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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3vnr | ||||||
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タイトル | Co-crystal structure of NRPS adenylation protein CytC1 with aminobutyric acid and AMP from streptomyces | ||||||
要素 | NRPS adenylation protein CytC1 | ||||||
キーワード | LIGASE / Acetyl-CoA synthetase-like / adenylation / ATP Binding | ||||||
機能・相同性 | ANL, C-terminal domain / ANL, N-terminal domain / GMP Synthetase; Chain A, domain 3 / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta / ALPHA-AMINOBUTYRIC ACID / ADENOSINE MONOPHOSPHATE 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Streptomyces sp. (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.75 Å | ||||||
データ登録者 | Okumura, H. / Ueki, M. / Shiro, Y. / Osada, H. | ||||||
引用 | ジャーナル: To be Published タイトル: Substrate recognition mechanism of NRPS adenylation protein from Streptomyces 著者: Ueki, M. / Okumura, H. / Osada, H. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3vnr.cif.gz | 118.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3vnr.ent.gz | 88.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3vnr.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 3vnr_validation.pdf.gz | 773.6 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 3vnr_full_validation.pdf.gz | 778.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | 3vnr_validation.xml.gz | 22.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 3vnr_validation.cif.gz | 33.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vn/3vnr ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vn/3vnr | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 58992.520 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Streptomyces sp. (バクテリア) / 株: RK95-74 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) |
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#2: 化合物 | ChemComp-AMP / |
#3: 化合物 | ChemComp-ABA / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
配列の詳細 | A SEQUENCE DATABASE REFERENCE FOR THIS PROTEIN DOES NOT CURRENTLY EXIST. |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.73 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.01 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.2 詳細: 0.1M ammonium sulfate, 24-32% PEG5000 monomethyl ether, 1mM ATP, 100mM Hepes buffer, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL44B2 / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2006年12月14日 / 詳細: mirrors |
放射 | モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.75→50 Å / Num. obs: 64664 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 16.8 % / Rmerge(I) obs: 0.046 / Rsym value: 0.046 / Net I/σ(I): 74.126 |
反射 シェル | 解像度: 1.75→1.78 Å / 冗長度: 16.8 % / Rmerge(I) obs: 0.474 / Mean I/σ(I) obs: 6.643 / Rsym value: 0.474 / % possible all: 100 |
-位相決定
位相決定 | 手法: 分子置換 |
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 1AMU 解像度: 1.75→35.11 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.43 / SU ML: 0.21 / σ(F): 0 / 位相誤差: 20.24 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.83 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 43.268 Å2 / ksol: 0.359 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 79.15 Å2 / Biso mean: 26.7731 Å2 / Biso min: 10.95 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.75→35.11 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 23
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