PDB-3vod: Crystal Structure of mutant MarR C80S from E.coli

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3vod

タイトル

Crystal Structure of mutant MarR C80S from E.coli

要素

Multiple antibiotic resistance protein marR

キーワード

TRANSCRIPTION / winged helix-turn-helix DNA binding motif

機能・相同性

機能・相同性情報

cellular response to antibiotic / response to stress / response to heat / DNA-binding transcription factor activity / negative regulation of DNA-templated transcription / regulation of DNA-templated transcription / DNA binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.6 Å

データ登録者

Lou, H. / Zhu, R. / Hao, Z.

引用

ジャーナル: Nat.Chem.Biol. / 年: 2014
タイトル: The multiple antibiotic resistance regulator MarR is a copper sensor in Escherichia coli.
著者: Hao, Z. / Lou, H. / Zhu, R. / Zhu, J. / Zhang, D. / Zhao, B.S. / Zeng, S. / Chen, X. / Chan, J. / He, C. / Chen, P.R.

履歴

登録	2012年1月21日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2013年3月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2014年4月9日	Group: Database references
改定 1.2	2017年11月22日	Group: Refinement description / カテゴリ: software Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.3	2024年3月20日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3vod.cif.gz	118.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3vod.ent.gz	95 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3vod.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vo/3vod ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vo/3vod	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4jbaC 3voe C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3voe-d 3bja-1 5yez-1 5iqi-4 3pyz-d 4rma-2 5fws-d 5l94-2 2gs4-d 5byl-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Multiple antibiotic resistance protein marR

B: Multiple antibiotic resistance protein marR

32.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	62.162, 62.162, 131.466
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: ILE / Beg label comp-ID: ILE / End auth comp-ID: PRO / End label comp-ID: PRO / Refine code: 4 / Auth seq-ID: 11 - 144 / Label seq-ID: 11 - 144

Dom-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	A	A
2	B	B

#1: タンパク質	Multiple antibiotic resistance protein marR 分子量: 16070.957 Da / 分子数: 2 / 変異: C80S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: b1530, cfxB, inaR, JW5248, marR, soxQ / プラスミド: pET15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P27245

#1: タンパク質

Multiple antibiotic resistance protein marR

分子量: 16070.957 Da / 分子数: 2 / 変異: C80S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: b1530, cfxB, inaR, JW5248, marR, soxQ / プラスミド: pET15b / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P27245

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.98 Å³/Da / 溶媒含有率: 37.74 % / Mosaicity: 0.817 °
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.6 詳細: 0.03M Citric Acid, 0.07M BIS-TRIS, pH7.6, 24% PEG 3350,0.3M NaCl, 10mM DTT, vapor diffusion, sitting drop, temperature 293K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト: BSRF

/ ビームライン: 3W1A / 波長: 1 Å

検出器

日付: 2011年7月11日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.6→40 Å / Num. obs: 8479 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 6 % / R_merge(I) obs: 0.072 / Χ²: 1.904 / Net I/σ(I): 16.3

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	Χ²	Diffraction-ID	% possible all
2.6-2.69	6.2	0.386	822	0.965	1	100
2.69-2.8	6.1	0.277	819	0.966	1	100
2.8-2.93	6.1	0.215	826	1.014	1	100
2.93-3.08	6.2	0.156	822	1.198	1	100
3.08-3.28	6	0.104	838	1.36	1	100
3.28-3.53	6.2	0.077	828	1.73	1	100
3.53-3.88	6	0.068	853	2.223	1	100
3.88-4.44	6	0.06	860	2.815	1	99.8
4.44-5.59	5.9	0.055	868	3.115	1	99.7
5.59-30	5.4	0.064	943	3.692	1	98.5

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

Model details: Phaser MODE: MR_AUTO

	最高解像度	最低解像度
Rotation	2.6 Å	29.06 Å
Translation	2.6 Å	29.06 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHASER	2.3.0	位相決定
REFMAC	5.6.0117	精密化
PDB_EXTRACT	3.1	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.6→30 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.934 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.911 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU B: 40.259 / SU ML: 0.358 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.383 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT U VALUES

