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- PDB-3vmv: Crystal structure of pectate lyase Bsp165PelA from Bacillus sp. N165 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3vmv
タイトルCrystal structure of pectate lyase Bsp165PelA from Bacillus sp. N165
要素Pectate lyase
キーワードLYASE / Polysaccharide Lyase Family 1 / beta-helix / pectolytic / polygalacturonate
機能・相同性
機能・相同性情報


pectate lyase activity / polysaccharide catabolic process / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Pectate lyase / Pectin lyase family / Pectate lyase / Amb_all / Single-stranded right-handed beta-helix, Pectin lyase-like / Pectate Lyase C-like / Pectin lyase fold / Pectin lyase fold/virulence factor / 3 Solenoid / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Bacillus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.54 Å
データ登録者Zheng, Y. / Huang, C.H. / Liu, W. / Ko, T.P. / Xue, Y. / Zhou, C. / Zhang, G. / Guo, R.T. / Ma, Y.
引用ジャーナル: Biochem.Biophys.Res.Commun. / 年: 2012
タイトル: Crystal structure and substrate-binding mode of a novel pectate lyase from alkaliphilic Bacillus sp. N16-5.
著者: Zheng, Y. / Huang, C.H. / Liu, W. / Ko, T.P. / Xue, Y. / Zhou, C. / Guo, R.T. / Ma, Y.
履歴
登録2011年12月16日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02012年7月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Pectate lyase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,1713
ポリマ－35,9791
非ポリマー1922
水6,287349
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)134.874, 48.473, 52.939
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-822-

HOH

21A-826-

HOH

31A-849-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Pectate lyase


分子量: 35979.137 Da / 分子数: 1 / 断片: catalytic domain (UNP RESIDUES 37-362) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus (バクテリア) / 株: N16-5 / 遺伝子: GU088530, pelA / プラスミド: pET-28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: D0VP31, pectate lyase
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 349 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.85 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 0.18M Li2SO4, 0.085M Tris-HCl, pH 8.5, 24% PEG 4000, 15% v/v Glycerol anhydrous, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: BL13C1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2010年11月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.54→25 Å / Num. obs: 51969 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.8 % / Rmerge(I) obs: 0.059
反射 シェル解像度: 1.54→1.6 Å / 冗長度: 7.5 % / Rmerge(I) obs: 0.301 / Num. unique all: 38662 / % possible all: 99.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.6.4_486)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2QXZ

2qxz


解像度: 1.54→24.639 Å / SU ML: 0.15 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 16.54 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1914 2648 5.11 %RANDOM
Rwork0.166 ---
obs0.1673 51866 99.22 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.95 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 60.774 Å2 / ksol: 0.41 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-4.3481 Å20 Å2-0 Å2
2--1.1167 Å20 Å2
3----5.4647 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.54→24.639 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2528 0 10 349 2887
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0142600
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.5393540
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.338915
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.112371
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.009475
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 19

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
1.54-1.5680.21231340.1702252898
1.568-1.59820.19791210.16862588100
1.5982-1.63080.22571450.16552563100
1.6308-1.66620.18241390.16372595100
1.6662-1.7050.20151390.1512544100
1.705-1.74760.19471310.15072595100
1.7476-1.79480.17981460.15052583100
1.7948-1.84760.1811380.14572557100
1.8476-1.90720.16271480.14322593100
1.9072-1.97540.15711470.13712553100
1.9754-2.05440.16491370.1412604100
2.0544-2.14790.18581480.14942570100
2.1479-2.26110.16811270.14812618100
2.2611-2.40260.18421420.15052624100
2.4026-2.58790.17921440.16252607100
2.5879-2.8480.21961560.1739258499
2.848-3.25930.19371210.1783259497
3.2593-4.10330.1831390.1709255796
4.1033-24.64260.22671460.204276198
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.6110.2141-0.07940.4853-0.16110.8328-0.0260.0424-0.0261-0.0062-0.01130.0032-0.03990.0315-0.04240.0629-0.0155-0.00840.06290.00510.0753-17.733716.369114.9827
20.35720.12610.00530.18920.01640.2218-0.04920.0347-0.00090.00650.00410.0248-0.0403-0.0095-0.00610.1272-0.00770.00080.09920.00410.1133-16.961817.105314.8415
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN A AND (RESSEQ 3:326)
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN A AND (RESSEQ 501:849)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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