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- PDB-3vv3: Crystal structure of deseasin MCP-01 from Pseudoalteromonas sp. SM9913 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3vv3
タイトルCrystal structure of deseasin MCP-01 from Pseudoalteromonas sp. SM9913
要素Deseasin MCP-01
キーワードHYDROLASE / alpha/beta / protease
機能・相同性Peptidase S8/S53 domain / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta / :
機能・相同性情報
生物種Pseudoalteromonas sp. (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.76 Å
データ登録者Zhao, G.Y. / Gao, X. / Chen, X.L. / Zhang, Y.Z.
引用ジャーナル: Mol. Microbiol. / 年: 2013
タイトル: Structural and mechanistic insights into collagen degradation by a bacterial collagenolytic serine protease in the subtilisin family.
著者: Ran, L.Y. / Su, H.N. / Zhao, G.Y. / Gao, X. / Zhou, M.Y. / Wang, P. / Zhao, H.L. / Xie, B.B. / Zhang, X.Y. / Chen, X.L. / Zhou, B.C. / Zhang, Y.Z.
履歴
登録2012年7月14日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02013年8月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年7月31日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22019年12月4日Group: Data collection / カテゴリ: reflns_shell
改定 1.32023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Deseasin MCP-01
B: Deseasin MCP-01
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,05010
ポリマ－67,7292
非ポリマー3218
水15,457858
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: Deseasin MCP-01
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,0255
ポリマ－33,8641
非ポリマー1604
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
B: Deseasin MCP-01
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,0255
ポリマ－33,8641
非ポリマー1604
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)70.792, 72.454, 137.627
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Deseasin MCP-01


分子量: 33864.449 Da / 分子数: 2 / 断片: catalytic domain, UNP residues 117-450 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pseudoalteromonas sp. (バクテリア)
株: SM9913 / 遺伝子: PSM_B0251 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: E6RQT7
#2: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 858 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.61 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.79 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.7
詳細: 0.1M HEPES, pH7.7, 70% MPD, 1mM GSH, 1mM GSSG, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.9895 Å
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2010年12月1日
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9895 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.76→50 Å / Num. all: 70272 / Num. obs: 70272 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.3 % / Rmerge(I) obs: 0.043
反射 シェル
解像度 (Å)Diffraction-ID% possible all
1.76-1.82197.3
3.01-3.79199.9
2.63-3.011100
2.39-2.631100
2.22-2.391100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CrystalClearデータ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.5_2)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2SNI

2sni


解像度: 1.76→31.399 Å / SU ML: 0.16 / σ(F): 0.13 / 位相誤差: 17.4 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1954 1995 2.84 %RANDOM
Rwork0.1671 ---
obs0.1679 70272 99.18 %-
all-70272 --
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 40.093 Å2 / ksol: 0.4 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.7612 Å20 Å2-0 Å2
2--0.4742 Å20 Å2
3----1.2354 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.76→31.399 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4686 0 8 858 5552
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0064766
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0656514
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.7371598
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.074748
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004890
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
1.7604-1.80440.22161350.176474098
1.8044-1.85320.21321360.171483499
1.8532-1.90770.21311470.1639481799
1.9077-1.96930.18491410.1586482099
1.9693-2.03970.19291400.1585482999
2.0397-2.12130.18461450.15544834100
2.1213-2.21780.20661370.1594888100
2.2178-2.33470.19851440.15944865100
2.3347-2.4810.19441430.16634856100
2.481-2.67240.18951440.17154911100
2.6724-2.94120.21531460.17594916100
2.9412-3.36630.16551410.16434960100
3.3663-4.23960.17581450.14634985100
4.2396-31.4040.19471510.1876502297

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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