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- PDB-1sxk: Crystal Structure of a complex formed between phospholipase A2 an... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1sxk
タイトルCrystal Structure of a complex formed between phospholipase A2 and a non-specific anti-inflammatory amino salicylic acid at 1.2 A resolution
要素Phospholipase A2 VRV-PL-VIIIa
キーワードTOXIN / complex / phospholipase A2 / amino salicylic acid / daboia russeli pulchella
機能・相同性
機能・相同性情報


phospholipase A2 / calcium-dependent phospholipase A2 activity / arachidonate secretion / lipid catabolic process / phospholipid metabolic process / negative regulation of T cell proliferation / phospholipid binding / toxin activity / calcium ion binding / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Phospholipase A2, aspartic acid active site / Phospholipase A2 aspartic acid active site. / Phospholipase A2 / Phospholipase A2 / Phospholipase A2, histidine active site / Phospholipase A2 histidine active site. / Phospholipase A2 domain / Phospholipase A2 / Phospholipase A2 / Phospholipase A2 domain ...Phospholipase A2, aspartic acid active site / Phospholipase A2 aspartic acid active site. / Phospholipase A2 / Phospholipase A2 / Phospholipase A2, histidine active site / Phospholipase A2 histidine active site. / Phospholipase A2 domain / Phospholipase A2 / Phospholipase A2 / Phospholipase A2 domain / Phospholipase A2 domain superfamily / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
2-HYDROXY-4-AMINOBENZOIC ACID / Basic phospholipase A2 VRV-PL-VIIIa
類似検索 - 構成要素
生物種Daboia russellii russellii (ヘビ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.21 Å
データ登録者Singh, N. / Bilgrami, S. / Kaur, P. / Sharma, S. / Singh, T.P.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure of a complex formed between phospholipase A2 and a non-specific anti-inflammatory amino salicylic acid at 1.2 A resolution
著者: Singh, N. / Bilgrami, S. / Kaur, P. / Sharma, S. / Singh, T.P.
履歴
登録2004年3月31日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年4月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年8月23日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_source / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Phospholipase A2 VRV-PL-VIIIa
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,1676
ポリマ－13,6301
非ポリマー5375
水3,999222
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)52.255, 52.255, 47.743
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number78
Space group name H-MP43

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要素

#1: タンパク質 Phospholipase A2 VRV-PL-VIIIa / Phosphatidylcholine 2- acylhydrolase


分子量: 13629.767 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Daboia russellii russellii (ヘビ) / Secretion: venom / 生物種: Daboia russellii / 株: russellii / 参照: UniProt: P59071, phospholipase A2
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-BHA / 2-HYDROXY-4-AMINOBENZOIC ACID / パラアミノサリチル酸


分子量: 153.135 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H7NO3 / コメント: 薬剤, 抗生剤*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 222 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 50 %
結晶化温度: 297 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.8
詳細: 0.2M ammonium sulphate, 50% PEG, pH 7.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 297K

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データ収集

回折平均測定温度: 200 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X11 / 波長: 0.803 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2003年9月30日 / 詳細: Mirrors
放射モノクロメーター: graphite / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.803 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.2→20 Å / Num. all: 38466 / Num. obs: 38466 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 10.2 % / Biso Wilson estimate: 11.6 Å2 / Rsym value: 0.067 / Net I/σ(I): 10.1
反射 シェル解像度: 1.2→1.23 Å / Mean I/σ(I) obs: 3.7 / Rsym value: 0.222 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1FB2

1fb2


解像度: 1.21→18.47 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.964 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.957 / SU B: 0.739 / SU ML: 0.035 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.043 / ESU R Free: 0.044 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.18845 808 2.1 %RANDOM
Rwork0.17356 ---
all0.17388 38466 --
obs0.17388 38466 100 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 12.873 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.08 Å20 Å20 Å2
2--0.08 Å20 Å2
3----0.16 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.14 Å / Luzzati d res low obs: 5 Å / Luzzati sigma a obs: 0.08 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.21→18.47 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数944 0 31 222 1197
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.021991
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.02827
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6462.021325
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.84631951
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.9043113
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg19.32115187
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.080.2132
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.021036
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02196
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.4060.3305
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2040.3816
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2040.5172
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2980.317
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2710.353
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1830.533
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.3841.5592
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.7672934
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.8493399
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.5474.5391
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.21→1.241 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.216 60
Rwork0.231 2833

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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