- PDB-3vto: The crystal structure of the C-terminal domain of Mu phage centra... -
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基本情報
登録情報
データベース: PDB / ID: 3vto
タイトル
The crystal structure of the C-terminal domain of Mu phage central spike
要素
Protein gp45
キーワード
METAL BINDING PROTEIN / beta-helix / central spike / Mu phage
機能・相同性
機能・相同性情報
symbiont genome ejection through host cell envelope, contractile tail mechanism / virus tail, baseplate / viral tail assembly / host cell cytoplasm / metal ion binding 類似検索 - 分子機能
heat- and protease-stable fragment of the bacteriophage t4 short fibre, domain 2 / heat- and protease-stable fragment of the bacteriophage t4 short fibre, domain 2 - #10 / Phage-associated protein Gp45 / Bacteriophage Mu Gp45 spike protein / Phage baseplate assembly protein V/Gp45 / Phage spike trimer / Phage spike trimer / Other non-globular / Special 類似検索 - ドメイン・相同性
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射
解像度: 1.44→50 Å / Num. obs: 114876 / % possible obs: 99.7 %
反射 シェル
解像度: 1.44→1.46 Å / % possible all: 100
-
解析
ソフトウェア
名称
バージョン
分類
PHASER
位相決定
REFMAC
5.5.0109
精密化
HKL-2000
データ削減
HKL-2000
データスケーリング
精密化
構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.44→19.52 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.967 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.959 / SU B: 2.31 / SU ML: 0.041 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.072 / ESU R Free: 0.064 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor
反射数
%反射
Selection details
Rfree
0.19458
5734
5 %
RANDOM
Rwork
0.16227
-
-
-
obs
0.16391
108768
99.54 %
-
溶媒の処理
イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK