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- PDB-3vnf: Structure of the ebolavirus protein VP24 from Sudan -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3vnf
タイトルStructure of the ebolavirus protein VP24 from Sudan
要素Membrane-associated protein VP24
キーワードVIRAL PROTEIN / ebolavirus / interferon antagonist / VP24 / STAT1 / Zaire / Sudan / Reston / VP35 / karyopherin alpha / IFN response pathway
機能・相同性
機能・相同性情報


host cell endomembrane system / viral process / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / host cell plasma membrane / virion membrane / structural molecule activity / membrane
類似検索 - 分子機能
Filovirus membrane-associated VP24 / Filovirus membrane-associated protein VP24
類似検索 - ドメイン・相同性
Membrane-associated protein VP24 / Membrane-associated protein VP24
類似検索 - 構成要素
生物種Sudan ebolavirus (エボラウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Zhang, A.P.P.
引用ジャーナル: Plos Pathog. / 年: 2012
タイトル: The ebola virus interferon antagonist VP24 directly binds STAT1 and has a novel, pyramidal fold
著者: Zhang, A.P.P. / Bornholdt, Z.A. / Liu, T. / Abelson, D.M. / Lee, D.E. / Li, S. / Woods Jr., V.L. / Saphire, E.O.
履歴
登録2012年1月12日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02012年4月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月20日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Membrane-associated protein VP24


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,5841
ポリマ－24,5841
非ポリマー00
水82946
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: Membrane-associated protein VP24

A: Membrane-associated protein VP24


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,1672
ポリマ－49,1672
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_555y,x,-z1
Buried area1820 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area19490 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)61.110, 61.110, 126.820
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121

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要素

#1: タンパク質 Membrane-associated protein VP24 / Minor matrix protein


分子量: 24583.521 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 13-228 / 変異: V22A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Sudan ebolavirus (エボラウイルス)
遺伝子: VP24 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: B0LPM0, UniProt: Q5XX02*PLUS
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 46 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶
IDマシュー密度 (Å3/Da)溶媒含有率 (%)
12.7855.72
2
結晶化
温度 (K)Crystal-ID手法pH詳細
2951蒸気拡散法70.1M HEPES, pH 7.0, 6% (+/-)-MPD, 15% (w/v) D-(+)-sucrose, VAPOR DIFFUSION, temperature 295K
2952蒸気拡散法70.1M HEPES, pH 7.0, 10% MPD, 1mM DTT, VAPOR DIFFUSION, temperature 295K

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21002
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンAPS 19-ID10.9794
シンクロトロンAPS 19-ID20.97940, 0.97951
検出器
タイプID検出器日付
ADSC QUANTUM 3151CCD2010年10月30日
ADSC QUANTUM 3152CCD2010年10月30日
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1Rosenbaum-Rock high-resolution double-crystal monochromator. LN2 cooled first crystal, sagittal focusing 2nd crystalSINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2Rosenbaum-Rock high-resolution double-crystal monochromator. LN2 cooled first crystal, sagittal focusing 2nd crystalMADMx-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.97941
20.979511
反射解像度: 1.8→33.03 Å / Num. all: 25038 / Num. obs: 23986 / % possible obs: 95.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 8.3 % / Biso Wilson estimate: 53.67 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.075 / Net I/σ(I): 8.3
反射 シェル最高解像度: 1.8 Å / % possible all: 95.8

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位相決定

位相決定手法: 多波長異常分散

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
PHENIX1.6.4_486精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
HKL-2000データ収集
d*TREKデータ削減
d*TREKデータスケーリング
Auto-Rickshaw位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.1→33.03 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.7717 / SU ML: 0.38 / σ(F): 0 / 位相誤差: 28.93 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.27 1326 8.01 %random
Rwork0.2339 ---
all0.2368 16617 --
obs0.2368 16550 99.6 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.83 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 70.101 Å2 / ksol: 0.333 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 193.9 Å2 / Biso mean: 77.1694 Å2 / Biso min: 30.9 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-4.034 Å20 Å2-0 Å2
2--4.034 Å20 Å2
3----8.068 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→33.03 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1592 0 0 46 1638
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0141700
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1022195
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.069259
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004272
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.395602
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 9

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.1002-2.18430.3671440.362616701814100
2.1843-2.28360.35421450.332216461791100
2.2836-2.4040.36111460.361616561802100
2.404-2.55460.40861490.382916811830100
2.5546-2.75170.48621490.40416671816100
2.7517-3.02850.33891450.274316861831100
3.0285-3.46630.27341420.222817001842100
3.4663-4.36560.22341510.186117481899100
4.3656-33.03380.22671550.1981770192598
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.29771.28560.28971.3878-0.06432.8731-0.0220.3340.1601-0.05590.2910.25230.4282-0.0672-0.24160.4056-0.0377-0.05740.4908-0.02040.38758.336318.4762-15.9044
22.35460.8437-0.90361.5926-1.06843.1415-0.00960.3712-0.0468-0.14380.0463-0.16540.56620.1295-0.0420.39440.085-0.00480.423-0.07260.328817.768415.7026-17.0393
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1(chain A and resid 13:83)A13 - 83
2X-RAY DIFFRACTION2(chain A and resid 84:228)A84 - 228

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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