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万見
- PDB-3vie: HIV-gp41 fusion inhibitor Sifuvirtide -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3vie
タイトルHIV-gp41 fusion inhibitor Sifuvirtide
要素
  • Envelope glycoprotein gp160
  • Sifuvirtide
キーワードVIRAL PROTEIN/ANTIVIRAL PROTEIN / 6-helix bundle / membrane fusion inhibition / HIV / VIRAL PROTEIN-ANTIVIRAL PROTEIN complex
機能・相同性
機能・相同性情報


Synthesis and processing of ENV and VPU / symbiont-mediated evasion of host immune response / positive regulation of establishment of T cell polarity / Alpha-defensins / Dectin-2 family / Binding and entry of HIV virion / positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / host cell endosome membrane / actin filament organization ...Synthesis and processing of ENV and VPU / symbiont-mediated evasion of host immune response / positive regulation of establishment of T cell polarity / Alpha-defensins / Dectin-2 family / Binding and entry of HIV virion / positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / host cell endosome membrane / actin filament organization / Assembly Of The HIV Virion / Budding and maturation of HIV virion / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / viral protein processing / : / symbiont entry into host cell / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / structural molecule activity / membrane
類似検索 - 分子機能
Envelope glycoprotein Gp160 / Retroviral envelope protein / Retroviral envelope protein GP41-like / Gp120 core superfamily / Envelope glycoprotein GP120 / Human immunodeficiency virus 1, envelope glycoprotein Gp120
類似検索 - ドメイン・相同性
Envelope glycoprotein gp160 / Envelope glycoprotein gp160
類似検索 - 構成要素
生物種Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Yao, X. / Waltersperger, S. / Wang, M.T. / Cui, S.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2012
タイトル: Broad antiviral activity and crystal structure of HIV-1 fusion inhibitor sifuvirtide
著者: Yao, X. / Chong, H. / Zhang, C. / Waltersperger, S. / Wang, M. / Cui, S. / He, Y.
履歴
登録2011年9月29日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02012年1月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年2月29日Group: Structure summary
改定 1.22013年7月24日Group: Database references
改定 1.32023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Envelope glycoprotein gp160
C: Envelope glycoprotein gp160
E: Envelope glycoprotein gp160
B: Sifuvirtide
D: Sifuvirtide
F: Sifuvirtide


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,6106
ポリマ－26,6106
非ポリマー00
水1,67593
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area12010 Å2
ΔGint-96 kcal/mol
Surface area11480 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)88.787, 49.179, 55.818
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.65, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質・ペプチド Envelope glycoprotein gp160


分子量: 4152.843 Da / 分子数: 3 / 断片: NHR domain, UNP residues 554-589 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: NHR 35-70 sequence occurs naturally in HIV-1
由来: (合成) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
参照: UniProt: Q9YP39, UniProt: P04578*PLUS
#2: タンパク質・ペプチド Sifuvirtide


分子量: 4717.020 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成
詳細: Sequence of Sifuvirtide has been designed based on sequence of HIV-1 gp41 CHR
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 93 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.28 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 0.1M Tris HCl, 10% w/v PEG 4000, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2011年8月12日
放射モノクロメーター: Bartels Monochromator Crystal Type Si (111)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.701→44.391 Å / Num. obs: 24817 / % possible obs: 93.1 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.18 % / Rmerge(I) obs: 0.034 / Net I/σ(I): 18.53
反射 シェル解像度: 1.701→1.8 Å / 冗長度: 1.24 % / Rmerge(I) obs: 0.245 / Mean I/σ(I) obs: 2.51 / % possible all: 63.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
RemDAqデータ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.6.1_357)精密化
XDSpackageデータ削減
XDSpackageデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1ENV

1env


解像度: 1.8→34.936 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0 / SU ML: 0.25 / σ(F): 0.81 / 位相誤差: 22.22 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2187 1109 5 %
Rwork0.1818 --
obs0.1837 22201 98.81 %
all-24817 -
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 64.439 Å2 / ksol: 0.463 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 113.7 Å2 / Biso mean: 31.7329 Å2 / Biso min: 12.28 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.7408 Å20 Å2-2.8535 Å2
2--6.6726 Å2-0 Å2
3----7.4134 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→34.936 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1870 0 0 93 1963
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0182210
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.493016
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.919926
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.117312
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006410
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 8

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.8-1.8820.25761290.2012435256492
1.882-1.98120.2251380.184626332771100
1.9812-2.10530.24341410.167526622803100
2.1053-2.26780.2171380.157126372775100
2.2678-2.4960.23981410.15626672808100
2.496-2.8570.20621400.168726712811100
2.857-3.59890.20251420.158526852827100
3.5989-34.94250.21391400.21222702284299

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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