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- PDB-3vvk: An M-like Reaction State of the azide-bound purple form of pharao... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3vvk
タイトルAn M-like Reaction State of the azide-bound purple form of pharaonis halorhodopsin
要素Halorhodopsin
キーワードMEMBRANE PROTEIN / seven-transmembrane-retinylidene protein / chloride-bound purple form / light-driven chloride ion pump / azide-bound purple form / light-driven proton pump
機能・相同性
機能・相同性情報


photoreceptor activity / phototransduction / monoatomic ion channel activity / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Bacterial rhodopsins retinal binding site. / Bacterial rhodopsins signature 1. / Rhodopsin, retinal binding site / Bacteriorhodopsin-like protein / Archaeal/bacterial/fungal rhodopsins / Bacteriorhodopsin-like protein / Rhopdopsin 7-helix transmembrane proteins / Rhodopsin 7-helix transmembrane proteins / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
BACTERIORUBERIN / AZIDE ION / Chem-L3P / RETINAL / Halorhodopsin / :
類似検索 - 構成要素
生物種Natronomonas pharaonis (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Kouyama, T. / Nakanishi, T.
引用ジャーナル: Biophys.J. / 年: 2013
タイトル: Large deformation of helix F during the photoreaction cycle of Pharaonis halorhodopsin in complex with azide
著者: Nakanishi, T. / Kanada, S. / Murakami, M. / Ihara, K. / Kouyama, T.
履歴
登録2012年7月26日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02013年6月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name ..._chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.22023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Halorhodopsin
B: Halorhodopsin
C: Halorhodopsin
D: Halorhodopsin
E: Halorhodopsin
F: Halorhodopsin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)193,93225
ポリマ－185,8516
非ポリマー8,08119
水5,134285
1
A: Halorhodopsin
B: Halorhodopsin
C: Halorhodopsin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)97,20912
ポリマ－92,9253
非ポリマー4,2849
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
D: Halorhodopsin
E: Halorhodopsin
F: Halorhodopsin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)96,72313
ポリマ－92,9253
非ポリマー3,79710
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)153.850, 97.900, 101.020
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 128.53, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

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タンパク質 / 糖 , 2種, 10分子 ABCDEF

#1: タンパク質
Halorhodopsin


分子量: 30975.096 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然
詳細: STRAIN MK-1 WAS A HALORHODOPSIN-OVERPRODUCING MUTANT GENERATED FROM TYPE STRAIN D2160T.
由来: (天然) Natronomonas pharaonis (古細菌) / 株: MK-1 / 参照: UniProt: Q3ITX1, UniProt: P15647*PLUS
#3: 糖
ChemComp-BNG / nonyl beta-D-glucopyranoside / Beta-NONYLGLUCOSIDE / nonyl beta-D-glucoside / nonyl D-glucoside / nonyl glucoside


タイプ: D-saccharide / 分子量: 306.395 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C15H30O6 / コメント: 可溶化剤*YM
識別子タイププログラム
b-nonylglucosideIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0

-
非ポリマー , 5種, 300分子

#2: 化合物
ChemComp-RET / RETINAL


分子量: 284.436 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H28O
#4: 化合物 ChemComp-22B / BACTERIORUBERIN


分子量: 741.136 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C50H76O4
#5: 化合物
ChemComp-L3P / 2,3-DI-O-PHYTANLY-3-SN-GLYCERO-1-PHOSPHORYL-3'-SN-GLYCEROL-1'-PHOSPHATE


分子量: 885.179 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C46H94O11P2
#6: 化合物 ChemComp-AZI / AZIDE ION


分子量: 42.020 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: N3
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 285 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 23.17 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 5 mg/ml nonyl glucoside, 2.7M ammonium sulfate, 0.16M NaCl, 0.1M HEPES, 0.04% NaN3 , VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL38B1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2011年2月17日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Si (111) double crystal monochromator
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→79 Å / Num. all: 52756 / Num. obs: 48183 / % possible obs: 92.5 % / Observed criterion σ(F): 3 / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 3.6 % / Biso Wilson estimate: 28.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.097 / Rsym value: 0.097 / Net I/σ(I): 9.6
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique allRsym value% possible all
2.3-2.423.70.3483.5279470.34899.8
7.27-79.033.30.05718.654590.05797.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
CNS精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3a7k

3a7k


解像度: 2.3→15 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.36 / Isotropic thermal model: Overall / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
詳細: THE POLYPEPTIDE CHAINS A, B AND C REPRESENT THE REACTION STATES TRAPED IN THE THREE SUBUNITS WITHIN THE ASYMMETRIC UNIT WHEN THE C2 CRYSTAL OF THE HALORHODOPSIN-AZIDE COMPLEX WAS FLASH-COOLED ...詳細: THE POLYPEPTIDE CHAINS A, B AND C REPRESENT THE REACTION STATES TRAPED IN THE THREE SUBUNITS WITHIN THE ASYMMETRIC UNIT WHEN THE C2 CRYSTAL OF THE HALORHODOPSIN-AZIDE COMPLEX WAS FLASH-COOLED UNDER THE ILLUMINATION WITH ORANGE LIGHT, WHILE THE CHAINS D, E AND F REPRESENT THE UNPHOTOLYSED STATES.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24 2409 -RANDOM
Rwork0.2109 ---
all-51929 --
obs-48009 92.5 %-
溶媒の処理Bsol: 75.1402 Å2
原子変位パラメータBiso max: 77.46 Å2 / Biso mean: 26.524 Å2 / Biso min: 0 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.453 Å20 Å2-10.803 Å2
2---0.429 Å20 Å2
3---2.882 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.31 Å0.26 Å
Luzzati d res low-6 Å
Luzzati sigma a0.19 Å0.09 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11769 0 347 285 12401
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.1771.5
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.7132
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it1.7792
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.2562.5
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.38 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2841 266 -
Rwork0.234 --
obs-4873 95 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.param
X-RAY DIFFRACTION2dna-rna_rep.param
X-RAY DIFFRACTION3water_rep.param
X-RAY DIFFRACTION4ion.param
X-RAY DIFFRACTION5cis.param

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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