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万見
- PDB-3vts: Crystal structure of a three finger toxin from snake venom -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3vts
タイトルCrystal structure of a three finger toxin from snake venom
要素Cytotoxin 1
キーワードTOXIN / Three finger toxin / Venom toxin
機能・相同性
機能・相同性情報


hemolysis in another organism / : / regulation of blood pressure / toxin activity / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Snake cytotoxin, cobra-type / Snake three-finger toxin / Snake toxins signature. / Snake toxin, conserved site / CD59 / CD59 / Ribbon / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Three-finger hemachatoxin
類似検索 - 構成要素
生物種Hemachatus haemachatus (コブラ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.426 Å
データ登録者Jobichen, C. / Sivaraman, J.
引用ジャーナル: Plos One / 年: 2012
タイトル: Identification and structural characterization of a new three-finger toxin hemachatoxin from Hemachatus haemachatus venom.
著者: Girish, V.M. / Kumar, S. / Joseph, L. / Jobichen, C. / Kini, R.M. / Sivaraman, J.
履歴
登録2012年6月6日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02012年11月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年11月27日Group: Database references
改定 1.22023年11月8日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cytotoxin 1
B: Cytotoxin 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,7172
ポリマ－13,7172
非ポリマー00
水88349
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1160 Å2
ΔGint-8 kcal/mol
Surface area7460 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)49.718, 50.057, 57.813
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
21

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection details
111CHAIN A AND (RESSEQ 1:61 )
211CHAIN B AND (RESSEQ 1:61 )

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要素

#1: タンパク質 Cytotoxin 1 / Hemolytic protein 12B / Three finger toxin


分子量: 6858.533 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Hemachatus haemachatus (コブラ) / 参照: UniProt: B3EWH9*PLUS
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 49 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細THE AUTHOR DEPOSITED SEQUENCE OF THIS PROTEIN AS THE CODE B3EWH9 BUT IT DOES NOT APPEAR IN TE ...THE AUTHOR DEPOSITED SEQUENCE OF THIS PROTEIN AS THE CODE B3EWH9 BUT IT DOES NOT APPEAR IN TE SEQUENCE DATABASE YET.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.62 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.09 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.5
詳細: 150mM ammonium acetate, 100mM sodium acetate, 25% polyethylene glycol 4000 , pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2008年10月31日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.426→30.112 Å / Num. all: 5639 / Num. obs: 5614 / % possible obs: 96.2 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.064 / Net I/σ(I): 20.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CrystalClearデータ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.7.3_928)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1TGX

1tgx


解像度: 2.426→30.112 Å / SU ML: 0.41 / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 29.36 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2809 573 10.21 %
Rwork0.2322 --
obs0.2373 5614 96.63 %
all-5639 -
溶媒の処理減衰半径: 0.98 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 19.328 Å2 / ksol: 0.29 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.9401 Å20 Å2-0 Å2
2--4.5662 Å2-0 Å2
3----5.4669 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.426→30.112 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数938 0 0 49 987
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.008960
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.3771272
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.951392
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.088150
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006154
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDタイプRms dev position (Å)
11A469X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
12B469X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.063
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 4

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.4261-2.67020.39161390.3162124297
2.6702-3.05620.33431480.2594127199
3.0562-3.84930.32121380.2437126397
3.8493-30.11470.20821480.1914126593
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 61.4575 Å / Origin y: 56.864 Å / Origin z: 9.017 Å
111213212223313233
T0.1738 Å20.0037 Å2-0.0101 Å2-0.2887 Å20.0331 Å2--0.1768 Å2
L1.9536 °2-0.4658 °2-0.2144 °2-1.1002 °20.1753 °2--1.2418 °2
S-0.1041 Å °-0.0023 Å °-0.0502 Å °0.0104 Å °0.0572 Å °0.0982 Å °-0.0512 Å °-0.0039 Å °0.0483 Å °
精密化 TLSグループSelection details: ALL

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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