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万見
- PDB-3u8b: Functionally selective inhibition of Group IIA phospholipase A2 r... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3u8b
タイトルFunctionally selective inhibition of Group IIA phospholipase A2 reveals a role for vimentin in regulating arachidonic acid metabolism
要素Phospholipase A2, membrane associated
キーワードHYDROLASE / secreted phospholipase A2 / Phospholipase A2 activity
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of neutrophil activation / phosphatidylethanolamine metabolic process / phosphatidic acid metabolic process / Acyl chain remodelling of PG / Acyl chain remodelling of PC / Acyl chain remodelling of PI / Acyl chain remodelling of PS / Acyl chain remodelling of PE / Synthesis of PA / intestinal stem cell homeostasis ...regulation of neutrophil activation / phosphatidylethanolamine metabolic process / phosphatidic acid metabolic process / Acyl chain remodelling of PG / Acyl chain remodelling of PC / Acyl chain remodelling of PI / Acyl chain remodelling of PS / Acyl chain remodelling of PE / Synthesis of PA / intestinal stem cell homeostasis / phosphatidylglycerol metabolic process / phospholipase A2 activity / phosphatidylcholine metabolic process / phospholipase A2 / low-density lipoprotein particle remodeling / positive regulation of macrophage derived foam cell differentiation / calcium-dependent phospholipase A2 activity / Antimicrobial peptides / arachidonate secretion / lipid catabolic process / negative regulation of T cell proliferation / phospholipid metabolic process / secretory granule / angiotensin-activated signaling pathway / phospholipid binding / positive regulation of inflammatory response / killing of cells of another organism / mitochondrial outer membrane / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / defense response to Gram-positive bacterium / inflammatory response / calcium ion binding / endoplasmic reticulum membrane / perinuclear region of cytoplasm / endoplasmic reticulum / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Phospholipase A2, aspartic acid active site / Phospholipase A2 aspartic acid active site. / Phospholipase A2 / Phospholipase A2 / Phospholipase A2, histidine active site / Phospholipase A2 histidine active site. / Phospholipase A2 domain / Phospholipase A2 / Phospholipase A2 / Phospholipase A2 domain ...Phospholipase A2, aspartic acid active site / Phospholipase A2 aspartic acid active site. / Phospholipase A2 / Phospholipase A2 / Phospholipase A2, histidine active site / Phospholipase A2 histidine active site. / Phospholipase A2 domain / Phospholipase A2 / Phospholipase A2 / Phospholipase A2 domain / Phospholipase A2 domain superfamily / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Phospholipase A2, membrane associated
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.299 Å
データ登録者Lee, L.K. / Bryant, K.J. / Bouveret, R. / Lei, P.-W. / Duff, A.P. / Harrop, S.J. / Huang, E.P. / Harvey, R.P. / Gelb, M.H. / Gray, P.P. ...Lee, L.K. / Bryant, K.J. / Bouveret, R. / Lei, P.-W. / Duff, A.P. / Harrop, S.J. / Huang, E.P. / Harvey, R.P. / Gelb, M.H. / Gray, P.P. / Curmi, P.M. / Cunningham, A.M. / Church, W.B. / Scott, K.F.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2013
タイトル: Selective Inhibition of Human Group IIA-secreted Phospholipase A2 (hGIIA) Signaling Reveals Arachidonic Acid Metabolism Is Associated with Colocalization of hGIIA to Vimentin in Rheumatoid Synoviocytes.
著者: Lee, L.K. / Bryant, K.J. / Bouveret, R. / Lei, P.W. / Duff, A.P. / Harrop, S.J. / Huang, E.P. / Harvey, R.P. / Gelb, M.H. / Gray, P.P. / Curmi, P.M. / Cunningham, A.M. / Church, W.B. / Scott, K.F.
履歴
登録2011年10月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年10月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年6月12日Group: Database references
改定 1.22024年10月16日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Phospholipase A2, membrane associated
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,0965
ポリマ－13,9451
非ポリマー1514
水95553
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: Phospholipase A2, membrane associated
ヘテロ分子

A: Phospholipase A2, membrane associated
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,19210
ポリマ－27,8902
非ポリマー3028
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation12_565x,x-y+1,-z+1/61
Buried area2770 Å2
ΔGint-109 kcal/mol
Surface area12790 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)74.683, 74.683, 89.159
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number178
Space group name H-MP6122

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要素

#1: タンパク質 Phospholipase A2, membrane associated / GIIC sPLA2 / Group IIA phospholipase A2 / Non-pancreatic secretory phospholipase A2 / NPS-PLA2 / ...GIIC sPLA2 / Group IIA phospholipase A2 / Non-pancreatic secretory phospholipase A2 / NPS-PLA2 / Phosphatidylcholine 2-acylhydrolase 2A


分子量: 13945.012 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PLA2G2A, PLA2B, PLA2L, RASF-A
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
参照: UniProt: P14555, phospholipase A2
#2: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 53 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.57 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.21 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.4
詳細: 0.1 M Tris HCl pH 7.4, 10 mM CaCl2, 0.5 mM Beta-octyl glucoside and 4 M NaCl, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 80 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 14-BM-C / 波長: 0.9002 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2006年8月19日
放射モノクロメーター: Bent Ge(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9002 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.299→24.446 Å / Num. all: 6955 / Num. obs: 6906 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 3.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.7.1_743)精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.299→24.446 Å / SU ML: 0.6 / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 27.02 / 立体化学のターゲット値: MLHL
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2573 319 4.62 %FREE R VALUE TEST SET SIZE (%): 4.62 FREE R VALUE TEST SET COUNT : 319
Rwork0.2074 ---
obs0.2096 6906 99.1 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.65 Å / VDWプローブ半径: 0.8 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 56.024 Å2 / ksol: 0.433 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.6425 Å2-0 Å2-0 Å2
2--1.6425 Å20 Å2
3----3.285 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.299→24.446 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数966 0 4 53 1023
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0181002
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.7651339
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.553370
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.096134
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.011170
LS精密化 シェル解像度: 2.299→2.8958 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3082 157 -
Rwork0.2639 3233 -
obs--100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.44370.8114-0.80191.48120.08363.05990.3005-0.0910.41040.1059-0.19170.19480.18350.1824-0.08460.47210.02230.03040.4924-0.03560.4605-14.929435.46180.1399
24.99721.2205-0.80852.86680.98884.4858-0.23150.53470.0146-0.1360.2666-0.25460.2811-0.0729-0.01520.429-0.03710.03110.5372-0.07870.4173-13.93328.8354-7.4524
32.08590.1495-0.06162.130.44691.71890.26110.32660.1088-0.3293-0.70160.7157-0.1159-0.91770.35530.47340.07990.02820.8196-0.09590.6189-29.534833.79411.0355
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resseq 1:31)
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resseq 32:104)
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resseq 105:124)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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