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2809	390	4.7 %	RANDOM
R_work	0.2557	-	-	-
obs	0.2568	8380	99.02 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 174.68 Å² / B_iso mean: 80.7712 Å² / B_iso min: 44.78 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.17 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.17 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.34 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.6→30 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2110	0	0	0	2110

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.019	2136
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.071	2.009	2893
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.786	5	269
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	37.008	24.815	81
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.958	15	419
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	13.434	15	14
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.065	0.2	359
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.021	1516

Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / 数: 1042 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
MEDIUM POSITIONAL	0.49	0.5
MEDIUM THERMAL	8.36	2

LS精密化シェル

解像度: 2.6→2.668 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.485	28	-
R_work	0.396	488	-
all	-	516	-
obs	-	-	98.47 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	6.5009	5.1861	-3.7366	5.7906	-1.7786	3.0503	-0.0232	-0.023	-0.576	0.5578	0.099	-1.034	0.4938	0.1833	-0.0758	0.414	0.0694	-0.1826	0.4532	-0.0482	0.2526	1.923	-19.655	21.205
2	3.7668	0.7486	1.4535	4.2053	-1.2992	2.9594	-0.1127	0.0645	0.6428	-0.0117	-0.0612	0.1497	0.1133	0.2754	0.1739	0.2995	0.0251	-0.0054	0.4157	-0.0162	0.1145	-14.235	-33.053	18.617
3	2.6939	0.8031	1.2642	2.1169	1.4319	6.6879	0.2714	-0.3438	-0.3039	0.1015	-0.2224	0.1129	0.946	-0.033	-0.049	0.4693	0.0406	-0.0534	0.3804	0.0048	0.0588	-19.295	-41.27	18.131
4	27.5488	4.942	15.6124	6.6975	5.8982	30.522	-1.2084	-0.7831	2.1182	-0.4243	0.5157	-0.0644	-0.7708	-0.1496	0.6927	0.3895	0.1082	-0.042	0.2558	-0.2527	0.3849	-17.225	-24.672	29.327
5	2.5552	0.4929	0.0038	2.9528	0.2507	3.4838	-0.0143	-0.0147	0.2853	0.1868	0.0064	-0.0533	-0.0992	-0.3885	0.008	0.2696	0.0269	-0.0007	0.404	-0.0387	0.075	-6.509	-9.824	21.559
6	5.7926	-2.7689	-1.0385	14.6888	14.0045	13.8493	-1.2412	1.3793	-1.4607	1.9525	-1.4162	3.1755	1.5684	-0.8928	2.6574	0.7371	-0.326	0.7292	0.7694	-0.3125	0.9715	-13.416	-13.967	18.403
7	1.2016	-1.7529	-0.1889	2.5668	0.2766	0.0772	0.0142	0.0732	-0.0321	0.0696	-0.0953	0.0526	-0.0081	-0.1273	0.0811	0.358	-0.0915	-0.0121	0.5222	-0.0268	0.1158	4.523	-27.116	9.227
8	5.0561	0.7959	-1.0372	4.6484	0.8848	6.2559	0.1085	0.3322	-0.3358	0.4253	-0.1042	0.1658	0.9018	-0.614	-0.0043	0.5016	-0.1083	-0.0053	0.3108	0.0774	0.0746	9.846	-39.179	15.345
9	3.9577	-1.8249	4.0027	4.4044	-6.347	10.8618	-0.0677	0.1764	0.2497	-0.1272	0.174	-0.1371	0.7254	-0.3706	-0.1063	0.5522	-0.084	-0.1042	0.4292	0.0019	0.17	16.944	-34.14	12.174
10	2.6252	-0.8261	0.0184	3.0734	-0.0012	0.0041	0.0442	0.0925	0.2354	-0.1386	-0.0135	-0.1313	-0.0185	0.0201	-0.0307	0.3059	-0.0024	-0.0195	0.4369	0.0146	0.1223	2.381	-9.866	10.813

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	9 - 33
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	34 - 66
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	67 - 106
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	107 - 116
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	117 - 144
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	10 - 16
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	17 - 57
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	58 - 90
9	X-RAY DIFFRACTION	9	B	91 - 114
10	X-RAY DIFFRACTION	10	B	115 - 144

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
位相決定

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-位相決定

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
位相決定

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)