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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3vsw | ||||||
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タイトル | Human renin in complex with compound 8 | ||||||
![]() | Renin | ||||||
![]() | HYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / RAS / hypertension / inhibitor / Aspartyl protease / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex | ||||||
機能・相同性 | ![]() renin / juxtaglomerular apparatus development / mesonephros development / response to cGMP / renin-angiotensin regulation of aldosterone production / drinking behavior / regulation of MAPK cascade / response to immobilization stress / angiotensin maturation / amyloid-beta metabolic process ...renin / juxtaglomerular apparatus development / mesonephros development / response to cGMP / renin-angiotensin regulation of aldosterone production / drinking behavior / regulation of MAPK cascade / response to immobilization stress / angiotensin maturation / amyloid-beta metabolic process / Metabolism of Angiotensinogen to Angiotensins / cell maturation / response to cAMP / hormone-mediated signaling pathway / kidney development / insulin-like growth factor receptor binding / regulation of blood pressure / male gonad development / cellular response to xenobiotic stimulus / apical part of cell / peptidase activity / response to lipopolysaccharide / aspartic-type endopeptidase activity / signaling receptor binding / proteolysis / extracellular space / extracellular region / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Takahashi, M. / Hanzawa, H. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Design and optimization of novel (2S,4S,5S)-5-amino-6-(2,2-dimethyl-5-oxo-4-phenylpiperazin-1-yl)-4-hydroxy-2-isopropylhexanamides as renin inhibitors 著者: Nakamura, Y. / Sugita, C. / Meguro, M. / Miyazaki, S. / Tamaki, K. / Takahashi, M. / Nagai, Y. / Nagayama, T. / Kato, M. / Suemune, H. / Nishi, T. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 143.5 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 112.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 983.5 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1010.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 29.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 38 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 37267.008 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() #2: 糖 | #3: 化合物 | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.56 % / Mosaicity: 0.827 ° |
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結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 3 詳細: 5-12% PEG 3350, 0.6M NaCl, 0.1M citrate (pH3.0-4.5), VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 93 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS VII / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2006年2月14日 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 3→50 Å / Num. obs: 18881 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 5.6 % / Rmerge(I) obs: 0.053 / Χ2: 1.677 / Net I/σ(I): 28.2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 1RNE 解像度: 3→19.91 Å / Rfactor Rfree error: 0.007 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.7332 / Data cutoff high absF: 1661881 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 詳細: BULK SOLVENT MODEL USED
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 15.618 Å2 / ksol: 0.3285 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 74.75 Å2 / Biso mean: 29.8287 Å2 / Biso min: 8.18 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3→19.91 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 3→3.19 Å / Rfactor Rfree error: 0.023 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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