PDB-3vsl: Crystal structure of penicillin-binding protein 3 (PBP3) from met...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3vsl

タイトル

Crystal structure of penicillin-binding protein 3 (PBP3) from methicilin-resistant Staphylococcus aureus in the cefotaxime bound form.

要素

Penicillin-binding protein 3

キーワード

PENICILLIN-BINDING PROTEIN / penicillin-binding domain / Transpeptidase

機能・相同性

機能・相同性情報

peptidoglycan L,D-transpeptidase activity / penicillin binding / membrane => GO:0016020 / peptidoglycan biosynthetic process / cell wall organization / regulation of cell shape / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.4 Å

データ登録者

Yoshida, H. / Tame, J.R. / Park, S.Y.

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2012
タイトル: Crystal Structures of Penicillin-Binding Protein 3 (PBP3) from Methicillin-Resistant Staphylococcus aureus in the Apo and Cefotaxime-Bound Forms.
著者: Yoshida, H. / Kawai, F. / Obayashi, E. / Akashi, S. / Roper, D.I. / Tame, J.R. / Park, S.Y.

履歴

登録	2012年4月25日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2012年10月31日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年3月15日	Group: Non-polymer description
改定 1.2	2024年11月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3vsl.cif.gz	264.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3vsl.ent.gz	212.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3vsl.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vs/3vsl ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vs/3vsl	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3vskC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3vsk-d 5y58-2 22194 7113 20860 6urg-d 3pay-d 5y58-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#29 - 2002年5月ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Penicillin-binding protein 3

B: Penicillin-binding protein 3

ヘテロ分子

145 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	143.031, 143.031, 189.610
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2

#1: タンパク質	Penicillin-binding protein 3 分子量: 72134.734 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌) 株: MW2 / 遺伝子: pbp3, MW1504 / プラスミド: pET28b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q8NWC2, UniProt: A0A0H3K0B9*PLUS
#2: 化合物	ChemComp-CEF / CEFOTAXIME, C3' cleaved, open, bound form 分子量: 397.429 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₄H₁₅N₅O₅S₂ / コメント: 抗生剤*YM
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 256 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.36 Å³/Da / 溶媒含有率: 63.4 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 詳細: 2.0M Ammonium sulfate, 0.5M Lithium chloride, 5% Glycerol, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

Photon Factory

/ ビームライン: BL-1A / 波長: 1 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2011年11月2日 / 詳細: Si 111

放射

モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.399→50 Å / Num. obs: 76011 / % possible obs: 98.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.7 % / R_merge(I) obs: 0.111 / Net I/σ(I): 9.9

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	Diffraction-ID	% possible all
2.4-2.44	2.3	0.46	3367	1	89
2.44-2.49	2.8	0.479	3510	1	92.5
2.49-2.53	3.5	0.484	3725	1	97.3
2.53-2.59	3.9	0.486	3738	1	98
2.59-2.64	4.1	0.477	3762	1	98.3
2.64-2.7	4.2	0.458	3759	1	98.5
2.7-2.77	4.4	0.453	3771	1	98.6
2.77-2.85	4.6	0.439	3766	1	98.8
2.85-2.93	4.8	0.412	3806	1	98.8
2.93-3.02	5.2	0.378	3793	1	99.2
3.02-3.13	5.7	0.32	3804	1	99.3
3.13-3.26	6	0.281	3849	1	99.4
3.26-3.41	6.3	0.222	3825	1	99.1
3.41-3.58	6.9	0.164	3844	1	99.6
3.58-3.81	7.3	0.122	3844	1	99.4
3.81-4.1	7.6	0.095	3889	1	99.7
4.1-4.52	8	0.072	3891	1	99.6
4.52-5.17	8.3	0.061	3921	1	99.6
5.17-6.51	8.2	0.061	3967	1	99.5
6.51-50	8.2	0.034	4180	1	99.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データ収集
MOLREP		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.7.2_869)	精密化
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.4→48.861 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.7185 / SU ML: 0.87 / σ(F): 1.44 / 位相誤差: 34.22 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.3156	3797	5 %	RANDOM
R_work	0.2467	72094	-	-
obs	0.2501	75891	98.24 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.6 Å / VDWプローブ半径: 0.9 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 64.929 Å² / k_sol: 0.362 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso max: 182.47 Å² / B_iso mean: 69.3511 Å² / B_iso min: 16.09 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-2.1137 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	-2.1137 Å²	-0 Å²
3-	-	-	4.2275 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.4→48.861 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9890	0	52	256	10198

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.01	10110
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.422	13618
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.104	1513
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	1761
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	21.608	3890

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 27

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.4-2.4304	0.4412	121	0.4031	2369	2490	89
2.4304-2.4624	0.3755	125	0.3689	2447	2572	92
2.4624-2.4961	0.4043	127	0.3529	2528	2655	94
2.4961-2.5317	0.3714	125	0.3355	2609	2734	98
2.5317-2.5695	0.3549	147	0.3431	2619	2766	98
2.5695-2.6097	0.3787	121	0.3449	2663	2784	98
2.6097-2.6525	0.4039	160	0.3365	2610	2770	98
2.6525-2.6982	0.3817	138	0.3363	2662	2800	99
2.6982-2.7473	0.3582	132	0.3283	2628	2760	99
2.7473-2.8001	0.3864	149	0.3101	2665	2814	99
2.8001-2.8572	0.4194	152	0.3038	2648	2800	99
2.8572-2.9194	0.3394	153	0.3015	2664	2817	99
2.9194-2.9873	0.3757	134	0.2885	2659	2793	99
2.9873-3.062	0.3172	117	0.2805	2695	2812	99
3.062-3.1447	0.3481	160	0.2657	2666	2826	99
3.1447-3.2373	0.3321	145	0.2462	2683	2828	99
3.2373-3.3417	0.2803	172	0.2291	2651	2823	99
3.3417-3.4611	0.2772	136	0.2161	2696	2832	99
3.4611-3.5997	0.3091	133	0.2277	2732	2865	100
3.5997-3.7634	0.3245	143	0.2111	2718	2861	99
3.7634-3.9618	0.2573	142	0.1952	2711	2853	100
3.9618-4.2099	0.2473	155	0.1883	2719	2874	100
4.2099-4.5347	0.2485	145	0.1734	2725	2870	100
4.5347-4.9906	0.272	141	0.1763	2752	2893	100
4.9906-5.7118	0.3284	133	0.2306	2801	2934	100
5.7118-7.1926	0.3212	146	0.2527	2815	2961	100
7.1926-48.8713	0.2881	145	0.2222	2959	3104	99

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 34.6713 Å / Origin y: -38.9449 Å / Origin z: 6.611 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.5895 Å²	0.1516 Å²	-0.0952 Å²	-	0.3966 Å²	-0.0142 Å²	-	-	0.1334 Å²
L	0.5307 °²	-0.0308 °²	-0.245 °²	-	3.6657 °²	-0.314 °²	-	-	0.3603 °²
S	-0.201 Å °	-0.1934 Å °	0.0236 Å °	0.9208 Å °	0.3517 Å °	-0.1619 Å °	-0.0316 Å °	0.0393 Å °	-0.0575 Å °

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	A	46 - 678
2	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	B	46 - 678
3	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	C	2 - 1
4	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	S	2 - 259

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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