. all: 11952 / Num. obs: 11952 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.3 % / Rsym value: 0.089 / Net I/σ(I): 6
反射 シェル解像度: 3.17→3.34 Å / 冗長度: 3.4 % / Mean I/σ(I) obs: 2 / Rsym value: 0.389 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DNAデータ収集
MOLREP位相決定
REFMAC5.5.0072精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2rh8

2rh8


解像度: 3.17→79.31 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.911 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.834 / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.593 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.29912 576 4.8 %RANDOM
Rwork0.22141 ---
obs0.22518 11368 99.74 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 37.397 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.39 Å20 Å20.9 Å2
2--0.59 Å20 Å2
3---2.43 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.17→79.31 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4286 0 2 0 4288
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0224366
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d00.022640
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3091.9575972
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg4.64236517
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.2545616
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.44424.56125
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg20.92115567
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.631156
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0670.2736
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0215030
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0040.02852
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.4791.53087
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other01.51259
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.89324861
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.7931279
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.4084.51111
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
11A866medium positional0.270.5
21A441medium positional0.370.5
31A1973medium positional0.330.5
12B866medium thermal0.322
22B441medium thermal0.32
32B1973medium thermal0.282
LS精密化 シェル解像度: 3.17→3.252 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.346 37 -
Rwork0.278 844 -
obs--99.66 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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