PDB-3vts: Crystal structure of a three finger toxin from snake venom

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3vts

タイトル

Crystal structure of a three finger toxin from snake venom

要素

Cytotoxin 1

キーワード

TOXIN / Three finger toxin / Venom toxin

機能・相同性

機能・相同性情報

regulation of blood pressure / toxin activity / killing of cells of another organism / extracellular region
類似検索 - 分子機能

生物種

Hemachatus haemachatus (コブラ)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2.426 Å

データ登録者

Jobichen, C. / Sivaraman, J.

引用

ジャーナル: Plos One / 年: 2012
タイトル: Identification and structural characterization of a new three-finger toxin hemachatoxin from Hemachatus haemachatus venom.
著者: Girish, V.M. / Kumar, S. / Joseph, L. / Jobichen, C. / Kini, R.M. / Sivaraman, J.

履歴

登録	2012年6月6日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2012年11月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年11月27日	Group: Database references
改定 1.2	2023年11月8日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.3	2024年11月13日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3vts.cif.gz	58.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3vts.ent.gz	44 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3vts.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vt/3vts ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vt/3vts	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1tgxS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3g5j-2 5kvk-d 5dkd-1 1m8t-1 1clp-1 5dkc-d 1sxk-d 4qy4-1 6g5j-1 6vd9-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#54 - 2004年6月アセチルコリンエステラーゼ (Acetylcholinesterase) 類似性 (3) #71 - 2005年11月アセチルコリン受容体 (Acetylcholine Receptor) 類似性 (3)

登録構造単位

A: Cytotoxin 1

B: Cytotoxin 1

13.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	49.718, 50.057, 57.813
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID
1	1
2	1

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Selection details
1	1	1	CHAIN A AND (RESSEQ 1:61 )
2	1	1	CHAIN B AND (RESSEQ 1:61 )

#1: タンパク質	Cytotoxin 1 / Hemolytic protein 12B / Three finger toxin 分子量: 6858.533 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Hemachatus haemachatus (コブラ) / 参照: UniProt: B3EWH9*PLUS
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 49 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y
配列の詳細	THE AUTHOR DEPOSITED SEQUENCE OF THIS PROTEIN AS THE CODE B3EWH9 BUT IT DOES NOT APPEAR IN TE ...THE AUTHOR DEPOSITED SEQUENCE OF THIS PROTEIN AS THE CODE B3EWH9 BUT IT DOES NOT APPEAR IN TE SEQUENCE DATABASE YET.

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.62 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.09 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.5 詳細: 150mM ammonium acetate, 100mM sodium acetate, 25% polyethylene glycol 4000 , pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.5418 Å
検出器	タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2008年10月31日 / 詳細: mirrors
放射	モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.426→30.112 Å / Num. all: 5639 / Num. obs: 5614 / % possible obs: 96.2 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.9 % / R_merge(I) obs: 0.064 / Net I/σ(I): 20.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
CrystalClear		データ収集
PHASER		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.7.3_928)	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1TGX

1tgx

解像度: 2.426→30.112 Å / SU ML: 0.41 / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 29.36 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2809	573	10.21 %
R_work	0.2322	-	-
obs	0.2373	5614	96.63 %
all	-	5639	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.98 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 19.328 Å² / k_sol: 0.29 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.9401 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	4.5662 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-5.4669 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.426→30.112 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	938	0	0	49	987

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	960
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.377	1272
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.951	392
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.088	150
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	154

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)
1	1	A	469	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
1	2	B	469	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.063

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 4

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	% reflection obs (%)
2.4261-2.6702	0.3916	139	0.3162	1242	97
2.6702-3.0562	0.3343	148	0.2594	1271	99
3.0562-3.8493	0.3212	138	0.2437	1263	97
3.8493-30.1147	0.2082	148	0.1914	1265	93

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 61.4575 Å / Origin y: 56.864 Å / Origin z: 9.017 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.1738 Å²	0.0037 Å²	-0.0101 Å²	-	0.2887 Å²	0.0331 Å²	-	-	0.1768 Å²
L	1.9536 °²	-0.4658 °²	-0.2144 °²	-	1.1002 °²	0.1753 °²	-	-	1.2418 °²
S	-0.1041 Å °	-0.0023 Å °	-0.0502 Å °	0.0104 Å °	0.0572 Å °	0.0982 Å °	-0.0512 Å °	-0.0039 Å °	0.0483 Å °

精密化 TLSグループ

Selection details: ALL

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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